PDB-6qof: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qof

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 9 (Adenine)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qof.cif.gz	183.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qof.ent.gz	145.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qof.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qof ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qof	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qqu-d 6qo4-d 6qo3-d 6nw6-d 6qrg-d 6nvr-d 6qoc-d 6qog-d 6qok-d 6qod-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#210 - 2017年6月アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action) 類似性 (1) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.688, 80.749, 82.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン分子量: 135.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→80.75 Å / Num. obs: 50110 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 28.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 12.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.76-1.85	7.7	0.776	7198	0.836	0.3	0.833	100
5.55-80.75	6.6	0.062	1749	0.996	0.025	0.067	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.76→45.511 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.26

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	2542	5.08 %
R_work	0.1802	-	-
obs	0.1819	50041	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.48 Å² / B_iso mean: 35.1034 Å² / B_iso min: 19.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.76→45.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3264	0	28	207	3499
B_iso mean	-	-	26.85	42.45	-
残基数	-	-	-	-	429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3404
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.061	4659
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.967	1234

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.7558-1.7896	0.3114	138	0.2452	2587	2725
1.7896-1.8261	0.2767	139	0.2352	2579	2718
1.8261-1.8658	0.3026	121	0.2155	2612	2733
1.8658-1.9092	0.2614	135	0.2046	2634	2769
1.9092-1.957	0.2622	140	0.1925	2604	2744
1.957-2.0099	0.2166	127	0.1919	2618	2745
2.0099-2.069	0.2305	146	0.1849	2630	2776
2.069-2.1358	0.2295	140	0.1898	2615	2755
2.1358-2.2122	0.2258	129	0.1741	2620	2749
2.2122-2.3007	0.205	130	0.1731	2645	2775
2.3007-2.4054	0.2047	147	0.1813	2614	2761
2.4054-2.5322	0.2263	157	0.186	2631	2788
2.5322-2.6909	0.2266	148	0.1892	2631	2779
2.6909-2.8986	0.225	144	0.1991	2628	2772
2.8986-3.1902	0.239	154	0.1961	2665	2819
3.1902-3.6517	0.2128	160	0.1825	2636	2796
3.6517-4.6001	0.1442	126	0.1528	2732	2858
4.6001-45.5267	0.2212	161	0.1698	2818	2979

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6303	-0.0542	-1.1316	0.623	0.4512	2.0664	-0.0075	0.5031	0.0394	-0.1047	0.0457	0.0279	0.1235	-0.3483	-0.0818	0.252	-0.0229	-0.0631	0.4213	-0.0009	0.2699	-31.1207	14.4092	-23.4958
2	2.5191	-0.9091	-1.4045	1.6762	0.5322	2.0879	0.1343	0.184	0.2439	-0.2454	0.0287	0.025	-0.2383	-0.1593	-0.1408	0.237	0.0323	-0.0067	0.287	0.045	0.276	-34.2504	20.3295	-14.2695
3	2.1545	-0.7433	-1.0109	1.0887	0.4695	1.9508	-0.1066	-0.0005	-0.1951	-0.0068	0.099	0.1049	0.1487	-0.0969	-0.0157	0.23	-0.0113	-0.0028	0.2243	-0.0036	0.2184	-28.3073	10.2594	-10.7718
4	1.5093	-0.1204	-0.7676	0.5699	-0.1311	0.8868	0.0059	-0.015	0.0094	-0.0234	0.0587	-0.0016	0.0503	-0.0378	-0.0338	0.2368	0.0055	-0.0329	0.2423	-0.0075	0.2244	-24.7581	11.6978	-11.5546
5	8.0521	3.0025	-0.0378	1.1337	-0.0318	0.0139	-0.0849	0.1616	-0.4549	-0.0797	0.0018	0.056	0.3633	0.0338	-0.0425	0.4096	-0.0481	-0.0368	0.2955	-0.101	0.3432	-12.6811	0.3104	-24.862
6	1.5435	-0.5459	0.1815	2.7435	-0.6542	1.3251	-0.0045	0.013	0.3165	-0.4571	0.1631	-0.595	-0.0786	0.4617	-0.1623	0.3578	-0.0609	0.0856	0.311	-0.0264	0.3225	3.3654	3.8112	-40.0233
7	1.8536	-0.8665	-0.5593	4.5924	2.5821	1.4557	0.0388	-0.1315	0.2494	0.356	0.1448	-0.5766	0.0721	0.0311	-0.1121	0.2792	0.0417	-0.0526	0.2879	-0.0419	0.2972	3.4067	2.1841	-22.5836
8	2.2709	-0.2647	-0.2944	2.3023	0.9644	2.6823	0.244	0.1811	0.4334	-0.2768	-0.1601	0.2137	-0.3955	-0.3711	-0.0018	0.3149	0.022	-0.0044	0.2683	0.0526	0.3476	-20.0191	23.366	-31.5695
9	1.8858	-0.226	-1.3274	2.8791	2.8117	4.344	0.229	0.5439	0.22	-0.7704	-0.1393	0.0621	-0.5345	-0.3884	-0.1184	0.4604	0.0567	-0.0357	0.3614	0.0934	0.3143	-16.8022	21.9952	-37.8864
10	5.1906	-2.6631	0.3624	5.3176	1.0644	1.9321	-0.3294	0.0808	-0.4138	0.3701	0.3536	0.2422	-0.1605	-0.1769	0.0117	0.3441	0.0115	0.0402	0.3139	-0.0284	0.2444	-7.0615	2.0639	-38.5644
11	0.9922	-0.5117	-0.4782	1.866	1.4768	1.6618	0.0272	0.1028	0.285	-0.3854	0.1553	-0.3046	-0.1955	0.1725	-0.1823	0.3003	-0.0423	0.0513	0.228	0.0013	0.332	-4.7553	19.6735	-30.2933
12	1.656	-0.0974	-0.5198	1.1564	-0.2801	1.5129	0.0392	-0.051	0.1878	-0.1239	0.0632	-0.1137	-0.0209	0.0153	-0.1064	0.2049	-0.0001	-0.019	0.2074	-0.0102	0.2353	-15.1634	19.7696	-18.1712
13	2.9583	0.6778	-0.1119	1.8998	-0.5147	1.5412	-0.1496	-0.486	0.3523	0.3013	0.2342	0.0092	0.0573	0.0749	-0.1484	0.2698	0.0572	0.0153	0.4061	-0.0855	0.287	-32.3202	23.249	6.3493
14	1.5602	-0.165	-0.8353	1.4595	-0.0078	0.3508	-0.1074	-0.5655	0.2525	0.3535	-0.0597	-0.376	0.2201	-0.1925	-0.0163	0.2422	0.016	-0.0953	0.4635	-0.1488	0.3059	-14.1141	17.0966	3.6015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 19 )	A	0 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 20 through 62 )	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 115 )	A	63 - 115
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 116 through 155 )	A	116 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 156 through 181 )	A	156 - 181
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 204 through 229 )	A	204 - 229
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 19 )	B	0 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 48 )	B	20 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 62 )	B	49 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 131 )	B	63 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 203 )	B	183 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 204 through 231 )	B	204 - 231

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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