PDB-6qog: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qog

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 10 (2-Amino-5-bromobenzothiazole)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qog.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qog.ent.gz	145.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qog.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qog_validation.pdf.gz	442.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qog_full_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示
XML形式データ	6qog_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6qog_validation.cif.gz	29.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qog	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qoq-d 6qox-d 6qou-d 6qrg-d 6qok-d 6nw6-d 6qo2-d 6qo4-d 6nw7-d 6qr4-d 6qo3-d 6qod-d 6qo6-d 6qow-d 6qqu-d 6qqy-d 6qrb-d 6qot-d 6qoe-d 6nvr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.750, 78.513, 86.707
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JA8 / 5-bromanyl-1,3-benzothiazol-2-amine / 5-ブロモベンゾチアゾ-ル-2-アミン分子量: 229.097 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₅BrN₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.19 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→86.71 Å / Num. obs: 74045 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.5 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 20.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.63	7.7	0.825	10665	0.805	0.314	0.883	99.9
4.89-86.71	6.6	0.035	2554	0.999	0.014	0.038	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→53.754 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	3696	5 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1797	73966	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.08 Å² / B_iso mean: 32.3749 Å² / B_iso min: 16.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→53.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3250	0	11	318	3579
B_iso mean	-	-	36.45	42.99	-
残基数	-	-	-	-	428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.036	4628
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	527
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	600
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.652	1230

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.5474-1.5678	0.2671	140	0.2502	2654	2794
1.5678-1.5893	0.2322	144	0.2377	2670	2814
1.5893-1.612	0.232	148	0.2252	2652	2800
1.612-1.636	0.2424	150	0.2198	2688	2838
1.636-1.6616	0.2145	120	0.2054	2656	2776
1.6616-1.6888	0.2188	150	0.2003	2673	2823
1.6888-1.718	0.2255	124	0.1981	2690	2814
1.718-1.7492	0.2095	138	0.1905	2693	2831
1.7492-1.7828	0.2255	136	0.184	2660	2796
1.7828-1.8192	0.2037	146	0.1855	2671	2817
1.8192-1.8588	0.1905	153	0.1796	2681	2834
1.8588-1.902	0.2369	145	0.1817	2679	2824
1.902-1.9496	0.2177	131	0.1705	2689	2820
1.9496-2.0023	0.1956	121	0.1724	2716	2837
2.0023-2.0612	0.2008	149	0.1752	2697	2846
2.0612-2.1278	0.2311	129	0.1814	2695	2824
2.1278-2.2038	0.1864	155	0.1814	2660	2815
2.2038-2.2921	0.2179	150	0.1767	2724	2874
2.2921-2.3964	0.1953	146	0.1777	2687	2833
2.3964-2.5227	0.1835	151	0.1789	2709	2860
2.5227-2.6808	0.1982	139	0.1864	2705	2844
2.6808-2.8877	0.2402	148	0.1979	2722	2870
2.8877-3.1783	0.2159	132	0.1875	2760	2892
3.1783-3.6381	0.1892	150	0.1765	2752	2902
3.6381-4.5833	0.1515	132	0.1514	2799	2931
4.5833-53.7866	0.214	169	0.1768	2888	3057

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6763	0.5655	-0.0144	0.8966	-0.0551	1.3356	-0.0071	0.1412	0.0511	-0.141	-0.122	0.5012	-0.239	-0.3048	-0.0006	0.278	0.0316	-0.0225	0.2668	0.0042	0.2013	-16.2786	17.9071	-36.2968
2	0.9672	-0.4781	-0.5564	1.0986	0.8835	1.2972	0.0737	0.0503	0.1094	-0.1543	0.0394	-0.0975	-0.0918	0.0606	-0	0.256	-0.0164	0.0249	0.1973	-0.0016	0.2142	-5.7795	19.6585	-30.683
3	0.9917	0.0899	-0.2466	0.3406	-0.5636	0.8379	0.006	0.0139	0.141	-0.1272	-0.004	-0.0829	-0.0292	0.0011	-0.0001	0.1859	-0.0054	-0.0016	0.1964	-0.0284	0.2299	-15.7523	19.4443	-18.1194
4	0.6766	0.1338	-0.4967	1.0011	0.1337	-0.2495	-0.0835	-0.3427	0.1769	0.2096	0.1389	-0.1577	0.0853	0.0818	0.0001	0.222	0.0257	-0.0387	0.3749	-0.0801	0.2456	-22.3639	19.3929	4.6539
5	0.136	0.0332	0.1433	0.1695	-0.2774	0.5329	0.0275	0.1596	-0.1486	-0.3666	-0.1471	0.0509	0.2068	-0.1667	-0	0.2976	0.01	0.0085	0.3037	-0.0144	0.2337	-31.9136	13.1008	-22.4091
6	1.6241	0.519	-0.0899	0.7715	-0.8294	0.8325	-0.0529	0.3196	-0.2418	-0.1528	0.0658	0.2781	0.0914	-0.2067	-0.0001	0.2446	0.0022	-0.0534	0.3106	0.0036	0.2471	-38.4364	14.5366	-19.5804
7	0.9147	-0.4986	-0.4468	0.2561	0.1457	1.1075	-0.0371	0.015	0.0396	-0.1632	0.0805	-0.0308	-0.1067	-0.0488	0.0001	0.1877	0.0107	0.0121	0.2177	0.007	0.2418	-34.1562	17.5456	-6.3446
8	1.1714	-0.2641	-0.9148	-0.1018	0.0514	1.2772	-0.0281	-0.092	-0.0509	-0.0649	0.0277	-0.0402	0.0441	0.0663	-0	0.1918	-0.0075	0.0054	0.1924	-0.0222	0.2325	-24.1002	8.8736	-11.9647
9	1.2727	-0.1846	-0.307	0.0141	0.0313	0.4974	-0.0271	-0.0235	-0.0312	-0.0043	0.0495	-0.0275	0.0199	0.0418	0	0.2003	-0.0087	0.0086	0.1905	-0.0148	0.2206	-25.2004	11.1917	-11.6034
10	0.3315	0.035	0.3895	0.6603	-1.0772	2.5279	-0.1591	0.7227	-0.5301	-0.7959	-0.904	0.3429	0.4302	0.5908	-0.791	0.3549	-0.0422	-0.1407	-0.0422	-0.6078	0.397	-15.4041	0.4052	-25.3265
11	0.5224	-0.2548	0.0706	0.3556	0.1914	0.2844	0.0125	0.0588	0.0105	-0.1671	0.0804	-0.1504	-0.0887	0.2405	-0.0001	0.2956	-0.0307	0.0311	0.2387	-0.0098	0.2227	2.5008	4.4205	-40.7108
12	0.7326	0.443	-0.295	0.3475	0.1523	0.1249	-0.0202	-0.187	0.0749	0.0226	0.0747	-0.2205	0.0111	0.1876	0.0002	0.2566	0.032	-0.0346	0.2768	-0.0252	0.2244	3.0834	2.0775	-24.2588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 62 )	A	0 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 131 )	A	63 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 132 through 182 )	A	132 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 183 through 231 )	A	183 - 231
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 0 through 19 )	B	0 - 19
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 20 through 48 )	B	20 - 48
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 49 through 83 )	B	49 - 83
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 84 through 115 )	B	84 - 115
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 116 through 155 )	B	116 - 155
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 156 through 180 )	B	156 - 180
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 181 through 203 )	B	181 - 203
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 204 through 227 )	B	204 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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