PDB-6qoc: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qoc

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 6 (2-(1,3-oxazol-5-yl) aniline)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qoc.cif.gz	180.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qoc.ent.gz	142.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qoc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6qoc_validation.pdf.gz	454 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6qoc_full_validation.pdf.gz	455.3 KB	表示
XML形式データ	6qoc_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
CIF形式データ	6qoc_validation.cif.gz	26 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qoc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qowC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qo6-d 6qoq-d 6qou-d 6qqt-d 6qr9-d 6qqy-d 6qo3-d 6qo4-d 6qr4-d 6qr6-d 6qof-d 6qom-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.205, 78.712, 86.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-J9Q / 2-(1,3-oxazol-5-yl)aniline 分子量: 160.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.58 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→78.71 Å / Num. obs: 44866 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 35.41 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 339075 / Scaling rejects: 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.84-1.94	7.7	0.813	6425	0.777	0.312	0.872	100
5.81-78.71	6.6	0.036	1571	0.999	0.015	0.039	99.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER	2.5.7	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.84→45.818 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.04

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	2296	5.12 %
R_work	0.1854	-	-
obs	0.1868	44800	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 108.89 Å² / B_iso mean: 43.0145 Å² / B_iso min: 23.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.84→45.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3203	0	24	185	3412
B_iso mean	-	-	39.58	48.34	-
残基数	-	-	-	-	420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	4567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	513
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	595
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.663	1216

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8382-1.8782	0.3573	126	0.2635	2615	2741
1.8782-1.9219	0.2465	148	0.2343	2623	2771
1.9219-1.9699	0.2499	112	0.2025	2658	2770
1.9699-2.0232	0.2355	132	0.1988	2607	2739
2.0232-2.0827	0.2629	127	0.1968	2649	2776
2.0827-2.15	0.2222	139	0.1947	2640	2779
2.15-2.2268	0.2476	136	0.1886	2618	2754
2.2268-2.3159	0.219	126	0.1962	2672	2798
2.3159-2.4213	0.2365	149	0.1918	2618	2767
2.4213-2.549	0.2248	156	0.1927	2647	2803
2.549-2.7087	0.2361	139	0.2005	2662	2801
2.7087-2.9178	0.2347	148	0.2094	2655	2803
2.9178-3.2113	0.232	155	0.2032	2647	2802
3.2113-3.6759	0.2156	134	0.188	2703	2837
3.6759-4.6305	0.1739	164	0.1527	2707	2871
4.6305-45.8323	0.1872	205	0.1764	2783	2988

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0716	-0.0411	-0.2962	-0.0245	0.1211	0.581	0.0778	-0.889	0.1055	-0.1004	0.0113	0.0428	-0.0612	0.5363	0.0027	0.3204	0.0253	-0.0007	0.5715	0.0001	0.3666	106.8116	92.4532	108.5648
2	1.3427	0.0948	-0.1638	0.7307	-0.1094	-0.0351	0.2947	-0.6623	-0.155	0.7981	-0.5052	-0.1848	-0.8087	0.7779	-0.0232	0.3834	-0.0743	-0.0043	0.4972	-0.0161	0.3471	110.8162	91.278	108.4548
3	0.462	0.1544	-0.3465	0.3888	-0.3276	0.51	0.1453	-0.0286	0.31	0.2545	0.1139	0.3018	-0.4499	0.0331	-0	0.3844	-0.0404	0.0549	0.348	0.0119	0.4425	109.7864	106.7534	92.1331
4	0.6148	0.0812	-0.2159	0.3587	0.0706	1.0171	0.0235	-0.132	-0.2691	0.0044	-0.0105	-0.0759	0.1732	0.3858	0.0002	0.2958	0.0228	0.0011	0.3651	-0.0034	0.3651	111.0536	89.5011	95.3563
5	0.8148	0.0652	0.0477	0.1621	0.2438	0.4262	-0.2174	0.2669	-0.2414	-0.1727	0.0029	-0.0556	0.2666	-0.406	-0.0054	0.3126	-0.0241	0.0741	0.2292	0.0552	0.3496	94.2256	83.0302	99.2023
6	1.4113	0.4168	-1.2746	0.5169	-0.229	1.2711	-0.1117	0.0236	-0.1497	0.2127	0.1793	0.115	0.1098	-0.176	0	0.275	0.0309	-0.0073	0.294	0.0023	0.3151	104.7402	90.1602	93.1831
7	1.2679	0.2181	-0.0283	0.793	0.4802	0.1967	-0.0031	-0.2711	0.033	0.0413	-0.0259	-0.137	0.0083	0.0473	-0	0.2954	0.0313	0.0099	0.3038	0.0505	0.2628	91.9336	88.3054	106.8802
8	0.5419	0.0617	0.0348	0.1862	-0.1446	0.3407	0.1227	0.0015	0.0619	0.1148	0.0494	0.2143	-0.1645	-0.2856	0	0.4077	0.0697	0.08	0.3304	0.0184	0.3232	71.0522	83.3254	128.3812
9	0.4372	-0.0012	0.055	0.5643	0.4798	0.5129	0.0114	0.0529	0.1323	-0.094	0.1173	0.5031	-0.0319	-0.1974	0.0005	0.299	-0.0265	-0.0177	0.3516	0.0386	0.313	71.0967	80.8908	110.5544
10	0.9924	-0.6659	0.0206	1.3459	-0.1708	1.1674	0.0639	-0.1872	0.0752	0.2365	-0.1899	-0.5021	-0.2696	0.3741	0.0021	0.3949	-0.0203	0.0173	0.3994	0.0091	0.3157	90.6302	96.7383	122.6735
11	1.3284	0.3615	-0.6878	0.6923	-1.0648	1.4697	0.0697	-0.0786	0.1842	0.2171	0.1104	0.1319	-0.084	-0.0152	-0.0001	0.3842	0.0241	0.0609	0.2839	-0.003	0.3113	79.993	98.5343	117.1888
12	0.4869	-0.5675	0.064	0.8626	0.899	1.0633	0.0192	-0.0157	0.1031	0.1967	-0.0279	0.0758	0.0229	0.0893	0.0002	0.2855	-0.004	0.0111	0.2651	0.0241	0.302	90.1513	98.0441	104.6898
13	0.6375	-0.5578	-0.4068	0.5996	-0.0434	0.3861	-0.0095	0.4178	0.2417	-0.1646	0.0808	0.0694	0.0238	-0.0588	-0	0.2786	-0.0115	-0.0228	0.4139	0.0768	0.3021	97.101	97.6727	81.6438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 17 )	A	0 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 40 )	A	18 - 40
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 41 through 62 )	A	41 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 63 through 83 )	A	63 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 131 )	A	101 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 132 through 183 )	A	132 - 183
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 184 through 203 )	A	184 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 228 )	A	204 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 62 )	B	0 - 62
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 63 through 131 )	B	63 - 131
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 182 )	B	132 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 231 )	B	183 - 231

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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)