PDB-6qow: Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qow

タイトル

Crystal structure of TrmD, a tRNA-(N1G37) methyltransferase, from Mycobacterium abscessus in complex with Fragment 26 (6-methoxybenzothiazole-2-carboxylic acid)

要素

tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / TrmD / tRNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium abscessus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Mendes, V. / Blundell, T.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Fragment-based discovery of a new class of inhibitors targeting mycobacterial tRNA modification.
著者: Thomas, S.E. / Whitehouse, A.J. / Brown, K. / Burbaud, S. / Belardinelli, J.M. / Sangen, J. / Lahiri, R. / Libardo, M.D.J. / Gupta, P. / Malhotra, S. / Boshoff, H.I.M. / Jackson, M. / Abell, ...

履歴

登録	2019年2月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qow.cif.gz	187 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qow.ent.gz	147.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qow.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qow ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qo/6qow	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nvrC 6nw6C 6nw7C 6qo2C 6qo3C 6qo4C 6qo6C 6qoaC 6qocC 6qodC 6qoeC 6qofC 6qogC 6qohC 6qoiC 6qojC 6qokC 6qolC 6qomC 6qonC 6qooC 6qopC 6qoqC 6qorC 6qosC 6qotC 6qouC 6qovC 6qoxC 6qqsC 6qqxC 6qqyC 6qr5C 6qr6C 6qr8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qou-d 6qqx-d 6qoq-d 6qod-d 6qox-d 6qo4-d 6nw7-d 6qog-d 6qr9-d 6qqy-d 6qr1-d 6qrc-d 6qoh-d 6qqt-d 6qqz-d 6nw6-d 6qor-d 6qr4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

ヘテロ分子

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.693, 78.160, 88.152
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase 分子量: 26434.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium abscessus (バクテリア) 遺伝子: trmD, MAB_3226c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B1MDI3, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-JBZ / 6-methoxy-1,3-benzothiazole-2-carboxylic acid 分子量: 209.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₇NO₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.08M Sodium cacodylate pH 6.5 -7.0, 1-2 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9282 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.53→78.16 Å / Num. obs: 80140 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 22.16 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.039 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 25.2 / Num. measured all: 622450

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.53-1.61	7.6	0.785	11549	0.806	0.3	0.841	99.7
4.82-78.16	7.2	0.023	2748	0.999	0.009	0.025	99.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Packing: 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.53→58.482 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.68

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1998	3859	4.82 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1797	80066	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.42 Å² / B_iso mean: 30.9479 Å² / B_iso min: 14.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.53→58.482 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3230	0	33	383	3646
B_iso mean	-	-	31.46	42.16	-
残基数	-	-	-	-	422

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3390
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	4648
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	522
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.237	1241

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5252-1.5438	0.2935	162	0.2563	2667	2829	100
1.5438-1.5633	0.2524	157	0.2338	2652	2809	100
1.5633-1.5839	0.2692	135	0.2258	2666	2801	100
1.5839-1.6056	0.2544	140	0.2098	2709	2849	100
1.6056-1.6286	0.2308	136	0.2089	2684	2820	100
1.6286-1.6529	0.2276	130	0.2086	2704	2834	100
1.6529-1.6787	0.2209	125	0.1877	2686	2811	100
1.6787-1.7062	0.2654	133	0.1909	2698	2831	100
1.7062-1.7356	0.2203	119	0.184	2707	2826	100
1.7356-1.7672	0.1963	114	0.182	2720	2834	100
1.7672-1.8012	0.2215	109	0.1807	2724	2833	100
1.8012-1.838	0.2148	137	0.1756	2713	2850	100
1.838-1.8779	0.2244	133	0.1741	2703	2836	100
1.8779-1.9216	0.207	142	0.1731	2693	2835	100
1.9216-1.9697	0.1828	110	0.1762	2754	2864	100
1.9697-2.0229	0.2005	129	0.1709	2692	2821	100
2.0229-2.0825	0.223	138	0.18	2706	2844	99
2.0825-2.1497	0.1934	122	0.1779	2745	2867	100
2.1497-2.2265	0.2162	148	0.178	2731	2879	100
2.2265-2.3157	0.1883	139	0.1757	2714	2853	100
2.3157-2.4211	0.2098	147	0.1787	2704	2851	100
2.4211-2.5487	0.2272	167	0.1806	2702	2869	100
2.5487-2.7084	0.2351	153	0.1937	2741	2894	100
2.7084-2.9175	0.2291	134	0.1945	2752	2886	100
2.9175-3.2111	0.1789	142	0.1898	2752	2894	100
3.2111-3.6757	0.1912	169	0.1734	2758	2927	100
3.6757-4.6307	0.1606	148	0.1524	2799	2947	100
4.6307-58.5255	0.1834	141	0.1754	2931	3072	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0583	-0.2805	0.3994	2.96	-0.2166	2.8908	-0.018	-0.6218	0.1791	0.6161	-0.1734	-0.2417	-0.2593	-0.1072	0.1191	0.2209	-0.01	-0.019	0.2864	-0.01	0.1953	-32.9621	-13.0343	22.5359
2	3.1706	-1.8663	0.2418	3.1684	0.5198	1.852	-0.0149	-0.1287	0.2893	0.6372	-0.0093	0.6191	-0.0966	-0.2788	0.0382	0.4901	0.0753	0.0084	0.4108	-0.143	0.4783	-33.6905	-1.1473	31.5313
3	2.5747	1.8335	1.5081	3.4808	1.6408	2.73	-0.0114	-0.2039	-0.1023	0.1116	0.0176	0.3689	0.1392	-0.2628	0.0119	0.1957	-0.008	0.017	0.2381	0.04	0.1953	-41.2355	-19.9787	15.2407
4	1.7114	0.608	0.3174	1.2828	0.557	2.1303	0.0356	0.0412	-0.1525	0.0276	0.0436	-0.0361	0.1177	-0.0423	-0.0488	0.1404	-0.0072	-0.0052	0.1809	0.011	0.1703	-35.1052	-17.4214	6.2624
5	2.6679	-0.9055	-0.1883	1.2413	0.6406	2.7216	-0.0921	0.0084	0.2774	-0.2157	0.0175	0.0421	-0.4654	0.2714	-0.0071	0.2207	-0.0232	-0.0181	0.194	-0.006	0.219	-20.2661	-4.258	12.9203
6	1.7355	-0.0582	0.5767	0.3692	0.238	1.6283	-0.0677	0.0807	-0.0606	0.0404	0.0602	0.0065	-0.0321	-0.0043	-0.0062	0.1602	0.0058	0.0038	0.1839	-0.0027	0.1745	-31.3534	-11.4508	6.9393
7	3.1195	0.8696	0.7334	1.1624	0.1427	1.6266	0.0429	-0.163	0.1092	0.0667	-0.0726	0.0681	-0.1329	-0.1352	0.0031	0.1802	0.019	0.0003	0.1723	-0.0102	0.1399	-19.7467	-9.4648	20.3796
8	0.9766	0.8056	-0.3626	2.4956	0.1409	1.0554	0.0434	0.0529	-0.1043	0.2982	0.0788	-0.3098	0.1429	0.1822	-0.048	0.2488	0.0415	-0.0375	0.2085	-0.0145	0.196	1.9518	-4.8869	41.9032
9	0.9301	0.5267	1.0753	2.8813	2.5857	2.5646	-0.0825	0.1774	-0.1673	-0.2063	0.2622	-0.256	-0.1414	0.3168	-0.1597	0.2291	-0.0508	0.0464	0.284	-0.0302	0.2027	2.7774	-2.1698	24.66
10	4.2265	-1.225	-0.6867	4.8013	0.782	2.5751	0.0275	-0.3233	-0.325	0.294	-0.1847	0.6377	0.1865	-0.454	0.1308	0.3107	-0.0397	0.0496	0.3056	0.0522	0.2433	-18.4524	-21.5737	37.0694
11	0.8493	0.4228	0.5883	0.7638	0.8814	1.7746	-0.0043	-0.0718	-0.0698	0.2	0.0437	-0.0831	0.1674	0.063	-0.0345	0.1885	0.033	-0.0128	0.1564	0.0021	0.1616	-7.3572	-16.4979	31.3684
12	1.0097	0.0199	0.4446	0.831	-0.7265	1.2481	0.06	0.0634	-0.2447	-0.0216	-0.052	-0.1059	0.294	-0.0484	0.0319	0.1816	0.0051	0.0201	0.1995	-0.0138	0.2635	-17.001	-23.9893	16.256
13	3.0559	-0.0269	0.6432	0.1144	0.1451	-0.1093	-0.0153	0.5411	-0.1977	-0.1735	0.0919	-0.163	-0.0032	0.1987	-0.053	0.2357	-0.0128	0.0201	0.3605	-0.0515	0.2652	-23.0025	-18.5191	-4.7927

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 18 )	A	-1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 29 )	A	19 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 48 )	A	30 - 48
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 49 through 83 )	A	49 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 84 through 100 )	A	84 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 101 through 131 )	A	101 - 131
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 132 through 181 )	A	132 - 181
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 182 through 203 )	A	182 - 203
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 204 through 227 )	A	204 - 227
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 0 through 48 )	B	0 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 141 )	B	49 - 141
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 142 through 182 )	B	142 - 182
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 183 through 233 )	B	183 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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