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- PDB-6qj2: Crystal structure of the C. thermophilum condensin Smc4 ATPase he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qj2
タイトルCrystal structure of the C. thermophilum condensin Smc4 ATPase head in complex with the C-terminal domain of Brn1
要素
  • Condensin complex subunit 2
  • Smc4
キーワードCELL CYCLE / condensin / SMC complex / ATPase / chromosome condensation / loop extrusion
機能・相同性
機能・相同性情報


condensin complex / mitotic chromosome condensation / chromosome organization / chromosome / cell division / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / RecF/RecN/SMC, N-terminal ...HMG-I/HMG-Y, DNA-binding, conserved site / HMG-I and HMG-Y DNA-binding domain (A+T-hook). / Condensin complex subunit 2/barren / Condensin complex subunit 2 / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / RecF/RecN/SMC, N-terminal / AT hook, DNA-binding motif / RecF/RecN/SMC N terminal domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SMC hinge domain-containing protein / Condensin complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hassler, M. / Haering, C.H.
資金援助1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2015-CoG 681365
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of an Asymmetric Condensin ATPase Cycle.
著者: Hassler, M. / Shaltiel, I.A. / Kschonsak, M. / Simon, B. / Merkel, F. / Tharichen, L. / Bailey, H.J. / Macosek, J. / Bravo, S. / Metz, J. / Hennig, J. / Haering, C.H.
履歴
登録2019年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Smc4
B: Condensin complex subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,6838
ポリマ－60,1072
非ポリマー5766
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.728, 132.728, 75.548
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

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要素

#1: タンパク質 Smc4


分子量: 44726.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0017120 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0S2G2
#2: タンパク質 Condensin complex subunit 2


分子量: 15380.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0053810 / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G0SBJ6
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 3 % (v/v) EtOH, 0.1 M Na citrate pH 6.0, 1.5 M LiSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→114.946 Å / Num. obs: 16953 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.093 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 4.1 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.9-3.067.11.4970.524540.6011.6141.49799.7
3.06-3.246.90.758123440.3120.820.75899.9
3.24-3.476.80.3342.321670.1370.3620.33499.8
3.47-3.747.10.174.320310.0680.1830.17100
3.74-4.16.70.1036.718950.0430.1120.10399.9
4.1-4.597.10.0768.117070.0310.0820.076100
4.59-5.296.80.0668.915120.0270.0720.066100
5.29-6.486.90.067912690.0270.0720.06799.8
6.48-9.176.60.0618.810060.0250.0660.06199.9
9.17-45.7416.40.0629.15680.0260.0680.06299

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W1W

1w1w


解像度: 3→43.445 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 766 5 %
Rwork0.2138 --
obs0.2153 15305 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 316.08 Å2 / Biso mean: 125.0163 Å2 / Biso min: 55.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→43.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3474 0 30 0 3504
Biso mean--172.35 --
残基数----441
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0002-3.23180.341460.299228873033
3.2318-3.55690.33411610.260428813042
3.5569-4.07130.26251610.222828743035
4.0713-5.12810.21511470.184629323079
5.1281-43.450.22271510.208829653116
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0970.1260.30044.50131.2266.2397-0.15630.16970.31530.20510.05480.0858-0.4598-0.04890.11020.56750.05350.00480.663-0.0060.751844.620446.037627.2849
22.73251.18491.85023.18840.94282.7732-0.182-0.37080.21360.5618-0.21550.10420.08270.01590.34020.86040.0562-0.06740.7776-0.11250.808951.538444.362344.9653
34.45080.54440.42825.75630.86464.20570.5771-0.2958-0.93020.47350.1268-0.13062.1566-0.0503-0.50161.80550.0565-0.18840.75380.0150.979146.709313.952531.9001
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 270 through 460)A270 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1376 through 1539 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 771 through 893 )B771 - 893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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