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万見
- PDB-1w1w: Sc Smc1hd:Scc1-C complex, ATPgS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1w1w
タイトルSc Smc1hd:Scc1-C complex, ATPgS
要素
  • SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
  • STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
キーワードCELL ADHESION / COHESIN / CHROMOSOME SEGREGATION / KLEISIN / MITOSIS / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA secondary structure binding / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion ...Establishment of Sister Chromatid Cohesion / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA secondary structure binding / meiotic cohesin complex / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / cohesin complex / mitotic cohesin complex / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / mitotic chromosome condensation / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / protein acetylation / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / mitotic sister chromatid segregation / chromosome, centromeric region / condensed nuclear chromosome / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / cell division / apoptotic process / DNA damage response / chromatin binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Structural maintenance of chromosome 1. Chain E / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge ...Structural maintenance of chromosome 1. Chain E / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Sister chromatid cohesion protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Haering, C. / Nasmyth, K. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2004
タイトル: Structure and stability of cohesin's Smc1-kleisin interaction.
著者: Haering, C.H. / Schoffnegger, D. / Nishino, T. / Helmhart, W. / Nasmyth, K. / Lowe, J.
履歴
登録2004年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Atomic model / Derived calculations ...Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
B: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
C: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
D: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
E: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
F: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
G: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
H: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)252,59716
ポリマ－250,4068
非ポリマー2,1908
水00
1
B: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
F: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1494
ポリマ－62,6022
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
A: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
E: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1494
ポリマ－62,6022
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
3
D: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
H: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1494
ポリマ－62,6022
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-27.9 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
4
C: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
G: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1494
ポリマ－62,6022
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-27.6 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
5
A: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
B: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
E: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
F: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,2988
ポリマ－125,2034
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
C: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
D: STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1
G: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
H: SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,2988
ポリマ－125,2034
非ポリマー1,0954
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.465, 138.465, 284.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質
STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOME 1 / SMC1 / DA-BOX PROTEIN SMC1


分子量: 48855.023 Da / 分子数: 4 / 断片: HEAD DOMAIN RESIDUES 1-214,1024-1225 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 1-214, ESSKHPTSLVPRGS LINKER, 1024-1225
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P32908
#2: タンパク質
SISTER CHROMATID COHESION PROTEIN 1 / SCC1


分子量: 13746.589 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 451-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RESIDUES 451-566
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q12158
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→57 Å / Num. obs: 59522 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2749 3065 4.9 %RANDOM
Rwork0.2417 ---
obs0.2417 61245 98.8 %-
溶媒の処理Bsol: 29.9012 Å2 / ksol: 0.314107 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.328 Å20 Å20 Å2
2--5.328 Å20 Å2
3----10.656 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12232 0 128 0 12360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.456
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.92 Å / Rfactor Rfree: 0.3937 / Rfactor Rwork: 0.3969 / Total num. of bins used: 50
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4AGS.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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