[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5kp1: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas putid... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kp1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase from Pseudomonas putida (pKSI) bound to Equilenin; D40N, Y16(Cl-Y) | ||||||
Components | Steroid Delta-isomerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information steroid Delta-isomerase / steroid delta-isomerase activity / steroid metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas putida (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.218 Å | ||||||
Authors | Wu, Y. / Boxer, S.G. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2016 Title: A Critical Test of the Electrostatic Contribution to Catalysis with Noncanonical Amino Acids in Ketosteroid Isomerase. Authors: Wu, Y. / Boxer, S.G. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kp1.cif.gz | 123.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5kp1.ent.gz | 102.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kp1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kp1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/5kp1 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 15048.559 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas putida (bacteria) / Gene: ksi / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase #2: Chemical | ChemComp-EQU / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.43 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: 1.1-1.4M ammonium sulfate, 40mM potassium phosphate, 3-6% isopropanol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL7-1 / Wavelength: 1.12709 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 17, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.12709 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.218→24.071 Å / Num. obs: 158414 / % possible obs: 89.2 % / Redundancy: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 17.5 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.218→24.071 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 18.71 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 79.18 Å2 / Biso mean: 17.2053 Å2 / Biso min: 7.06 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.218→24.071 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
|