PDB-4k1v: Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase containing Y1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k1v

タイトル

Crystal structure of delta5-3-ketosteroid isomerase containing Y16F and Y57F mutations

要素

Steroid Delta-isomerase

キーワード

ISOMERASE / Cystatin-like fold / allylic isomerization / delta5-3ketosteroids / cytosol

機能・相同性

機能・相同性情報

steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cha, H.J. / Jang, D.S. / Kim, Y.G. / Hong, B.H. / Woo, J.S. / Choi, K.Y.

引用

ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2013
タイトル: Rescue of deleterious mutations by the compensatory Y30F mutation in ketosteroid isomerase
著者: Cha, H.J. / Jang, D.S. / Kim, Y.G. / Hong, B.H. / Woo, J.S. / Kim, K.T. / Choi, K.Y.

履歴

登録	2013年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月4日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k1v.cif.gz	37.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k1v.ent.gz	25 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4k1v_validation.pdf.gz	414.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4k1v_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	4k1v_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	4k1v_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k1/4k1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4k1uC 1opyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ipt-2 3t8n-2 1dmm-1 5d83-d 5g2g-d 5kp1-1 2inx-1 6ubq-d 6ucw-d 6tzd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Steroid Delta-isomerase

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Steroid Delta-isomerase

ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.347, 94.723, 73.886
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-230- HOH

#1: タンパク質	Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase 分子量: 14516.501 Da / 分子数: 1 / 変異: Y16F, Y57F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: SODIUM ACETATE, AMMONIUM ACETATE, pH 4.60, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6B / 波長: 1.1271 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 19423 / Num. obs: 10879 / % possible obs: 56 % / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.8→1.8 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / Num. unique all: 956 / R_sym value: 0.128 / % possible all: 82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
CNS	1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OPY

1opy

解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.207	569	random
R_work	0.2	-	-
all	-	11874	-
obs	-	10875	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	958	0	0	68	1026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	1.22
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.81

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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