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- PDB-6qj1: Crystal structure of the C. thermophilum condensin Smc2 ATPase he... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qj1 | ||||||
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Title | Crystal structure of the C. thermophilum condensin Smc2 ATPase head (crystal from I) | ||||||
![]() | Structural maintenance of chromosomes protein,Structural maintenance of chromosomes protein | ||||||
![]() | CELL CYCLE / condensin SMC complex ATPase chromosome condensation loop extrusion | ||||||
Function / homology | ![]() chromosome condensation / chromosome / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hassler, M. / Haering, C.H. | ||||||
Funding support | 1items
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![]() | ![]() Title: Structural Basis of an Asymmetric Condensin ATPase Cycle. Authors: Hassler, M. / Shaltiel, I.A. / Kschonsak, M. / Simon, B. / Merkel, F. / Tharichen, L. / Bailey, H.J. / Macosek, J. / Bravo, S. / Metz, J. / Hennig, J. / Haering, C.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 92.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 72.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 424.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49089.461 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.54 Å3/Da / Density % sol: 72.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 18% (w/v) PEG3350 0.2 M Succinate pH 7.0 2 mM MnCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jul 29, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→45.893 Å / Num. obs: 31694 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 16.095 % / Biso Wilson estimate: 72.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 20.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.56→45.893 Å / SU ML: 0.34 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 27.94
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 251.99 Å2 / Biso mean: 88.7095 Å2 / Biso min: 46.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.56→45.893 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11 / % reflection obs: 100 %
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