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- PDB-6vhr: Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) sec... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6vhr | ||||||||||||
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Title | Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) secretion system, space group I422 | ||||||||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / chaperone / protein secretion | ||||||||||||
Function / homology | ![]() : / response to host immune response / cell projection assembly / cell surface / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Williamson, Z.A. / Korotkov, K.V. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: PE5-PPE4-EspG3heterotrimer structure from mycobacterial ESX-3 secretion system gives insight into cognate substrate recognition by ESX systems. Authors: Williamson, Z.A. / Chaton, C.T. / Ciocca, W.A. / Korotkova, N. / Korotkov, K.V. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 182.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 145.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 249.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 249.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 923 B | Display | |
Data in CIF | ![]() | 5.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6uujC ![]() 2g38S ![]() 4l4wS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 9228.199 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: PE5, Rv0285, LH57_01560 / Plasmid: pRSF-NT / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 18099.459 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: fragment residues 1-178 Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: PPE4, Rv0286 / Plasmid: pRSF-NT / Production host: ![]() ![]() |
#3: Protein | Mass: 30875.873 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: fragment residues 5-290 Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC BAA-535 / M / Gene: MMAR_0548 / Plasmid: pCDF-21d / Production host: ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 5.38 Å3/Da / Density % sol: 77.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 2M sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300-HS / Detector: CCD / Date: Jun 5, 2018 Details: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: liquid nitrogen cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SI (111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.3→35.727 Å / Num. obs: 19380 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.295 % / Biso Wilson estimate: 125.541 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.091 / Χ2: 1.046 / Net I/σ(I): 15.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 2g38, 4l4w Resolution: 3.3→35.727 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.3 / Phase error: 33.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 330.77 Å2 / Biso mean: 190.6195 Å2 / Biso min: 80.02 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.3→35.727 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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