PDB-4n26: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (500 uM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n26

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (500 uM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.943 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n26.cif.gz	288.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n26.ent.gz	227.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n26_validation.pdf.gz	452 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n26_full_validation.pdf.gz	454.5 KB	表示
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CIF形式データ	4n26_validation.cif.gz	44.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n26	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n2b-1 4n2a-1 4n2i-1 4n28-1 4n2l-1 4n2n-1 4n2g-1 4n2e-1 4jd3-d 2fuq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	202.278, 51.675, 76.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1252- HOH

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78673.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日 / 詳細: vertical focusing mirrors
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→33.995 Å / Num. obs: 52719 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.97 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	最高解像度: 1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 2.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.943→33.995 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / FOM work R set: 0.851 / SU ML: 0.54 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2223	2619	4.97 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1721	52719	93.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 32.292 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.03 Å² / B_iso mean: 29.7334 Å² / B_iso min: 8.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.8867 Å²	0 Å²	-3.1413 Å²
2-	-	8.3906 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.943→33.995 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5168	0	33	524	5725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.243	7394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.099	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	937
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.824	1978

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.943-2.0126	0.3092	209	0.242	3788	3997	71
2.0126-2.0932	0.2709	227	0.1968	4539	4766	85
2.0932-2.1885	0.2586	253	0.1865	4969	5222	93
2.1885-2.3038	0.2278	272	0.1777	5126	5398	97
2.3038-2.4481	0.261	275	0.176	5204	5479	98
2.4481-2.6371	0.2402	267	0.1774	5190	5457	98
2.6371-2.9023	0.2391	275	0.1774	5246	5521	98
2.9023-3.322	0.2317	273	0.1709	5243	5516	98
3.322-4.1841	0.1876	279	0.1463	5331	5610	99
4.1841-34.0001	0.19	289	0.1574	5464	5753	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7516	-0.653	-0.1017	0.7505	-0.1944	0.5768	0.1585	0.0495	-0.0525	-0.0682	-0.0781	0.1082	-0.1018	0.0925	-0.019	0.1789	0.0436	-0.0132	0.1295	-0.0408	0.1864	138.5751	13.9796	69.8278
2	0.086	0.0374	-0.0119	0.0195	-0.0697	0.0752	0.2554	0.083	-0.2961	-0.0732	-0.1987	0.2261	-0.0676	-0.0221	0.0046	0.2026	0.1988	-0.1307	-0.0418	-0.1323	0.3074	126.2085	12.7188	63.4495
3	0.6545	-0.0115	0.1368	0.6295	-0.3343	0.4704	-0.0452	-0.2225	0.1219	0.0417	-0.1199	-0.1557	-0.0021	-0.0031	-0.2318	0.1095	0.0046	-0.0038	0.1522	0.0088	0.129	168.5879	4.414	90.3926
4	0.3208	0.3155	-0.0111	0.2572	-0.0624	0.1157	0.0762	-0.4277	-0.1986	0.0785	-0.0491	-0.0702	0.0154	0.0832	-0.0085	0.1128	0.0136	-0.0119	0.3214	0.0342	0.1282	164.7677	-4.5782	96.7876
5	0.0306	0.0944	0.0267	0.3606	-0.0162	0.0165	0.0709	-0.3764	-0.2848	0.0187	-0.0411	0.0233	0.0454	-0.096	0.0054	0.1612	-0.0348	-0.0001	0.2672	0.0337	0.1433	158.2931	-8.1103	90.716
6	0.1149	-0.0295	0.2585	-0.0153	0.0384	0.2057	-0.0244	-0.1022	-0.0552	-0.0125	0.0067	-0.0175	0.0354	-0.0181	-0.0002	0.0874	0.007	0.0085	0.1407	0.0149	0.1109	173.1169	-3.1834	89.4428
7	0.145	-0.0137	-0.0256	0.052	-0.0864	0.0512	-0.086	-0.1309	-0.2519	0.0982	0.1754	0.1988	-0.0901	-0.2271	0.0002	0.2406	0.0461	0.0215	0.2455	-0.0073	0.2068	201.6535	-4.9982	111.8976
8	-0.0106	0.0822	0.1121	0.1084	-0.0102	0.0902	0.1718	-0.2465	0.1955	-0.0523	-0.1461	-0.1372	0.0644	-0.1491	-0.0019	0.1477	-0.0201	-0.0084	0.2412	0.0532	0.18	189.0983	-4.4526	97.9699
9	0.0049	-0.0009	-0.0147	0.0418	0.0327	0.0407	-0.1134	0.0021	-0.0109	-0.129	-0.0235	-0.0203	0.1996	-0.0618	-0.0001	0.41	0.0314	-0.1204	0.3401	-0.0457	0.5777	192.9685	-15.6462	92.2044
10	0.0006	0.0016	0.0001	0.0011	-0.0013	0.0003	-0.0762	-0.0394	-0.0062	0.0094	-0.0923	-0.015	-0.0162	-0.0514	0.0002	0.543	0.0357	-0.1469	0.3896	-0.2289	0.5892	192.0745	-20.2721	96.6353
11	0.0495	0.0341	-0.0195	0.0176	0.0693	0.0605	0.1271	0.0726	-0.263	0.0345	0.2546	-0.0419	0.1799	-0.0808	0.0083	0.2198	-0.0037	-0.0037	0.4699	0.1338	0.4805	186.8152	-13.0025	95.6856
12	0.2932	-0.0406	-0.1573	0.0659	-0.0475	0.1925	0.0112	0.0325	0.0188	-0.0048	0.0034	0.0139	0.0143	-0.0341	-0	0.1327	0.0027	0.0072	0.0908	0.0138	0.1261	199.4041	-3.4984	84.3991
13	0.1128	0.0414	0.1797	0.0978	-0.0689	0.2956	-0.0699	-0.0059	-0.0609	0.0111	0.0169	0.0255	-0.103	0.0724	0	0.148	0.0077	-0.0144	0.1438	-0.0116	0.135	219.9507	4.0053	96.1166
14	0.003	-0.0205	-0.0029	0.0133	-0.015	-0.0075	0.0161	-0.1231	-0.1022	0.0136	0.0488	-0.1939	0.1053	0.1359	0	0.1824	0.0228	-0.0107	0.1684	0.0063	0.2237	228.1081	-12.2202	103.5934
15	0.2668	0.1446	0.088	-0.0068	0.1658	0.304	-0.0322	0.052	-0.0045	0.0124	0.0591	-0.0075	0.026	0.0594	0.0023	0.1158	0.0098	0.0091	0.0907	-0.0129	0.0999	216.0069	-2.14	90.9074
16	0.3327	-0.1059	-0.0391	0.1569	-0.0226	0.2367	-0.0302	-0.1802	0.0198	0.0419	0.0694	-0.0376	-0.0131	0.0517	0.0196	0.1591	0.0126	-0.0093	0.1068	-0.0063	0.093	217.4336	-0.6463	105.7527
17	0.159	0.1453	0.0507	0.0118	-0.0446	-0.0449	-0.0059	0.1084	0.0475	-0.0253	-0.0825	-0.0563	0.0951	0.0339	0	0.1476	0.0453	-0.0015	0.1607	0.0136	0.1708	190.6108	3.8384	93.7903

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:373)	A	370 - 373
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 378:382)	A	378 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:667)	A	645 - 667

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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