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Yorodumi- PDB-4n2m: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (E354A, 0 mM Ca2+) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n2m | ||||||
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Title | Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (E354A, 0 mM Ca2+) | ||||||
Components | Protein-arginine deiminase type-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / deiminase | ||||||
Function / homology | Function and homology information negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / substantia nigra development ...negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / protein-arginine deiminase activity / intracellular estrogen receptor signaling pathway / Chromatin modifying enzymes / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / substantia nigra development / cellular response to leukemia inhibitory factor / nuclear estrogen receptor binding / euchromatin / azurophil granule lumen / chromatin remodeling / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.599 Å | ||||||
Authors | Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2015 Title: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design. Authors: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4n2m.cif.gz | 290.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4n2m.ent.gz | 229.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4n2m.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2m | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2nC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 78614.969 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: E354A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: PADI2, KIAA0994, PDI2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase | ||||||
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#2: Chemical | ChemComp-MPD / ( #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-CA / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.44 Å3/Da / Density % sol: 49.53 % |
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9787 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 28, 2013 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: diamond(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9787 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.599→42.66 Å / Num. obs: 99810 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 18.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 26.8 |
Reflection shell | Highest resolution: 1.599 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4N20 Resolution: 1.599→42.66 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.8693 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.33 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.316 Å2 / ksol: 0.336 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 88.65 Å2 / Biso mean: 27.8529 Å2 / Biso min: 9.22 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.599→42.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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