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- PDB-6qnz: Crystal structure of the site-specific DNA nickase N.BspD6I E418A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qnz
タイトルCrystal structure of the site-specific DNA nickase N.BspD6I E418A Mutant
要素Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
キーワードHYDROLASE / Nickase / endonuclease / Nt.BspD6I / nicking / DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #310 / Restriction Endonuclease - #50 / Restriction endonuclease, type II, AlwI / AlwI restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. D6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Artyukh, R.I. / Kachalova, G.S. / Yunusova, A.K. / Gabdulkhakov, A.G. / Fatkhullin, B.F. / Atanasov, B.P. / Perevyazova, T.A. / Popov, A.N. / Zheleznaya, L.A.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: The key role of E418 carboxyl group in the formation of Nt.BspD6I nickase active site: Structural and functional properties of Nt.BspD6I E418A mutant.
著者: Artyukh, R.I. / Kachalova, G.S. / Yunusova, A.K. / Fatkhullin, B.F. / Atanasov, B.P. / Perevyazova, T.A. / Popov, A.N. / Gabdulkhakov, A.G. / Zheleznaya, L.A.
履歴
登録2019年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
B: Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,2899
ポリマ－141,6302
非ポリマー6597
水1629
1
A: Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1895
ポリマ－70,8151
非ポリマー3744
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1004
ポリマ－70,8151
非ポリマー2853
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.430, 92.250, 113.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Heterodimeric restriction endonuclease R.BspD6I large subunit


分子量: 70815.148 Da / 分子数: 2 / 変異: E418A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. D6 (バクテリア) / 遺伝子: bspD6R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NovaBlue(DE3) / 参照: UniProt: A3FEV7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.04 M KH2PO4, 16% (w/v) PEG 8000, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→47.11 Å / Num. obs: 49355 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 11.52
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1.78 / Num. unique obs: 5127 / CC1/2: 0.75 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EWF

2ewf


解像度: 2.45→47.11 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2432 2459 4.99 %
Rwork0.2309 --
obs0.2315 49261 87.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9452 0 37 9 9498
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049686
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63113041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.7613725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431416
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.49710.31671430.32792715X-RAY DIFFRACTION92
2.4971-2.54810.32911440.31452736X-RAY DIFFRACTION92
2.5481-2.60350.331380.30632616X-RAY DIFFRACTION91
2.6035-2.6640.36131410.30382672X-RAY DIFFRACTION90
2.664-2.73070.33291380.30452624X-RAY DIFFRACTION89
2.7307-2.80450.34841360.27742590X-RAY DIFFRACTION89
2.8045-2.8870.30191390.27992679X-RAY DIFFRACTION90
2.887-2.98020.26241400.27222649X-RAY DIFFRACTION90
2.9802-3.08670.3411370.27872622X-RAY DIFFRACTION89
3.0867-3.21020.28231380.26482639X-RAY DIFFRACTION90
3.2102-3.35630.27691380.27672638X-RAY DIFFRACTION89
3.3563-3.53320.31350.24462556X-RAY DIFFRACTION86
3.5332-3.75450.19091350.23142552X-RAY DIFFRACTION86
3.7545-4.04420.20411350.22092586X-RAY DIFFRACTION87
4.0442-4.45090.23211340.19972544X-RAY DIFFRACTION86
4.4509-5.09430.20391310.18912490X-RAY DIFFRACTION83
5.0943-6.41570.22581300.22022472X-RAY DIFFRACTION83
6.4157-47.12320.18531270.17842422X-RAY DIFFRACTION79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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