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- PDB-4e6m: Crystal structure of Putative dehydratase protein from Salmonella... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6m
タイトルCrystal structure of Putative dehydratase protein from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (Salmonella typhimurium)
要素Putative dehydratase protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / PSI-Biology
機能・相同性
機能・相同性情報


D-galactonate catabolic process / hydro-lyase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dehydratase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Putative dehydratase protein from Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (Salmonella typhimurium)
著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. ...著者: Malashkevich, V.N. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Zenchek, W. / Love, J. / Fiser, A. / Khafizov, K. / Seidel, R. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative dehydratase protein
B: Putative dehydratase protein
C: Putative dehydratase protein
D: Putative dehydratase protein
E: Putative dehydratase protein
F: Putative dehydratase protein
G: Putative dehydratase protein
H: Putative dehydratase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)380,76634
ポリマ－377,4838
非ポリマー3,28326
水42,3532351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area50610 Å2
ΔGint-257 kcal/mol
Surface area81380 Å2
手法PISA
2
A: Putative dehydratase protein
B: Putative dehydratase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2519
ポリマ－94,3712
非ポリマー8807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6530 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26190 Å2
手法PISA
3
C: Putative dehydratase protein
D: Putative dehydratase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1328
ポリマ－94,3712
非ポリマー7626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
4
E: Putative dehydratase protein
F: Putative dehydratase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,1328
ポリマ－94,3712
非ポリマー7626
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7170 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area26130 Å2
手法PISA
5
G: Putative dehydratase protein
H: Putative dehydratase protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,2519
ポリマ－94,3712
非ポリマー8807
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area26010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.128, 87.137, 200.586
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Putative dehydratase protein


分子量: 47185.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: subsp. enterica serovar Typhimurium / 遺伝子: STM2273 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q8ZNH1
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M hepes, pH 7.5, 70% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 332081 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.832.40.944163761.158191.6
1.83-1.862.40.784163311.201191.5
1.86-1.92.40.717163431.232191.1
1.9-1.942.40.556162631.254190.9
1.94-1.982.40.411161891.269190.2
1.98-2.032.50.325159831.249189.6
2.03-2.082.50.276159711.283189.3
2.08-2.132.60.237160081.286189
2.13-2.22.60.196157681.207188.4
2.2-2.272.60.171158041.288188.1
2.27-2.352.70.147157901.222187.6
2.35-2.442.70.13158741.19189
2.44-2.552.80.109163701.103191
2.55-2.692.80.092168521.107193.9
2.69-2.862.80.075172450.964196
2.86-3.082.90.065176250.905197.8
3.08-3.3930.051176920.83198.2
3.39-3.8830.038177340.829198.1
3.88-4.8830.03177370.846197.8
4.88-503.10.027181261.085198.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.25 Å
Translation2.5 Å46.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GL5

2gl5


解像度: 1.8→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.2029 / WRfactor Rwork: 0.1717 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8258 / SU B: 5.561 / SU ML: 0.084 / SU R Cruickshank DPI: 0.1211 / SU Rfree: 0.1156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2059 16680 5 %RANDOM
Rwork0.1731 ---
obs0.1748 331066 91.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.74 Å2 / Biso mean: 27.9497 Å2 / Biso min: 14.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25072 0 208 2351 27631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.96735512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56753313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70224.5081209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.085154477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2215144
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.23903
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02119864
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 1120 -
Rwork0.31 21770 -
all-22890 -
obs--87.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3985-0.0409-0.03280.2176-0.01760.56250.0140.04340.09490.0284-0.0198-0.0581-0.09830.14160.00570.058-0.02850.00850.04330.01250.082681.402917.761945.6207
20.35580.03360.06060.2397-0.0930.47570.0155-0.0311-0.1157-0.0227-0.0325-0.070.08150.11840.0170.06510.0302-0.00240.03850.01350.108580.9766-13.783955.8446
30.39430.0444-0.06660.2566-0.10080.5690.034-0.04240.05910.01980.02370.0461-0.1277-0.1887-0.05770.04640.04370.02930.0760.020.059519.377512.140962.7197
40.4198-0.00780.01430.2013-0.03620.55890.01470.0748-0.0788-0.00840.01330.05020.0819-0.1756-0.0280.0209-0.0264-0.01970.07190.00140.052519.8369-7.305636.024
50.53680.00540.09430.1482-0.04230.32280.0050.12630.1407-0.01030.0138-0.0115-0.1017-0.0605-0.01880.10290.02850.01350.05350.05240.085241.398224.338724.6021
60.58990.0262-0.02740.2802-0.08860.33760.01720.1902-0.0663-0.0488-0.0049-0.01070.04060.0269-0.01230.06720.01360.01290.0654-0.02220.013460.9045-1.038916.9394
70.6599-0.05930.00790.2872-0.08210.36180.0183-0.18510.04340.0613-0.0072-0.0119-0.04010.0185-0.01120.0702-0.0097-0.00630.0546-0.01270.00659.46995.276183.5938
80.59450.0315-0.07880.1464-0.00380.39220.0028-0.1272-0.1660.01090.0083-0.00770.0895-0.0548-0.01120.1038-0.01420.00240.04550.05570.103739.9591-19.76775.0433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 503
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 703
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 503
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 503
5X-RAY DIFFRACTION5E0 - 503
6X-RAY DIFFRACTION6F0 - 701
7X-RAY DIFFRACTION7G0 - 503
8X-RAY DIFFRACTION8H0 - 504

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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