PDB-3thu: Crystal structure of an enolase from sphingomonas sp. ska58 (efi ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3thu

タイトル

Crystal structure of an enolase from sphingomonas sp. ska58 (efi target efi-501683) with bound mg

要素

Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

キーワード

LYASE / Enolase / mannonate dehydratase related protein / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

mannonate dehydratase / mannonate dehydratase activity / amino acid catabolic process / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an enolase from sphingomonas sp. ska58 (efi target efi-501683) with bound mg
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Hillerich, B. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Zencheck, W.D. / Imker, ...

履歴

登録	2011年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月22日	Group: Structure summary
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3thu.cif.gz	493 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3thu.ent.gz	403.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3thu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/3thu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qjjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3vcn-2 3v3w-1 4gme-1 3rgt-3 3ow1-d 3v4b-1 4f4r-1 4kpl-d 4il2-2 4jn7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-501683

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

144 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
384 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_655	-y+1,x,z	1
crystal symmetry operation	4_565	y,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	5_655	-x+1,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_565	x,-y+1,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_665	-y+1,-x+1,-z	1

2

B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

B: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

C: Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
384 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.799, 124.799, 343.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-404- CL
2	1	A-482- HOH
3	1	A-540- HOH
4	1	A-604- HOH
5	1	A-632- HOH
6	1	A-718- HOH
7	1	A-726- HOH
8	1	A-919- HOH
9	1	B-876- HOH
10	1	B-909- HOH
11	1	C-925- HOH

詳細

biological unit is an octamer

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質	Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family protein 分子量: 47705.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas sp. SKA58 (バクテリア) 遺伝子: SKA58_08619 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1NAJ2

-
非ポリマー , 5種, 1161分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (25% Peg3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (25% Peg3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

結晶

マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, 5 mM MgCl2; Reservoir (25% Peg3350, 100 mM TRIS pH 8.5, 200 mM MgCl2); Cryoprotection (Reservoir + 20% glycerol), sitting ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→171.546 Å / Num. all: 123065 / Num. obs: 123065 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.9 % / R_sym value: 0.077 / Net I/σ(I): 23.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	9.1	0.368	2.1	147895	16241	0.368	90.6
1.9-2.01	11.7	0.271	2.8	199888	17073	0.271	99.9
2.01-2.15	12.8	0.182	4.2	205878	16069	0.182	100
2.15-2.32	13.3	0.129	5.8	199669	14984	0.129	100
2.32-2.55	13.8	0.102	7.2	191229	13836	0.102	100
2.55-2.85	14.2	0.079	8.9	178402	12548	0.079	100
2.85-3.29	14.5	0.064	10.4	161722	11125	0.064	100
3.29-4.02	14.6	0.055	11.1	138209	9489	0.055	100
4.02-5.69	14.4	0.051	11.4	106918	7421	0.051	100
5.69-171.546	13.5	0.045	12	57779	4279	0.045	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2qjj

2qjj

解像度: 1.8→171.546 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.9188 / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1646	6189	5.03 %	random
R_work	0.1384	-	-	-
all	0.1397	122968	-	-
obs	0.1397	122968	98.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 30.732 Å² / k_sol: 0.364 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.51 Å² / B_iso mean: 19.9254 Å² / B_iso min: 5.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.6602 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.6602 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.3203 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→171.546 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9540	0	59	1142	10741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9953
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.057	13550
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1760
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.927	3616

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.8205	0.2477	167	0.2229	3243	3410	83
1.8205-1.8419	0.2579	173	0.2223	3390	3563	87
1.8419-1.8644	0.2644	193	0.2177	3558	3751	91
1.8644-1.888	0.2319	204	0.1975	3727	3931	96
1.888-1.9128	0.2132	216	0.1861	3898	4114	100
1.9128-1.939	0.2271	205	0.1798	3897	4102	100
1.939-1.9667	0.2085	238	0.1626	3866	4104	100
1.9667-1.9961	0.1857	220	0.1537	3898	4118	100
1.9961-2.0273	0.1748	191	0.1367	3947	4138	100
2.0273-2.0605	0.2003	172	0.1306	3935	4107	100
2.0605-2.096	0.1587	207	0.1281	3927	4134	100
2.096-2.1342	0.1598	216	0.1288	3877	4093	100
2.1342-2.1752	0.1614	215	0.1278	3930	4145	100
2.1752-2.2196	0.1476	222	0.1277	3918	4140	100
2.2196-2.2679	0.1631	198	0.1315	3957	4155	100
2.2679-2.3206	0.1818	212	0.1341	3899	4111	100
2.3206-2.3787	0.1708	197	0.1356	3969	4166	100
2.3787-2.443	0.1721	209	0.1378	3927	4136	100
2.443-2.5149	0.1694	215	0.1353	3940	4155	100
2.5149-2.5961	0.1738	205	0.1378	3929	4134	100
2.5961-2.6889	0.181	189	0.1382	3955	4144	100
2.6889-2.7965	0.1553	199	0.1364	3977	4176	100
2.7965-2.9238	0.1579	227	0.1339	3944	4171	100
2.9238-3.078	0.153	190	0.1366	3986	4176	100
3.078-3.2708	0.1462	215	0.1287	3993	4208	100
3.2708-3.5234	0.1369	201	0.1285	3992	4193	100
3.5234-3.878	0.1372	238	0.1139	3995	4233	100
3.878-4.4392	0.1295	221	0.111	4024	4245	100
4.4392-5.593	0.1473	228	0.1228	4066	4294	100
5.593-172.3303	0.1886	206	0.1782	4215	4421	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0052	0.0071	-0.007	0.0059	-0.0141	0.0145	0.0132	0.0215	-0.003	0.012	0.0425	0.0648	0.0256	-0.0872	0.039	-0.0414	-0.0842	-0.0083	0.1168	0.0698	0.1424	26.3645	48.9711	8.3415
2	0.0495	0.0044	0.0341	0.037	-0.0289	0.1021	0.0124	-0.0203	0.0099	0.0046	0.0286	0.0595	-0.0001	-0.0703	-0.0227	0.0666	0.0002	0.0088	0.0961	0.0249	0.1321	41.5875	60.7946	21.4356
3	0.0074	-0.003	0.0149	0.0064	-0.0128	0.0419	0.027	-0.0283	0.0034	0.0116	0.0268	0.0404	0.043	-0.1152	0.0157	-0.0067	-0.0698	0.005	0.1036	0.0674	0.1457	30.0699	49.6906	13.8716
4	0.0708	-0.0207	-0.0271	0.0641	-0.0145	0.0312	0.0124	0.0214	0.0873	-0.0193	-0.0045	-0.0487	-0.0322	0.0107	0.0037	0.1119	-0.0257	-0.0032	0.1023	0.011	0.1066	25.1887	28.9106	51.6289
5	0.0119	-0.0043	0.0062	0.0106	-0.0001	0.0136	-0.0022	0.0139	0.0422	-0.0385	-0.0094	-0.0027	-0.0132	0.0025	-0.0009	0.0911	-0.0106	0.0028	0.0848	0.0141	0.052	8.779	18.7926	38.3692
6	0.0606	0.0226	-0.0266	0.0396	0.0014	0.021	0.0025	0.0062	0.0441	-0.0206	-0.0066	-0.051	-0.0364	0.0392	-0.007	0.1024	-0.0232	0.004	0.1017	0.0149	0.1116	23.2544	25.8809	45.9353
7	0.0115	0.0059	0.0018	0.005	-0.0008	0.0068	-0.0011	-0.0048	0.046	-0.0015	0.0106	0.0086	-0.0294	-0.0037	0.0098	0.1367	0.0017	-0.0132	0.0673	-0.0235	0.1498	2.4247	46.4156	60.1454
8	0.0624	-0.0049	-0.0219	0.0778	0.0327	0.0273	0.0108	-0.0829	0.0741	0.0713	0.0089	-0.0128	-0.0113	0.0326	0.0031	0.1615	-0.0013	-0.0108	0.1219	-0.0381	0.0955	-1.5286	33.2326	73.5135
9	0.0142	-0.0006	0.0022	0.013	0.0104	0.0118	0.0005	-0.0592	0.0422	0.0497	-0.0104	-0.0193	-0.0368	0.0038	0.0003	0.1597	-0.0019	-0.0128	0.1344	-0.0328	0.0404	5.7443	20.0496	81.3674
10	0.0632	0.0103	-0.0031	0.0126	0.0056	0.0492	0.016	-0.0547	0.0733	0.0551	-0.0143	-0.0011	-0.0564	-0.0114	-0.0054	0.1462	0.0022	-0.0087	0.0851	-0.0445	0.0942	-0.3793	34.8131	73.7451

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:161)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 162:276)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 277:403)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:161)	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 162:276)	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 277:403)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resseq 1:63)	C
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resseq 64:161)	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 162:276)	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 277:403)	C

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 1161分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-非ポリマー , 5種, 1161分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

-
非ポリマー , 5種, 1161分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)