PDB-4n2g: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D169A, 10 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2g

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D169A, 10 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2g.cif.gz	290.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2g.ent.gz	230.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2g	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20C 4n22C 4n24C 4n25SC 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2hC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4n2a-1 4n26-1 4n2b-1 4n2i-1 4n2l-1 4n28-1 4n2n-1 1iyw-2 4n2e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
159 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	204.450, 50.940, 75.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.980, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

#1: タンパク質

Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II

分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D169A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase

-
非ポリマー , 5種, 436分子

#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→37.782 Å / Num. obs: 64573 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.14 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	最高解像度: 1.85 Å / R_merge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N25

4n25

解像度: 1.85→37.782 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / FOM work R set: 0.8483 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2161	3269	5.06 %
R_work	0.1785	-	-
obs	0.1804	64573	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.885 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.55 Å² / B_iso mean: 37.0827 Å² / B_iso min: 13.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.9856 Å²	0 Å²	-1.9049 Å²
2-	-	10.1354 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.1497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→37.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5143	0	54	425	5622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5365
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	7333
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.103	810
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	928
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.576	1945

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.85-1.9161	0.2678	308	0.2459	6102	6410
1.9161-1.9928	0.2715	303	0.2134	6117	6420
1.9928-2.0835	0.2316	308	0.1915	6090	6398
2.0835-2.1934	0.2335	343	0.1783	6095	6438
2.1934-2.3308	0.223	344	0.1826	6077	6421
2.3308-2.5107	0.227	294	0.1844	6131	6425
2.5107-2.7633	0.2336	331	0.1912	6118	6449
2.7633-3.163	0.219	353	0.1818	6132	6485
3.163-3.9843	0.1903	350	0.1615	6143	6493
3.9843-37.7894	0.2058	335	0.1682	6299	6634

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6484	-1.9053	1.3614	3.1746	0.8188	5.5384	0.1969	-0.1462	0.2051	-0.6067	-0.0285	0.1027	-0.7112	0.0648	-0.1446	0.3796	0.0193	0.0191	0.187	-0.0601	0.2458	-64.2136	13.0062	69.5763
2	2.9185	-1.6135	1.863	3.4749	-0.8419	1.2471	0.6375	0.1283	-0.0812	-1.11	-0.4996	0.8686	0.0805	-0.4126	-0.2229	0.5313	0.1744	-0.1972	0.3984	-0.1033	0.4752	-76.4511	11.727	63.4674
3	4.9968	-0.5724	1.7935	0.2515	-0.012	1.1504	-0.1167	-0.7099	0.24	0.1091	0.0454	0.0437	-0.0365	-0.3594	0.0263	0.1812	0.0239	0.0189	0.4182	-0.0111	0.1361	-34.3438	3.4932	90.4241
4	4.3802	-0.8661	0.524	1.082	0.3295	1.3298	-0.0627	-1.3374	-1.0212	0.8886	0.2699	-0.3037	0.1435	-0.753	-0.1382	0.158	-0.0702	0.1372	0.8245	0.1275	-0.0232	-38.1635	-4.9872	96.5108
5	0.1027	0.3138	-0.6026	0.8644	-0.8761	1.3039	-0.0059	-0.3447	-0.2301	0.1372	0.0689	0.1645	-0.0643	-0.1094	-0.0119	0.2252	-0.0483	0.0068	0.524	0.0298	0.2157	-45.0105	-8.7143	90.4118
6	4.1327	-0.1925	2.0844	0.1446	0.1183	1.5158	0.0023	-0.1235	-0.2607	0.0165	0.0537	0.0438	0.0587	-0.2046	-0.0824	0.1889	-0.0147	0.0305	0.3023	0.037	0.1628	-29.0496	-4.2701	89.8007
7	8.116	0.4456	1.1036	8.5399	-5.1991	6.0622	-0.3608	-0.4586	0.1769	0.7363	0.3711	0.0457	-0.6012	-0.1658	0.0655	0.3656	0.084	-0.0026	0.3062	-0.0396	0.1194	-0.6207	-4.4514	112.67
8	8.6895	-5.9974	1.1644	7.8632	-1.3656	5.2073	-0.0882	-0.6794	0.0447	0.0976	0.1193	-0.2871	0.3535	-0.2729	0.0243	0.1786	-0.0717	0.0024	0.2678	0.0363	0.1272	-13.7139	-5.3212	97.9085
9	0.2041	0.2155	0.6833	6.141	-0.3109	2.9797	-0.4988	-0.0851	-2.6032	0.9368	-0.2782	-0.0958	2.5163	-0.2803	0.6136	0.5572	-0.0553	0.0418	0.3163	0.0462	0.6623	-9.2688	-18.6173	91.8715
10	3.6104	-2.9615	-5.9554	8.9235	5.1474	9.825	-1.264	-1.918	-1.5147	1.7068	1.1857	-1.0103	1.5491	1.6257	-0.0293	0.5992	0.0978	-0.2153	0.6005	0.0404	0.8408	-8.2859	-22.6213	95.4469
11	6.4603	-1.821	-3.3618	2.9133	2.2417	6.3848	0.0903	-0.2436	-0.7323	0.1651	0.113	-0.0024	0.616	-0.3164	-0.0823	0.2511	-0.0609	-0.097	0.3208	0.1157	0.3154	-15.3467	-14.3602	93.8749
12	4.4873	-1.7026	-0.0785	1.1886	0.1806	1.4445	0.1042	0.3151	-0.0881	-0.1568	-0.0584	0.0454	0.012	-0.1118	-0.0375	0.1828	-0.0237	0.006	0.155	0.0237	0.147	-3.3073	-4.4649	84.3256
13	7.3317	-1.7263	1.6715	1.4572	-0.6417	2.4441	-0.1323	0.0376	0.3471	0.1091	0.0168	-0.1356	-0.2093	0.1008	0.0552	0.1691	-0.0335	0.0025	0.0507	-0.0004	0.1459	17.0559	3.6118	95.7826
14	6.1531	7.624	-6.3079	9.3152	-7.7977	6.3163	-0.0234	-0.2398	-0.4932	0.0982	-0.0498	-0.7758	0.2317	0.5919	0.0697	0.2021	0.0246	-0.0094	0.258	0.0039	0.2367	25.8203	-12.8613	103.058
15	2.533	-0.3656	0.3893	0.7832	-0.1761	2.0285	-0.0262	0.211	-0.1034	-0.0513	0.0284	-0.0436	0.0643	0.1156	0.012	0.1536	-0.0277	0.0205	0.0807	-0.0115	0.158	13.2427	-2.763	90.64
16	2.9619	-1.4603	-0.0739	8.1723	-1.1816	2.6602	-0.051	-0.2865	-0.2183	0.0292	0.0762	0.2055	0.1027	0.0738	-0.0392	0.1393	-0.003	-0.0139	0.1316	0.0032	0.1118	14.8445	-1.3695	105.4299
17	5.2037	-1.7442	2.5957	4.608	-2.1621	3.8728	0.0413	0.4907	0.0612	-0.1791	-0.2127	-0.1461	0.1012	0.4426	0.1524	0.1253	0.0305	0.0593	0.2399	-0.0125	0.1598	-11.8607	2.9329	94.4851

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:163)	A	113 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 164:193)	A	164 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:382)	A	375 - 382
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 383:402)	A	383 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:667)	A	645 - 667

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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