PDB-4n2h: Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D177A, 0 mM Ca2+)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2h

タイトル

Crystal structure of Protein Arginine Deiminase 2 (D177A, 0 mM Ca2+)

要素

Protein-arginine deiminase type-2

キーワード

HYDROLASE / deiminase

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lymphocyte chemotaxis / histone arginine deiminase activity / negative regulation of chemokine-mediated signaling pathway / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.808 Å

データ登録者

Slade, D.J. / Zhang, X. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Gross, M.L. / Guo, M. / Coonrod, S.A. / Thompson, P.R.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Protein arginine deiminase 2 binds calcium in an ordered fashion: implications for inhibitor design.
著者: Slade, D.J. / Fang, P. / Dreyton, C.J. / Zhang, Y. / Fuhrmann, J. / Rempel, D. / Bax, B.D. / Coonrod, S.A. / Lewis, H.D. / Guo, M. / Gross, M.L. / Thompson, P.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2h.cif.gz	287 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2h.ent.gz	226.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4n2h_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n2h_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	4n2h_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	4n2h_validation.cif.gz	47 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4n20SC 4n22C 4n24C 4n25C 4n26C 4n28C 4n2aC 4n2bC 4n2cC 4n2dC 4n2eC 4n2fC 4n2gC 4n2iC 4n2kC 4n2lC 4n2mC 4n2nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n20-1 4n2d-1 4n24-1 4n2m-1 4n25-1 4n2k-1 4n2f-1 6f91-1 4n22-1 6qnz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

79.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

A: Protein-arginine deiminase type-2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
158 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	202.312, 52.035, 76.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.310, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein-arginine deiminase type-2 / PAD-H19 / Peptidylarginine deiminase II / Protein-arginine deiminase type II 分子量: 78629.000 Da / 分子数: 1 / 変異: D177A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PADI2, KIAA0994, PDI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2J8, protein-arginine deiminase
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 675 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10-20% MPD, 50 mM MES, pH 5.6, 0.12 M sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9787 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月28日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→40.633 Å / Num. obs: 69484 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.08 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	最高解像度: 1.8 Å / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N20

4n20

解像度: 1.808→40.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.12 / FOM work R set: 0.8721 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	3259	5 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1742	69484	98.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.829 Å² / k_sol: 0.324 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.73 Å² / B_iso mean: 27.9177 Å² / B_iso min: 8.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.0744 Å²	0 Å²	-2.3117 Å²
2-	-	6.0272 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.9528 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.808→40.633 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5033	0	26	675	5734

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5300
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.263	7232
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	798
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	927
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.835	1943

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.808-1.8726	0.3044	345	0.2484	6538	6883	99
1.8726-1.9476	0.241	348	0.2087	6613	6961	100
1.9476-2.0362	0.223	349	0.1828	6619	6968	100
2.0362-2.1436	0.1997	349	0.1666	6644	6993	100
2.1436-2.2778	0.2177	350	0.1683	6623	6973	100
2.2778-2.4537	0.2443	349	0.1775	6640	6989	100
2.4537-2.7006	0.2141	349	0.1769	6666	7015	100
2.7006-3.0912	0.2251	353	0.1766	6676	7029	100
3.0912-3.8941	0.2004	326	0.1627	6248	6574	93
3.8941-40.6432	0.1792	356	0.1559	6743	7099	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3213	-1.7224	1.3429	1.9811	-0.1621	4.4782	0.1608	0.1096	0.0379	-0.2182	-0.0599	0.0539	-0.2925	0.0756	-0.1115	0.1541	0.0081	-0.003	0.0826	-0.0272	0.1543	158.905	13.7168	-3.223
2	5.02	-2.0529	1.5223	3.9144	-1.2398	2.0232	0.1402	0.2606	-0.219	-0.4718	-0.0221	0.534	-0.0292	-0.4225	-0.0883	0.2697	0.1072	-0.139	0.1977	-0.1121	0.2881	146.5664	12.4577	-9.8014
3	4.1174	0.111	1.0901	0.4246	-0.2082	0.5617	-0.0468	-0.1847	0.5485	0.0011	-0.0963	-0.1461	-0.022	-0.0247	0.1315	0.1506	0.028	-0.025	0.1966	-0.0198	0.2179	187.7154	7.3615	14.0405
4	3.6101	0.1357	0.454	2.156	-0.2566	1.4966	0.0621	-1.2568	-0.3359	0.4637	-0.0907	-0.2794	0.1632	-0.1369	0.0196	0.2499	0.0417	-0.0354	0.4884	0.0713	0.1504	179.5959	-0.8427	22.6367
5	1.3773	0.4022	0.061	0.9637	-0.0907	1.193	-0.0185	-0.7834	-0.5254	0.2307	0.0217	0.0163	0.137	-0.0382	0.0323	0.1957	-0.0149	0.0121	0.3158	0.0561	0.1896	178.3059	-8.2431	16.2337
6	2.3255	-0.117	1.2506	-0.1216	0.1038	0.9827	0.0124	-0.1646	-0.1136	0.0124	0.0226	-0.0061	0.066	-0.1004	-0.0455	0.14	-0.0068	0.0051	0.1337	0.0194	0.1746	193.7216	-3.5947	16.1334
7	3.9033	0.1499	0.7484	2.9637	0.3097	3.6521	-0.0135	-0.4186	0.0115	0.1568	-0.02	0.124	0.0263	-0.4958	0.0158	0.2107	0.0171	0.0226	0.2656	0.013	0.1422	221.6192	-7.3777	37.6125
8	5.4384	-4.1434	2.2622	5.4554	-1.7747	2.4532	-0.1517	-0.5443	0.0247	0.1537	0.1804	0.1744	-0.0381	-0.3404	-0.0196	0.1365	-0.0081	0.014	0.1809	-0.0027	0.1359	209.4878	-4.4878	24.8669
9	3.5388	-3.5415	1.9329	3.5399	-1.797	4.6459	-0.0369	-0.0209	-1.0842	0.195	0.4802	-0.1018	0.6034	0.1963	-0.4326	0.3891	-0.0005	-0.0106	0.216	-0.0088	0.4373	214.6825	-18.4938	22.6287
10	6.8759	2.3159	-4.7595	4.2799	2.6499	8.4613	-0.0185	-0.3292	-0.1924	0.11	-0.126	-0.2515	0.4043	0.306	0.1433	0.768	0.1061	0.1689	0.6213	0.1935	1.1804	209.9774	-22.2974	26.4473
11	4.0566	-1.0518	0.5474	1.6808	-0.7429	0.5767	-0.5297	-0.8555	-0.7369	0.6258	0.1821	0.0177	0.117	-0.2837	0.2308	0.2661	-0.0759	0.0274	0.4113	0.122	0.2715	207.0293	-10.7864	27.7525
12	2.4283	-0.7454	-0.1068	0.872	0.432	0.7661	0.0054	0.1064	0.006	-0.0981	-0.0316	0.0854	0.0114	-0.0921	0.0396	0.1486	-0.0037	0.0052	0.1477	0.0189	0.1347	220.0655	-4.0374	11.1858
13	3.348	-0.4394	0.9371	0.8952	-0.2555	1.9046	-0.1349	0.0116	0.1941	0.066	0.0147	-0.02	-0.2221	0.0617	0.0681	0.1292	-0.0001	-0.0058	0.0735	-0.0063	0.0869	240.2718	3.9236	22.8399
14	5.248	4.4468	-4.4766	5.3538	-4.2958	4.0157	-0.0893	-0.2964	-0.3751	-0.0462	-0.0285	-0.335	0.3299	0.3908	0.0942	0.1805	0.0437	-0.032	0.1758	0.0056	0.1336	248.5574	-12.9535	30.5729
15	1.482	-0.0957	0.3967	0.6443	0.078	1.5026	-0.0333	0.1211	-0.0183	-0.0113	0.0301	-0.025	0.0375	0.1257	0.0013	0.0989	-0.0143	0.0096	0.0855	-0.0088	0.103	236.6217	-2.2802	17.8464
16	1.3099	-0.2577	0.0465	3.3804	-0.187	1.3276	-0.0322	-0.2106	0.0554	0.0495	0.0839	0.0955	-0.0502	0.0138	-0.0449	0.1325	0.0123	-0.0033	0.1512	-0.0079	0.0805	237.7507	-0.9166	32.4854
17	2.1228	-1.1196	1.2996	1.8151	-1.137	1.3308	-0.0786	0.1408	0.1598	0.0475	-0.0496	0.0317	0.0585	0.0366	0.1479	0.1693	0.0238	0.0063	0.1796	-0.0007	0.2265	210.7352	3.9185	19.6165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:96)	A	3 - 96
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 97:112)	A	97 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 113:156)	A	113 - 156
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 172:193)	A	172 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 194:242)	A	194 - 242
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 243:318)	A	243 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 319:346)	A	319 - 346
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 347:369)	A	347 - 369
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 370:374)	A	370 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 375:377)	A	375 - 377
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 384:402)	A	384 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 403:475)	A	403 - 475
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 476:514)	A	476 - 514
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 515:530)	A	515 - 530
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 531:607)	A	531 - 607
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 608:644)	A	608 - 644
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 645:668)	A	645 - 668

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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