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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ma5 | |||||||||
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Title | GFP-binding DARPin fusion gc_K11 | |||||||||
![]() |
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![]() | FLUORESCENT PROTEIN / green fluorescent protein / designed ankyrin protein | |||||||||
Function / homology | ![]() | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hansen, S. / Stueber, J. / Ernst, P. / Koch, A. / Bojar, D. / Batyuk, A. / Plueckthun, A. | |||||||||
![]() | ![]() Title: Design and applications of a clamp for Green Fluorescent Protein with picomolar affinity. Authors: Hansen, S. / Stuber, J.C. / Ernst, P. / Koch, A. / Bojar, D. / Batyuk, A. / Pluckthun, A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 509.1 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 496 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 503.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 46.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 67.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ma3C ![]() 5ma4C ![]() 5ma6C ![]() 5ma8C ![]() 5ma9C ![]() 5madC ![]() 5makC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules BDAC
#1: Protein | Mass: 27453.949 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 31635.191 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 790 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CIT / #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1M tri Sodium citrate pH 5.6, 20% v/v 2-Propanol, 20%w/v PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→44.249 Å / Num. obs: 92746 / % possible obs: 89.5 % / Redundancy: 3.74 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18.31 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.9 Å / Redundancy: 3.76 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / CC1/2: 0.808 / % possible all: 89.2 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→44.249 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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