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万見
- PDB-1sz9: The RNA polymerase II CTD in mRNA processing: beta-turn recogniti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sz9
タイトルThe RNA polymerase II CTD in mRNA processing: beta-turn recognition and beta-spiral model
要素PCF11 protein
キーワードTRANSCRIPTION / Pcf11 / RNA polymerase II CTD interacting domain / arm repeats
機能・相同性
機能・相同性情報


termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA cleavage factor complex / mRNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / mRNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / Protein PCF11-like / CID domain / RPR ...: / Pfc11 Rna14/15 interacting domain / Subunit of cleavage factor IA Pcf11, C-terminal / : / : / Pcf11, Clp1-interaction domain / Pcf11, C-terminal domain / Protein PCF11-like / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Meinhart, A. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3'-RNA-processing factors.
著者: Meinhart, A. / Cramer, P.
履歴
登録2004年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PCF11 protein
B: PCF11 protein
C: PCF11 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8723
ポリマ－49,8723
非ポリマー00
水1,964109
1
A: PCF11 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6241
ポリマ－16,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PCF11 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6241
ポリマ－16,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PCF11 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6241
ポリマ－16,6241
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.730, 67.670, 135.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PCF11 protein


分子量: 16624.145 Da / 分子数: 3 / 断片: CTD interacting domain of Pcf11 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PCF11, YDR228C, YD9934.13C / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: P39081
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 25 % (v/v) ethylene glycol, 5 % (v/v) PEG 550, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9168
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月9日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9168 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 29988 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: ORIGINAL MODEL FROM MAD EXPERIMENT WAS USED FOR FURTHER REFINEMENT. R-FREE SET WAS KEPT CONSISTEND

解像度: 2.1→20 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1400 4.5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 29988 98 %-
all-31174 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3461 0 0 109 3570
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.211
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.569
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.405
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.439
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.515
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.13 Å / Total num. of bins used: 28 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 16
Rwork0.225 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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