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万見
- PDB-5oo4: Streptomyces PAC13 with uridine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oo4
タイトルStreptomyces PAC13 with uridine
要素Putative cupin_2 domain-containing isomerase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Pac13 / Dehydratase / Pacidamycin
機能・相同性RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / URIDINE / Putative cupin_2 domain-containing isomerase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chung, C. / Michailidou, F.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins.
著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M.
履歴
登録2017年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cupin_2 domain-containing isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3562
ポリマ－14,1121
非ポリマー2441
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.822, 66.822, 55.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-345-

HOH

21A-520-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative cupin_2 domain-containing isomerase / Putative uncharacterized protein pac13


分子量: 14111.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)
遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2EKP5
#2: 化合物 ChemComp-URI / URIDINE


分子量: 244.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 15% PEG3350,0.2M NaAc,0.09MBis-Tris pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→28.93 Å / Num. obs: 17785 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.848 Å2 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.71 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique obs: 2281 / % possible all: 67.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→28.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.417 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18458 838 4.7 %RANDOM
Rwork0.15724 ---
obs0.15849 16828 92.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.848 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0.02 Å20 Å2
2---0.04 Å2-0 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数977 0 17 223 1217
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191109
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9261519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71432282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.3815138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.05223.03656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.95815173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.68159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211306
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02283
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9271.448531
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9251.448530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.613.251676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6093.252677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.581.748578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5791.748578
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.63.771844
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0778.461380
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.0758.4621381
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 30 -
Rwork0.204 746 -
obs--55.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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