PDB-5njn: Roll out the beta-barrel: structure and mechanism of Pac13, a uni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5njn

タイトル

Roll out the beta-barrel: structure and mechanism of Pac13, a unique nucleoside dehydratase

要素

Putative cupin_2 domain-containing isomerase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Pac13 Cupin Pacidamycin

機能・相同性

RmlC-like cupin domain superfamily / isomerase activity / RmlC-like jelly roll fold / Putative cupin_2 domain-containing isomerase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Michailidou, F. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Goss, R.J.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Pac13 is a Small, Monomeric Dehydratase that Mediates the Formation of the 3'-Deoxy Nucleoside of Pacidamycins.
著者: Michailidou, F. / Chung, C.W. / Brown, M.J.B. / Bent, A.F. / Naismith, J.H. / Leavens, W.J. / Lynn, S.M. / Sharma, S.V. / Goss, R.J.M.

履歴

登録	2017年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2024年11月6日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5njn.cif.gz	39.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5njn.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5njn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nj/5njn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5njoC 5oo4C 5oo5C 5oo8C 5oo9C 5ooaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5oo8-d 2lr4-d 6sjq-d 6ogt-d 5cxl-2 3a6v-2 5kjx-d 3osj-2 4kef-d 3obl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative cupin_2 domain-containing isomerase

14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.800, 66.800, 54.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-221- HOH

#1: タンパク質	Putative cupin_2 domain-containing isomerase / Putative uncharacterized protein pac13 分子量: 13970.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coeruleorubidus (バクテリア) 遺伝子: pac13, pacM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: E2EKP5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 / 詳細: 0.1 M Tris pH 8.8, 20% w/v PEG8K, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97945 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→57.85 Å / Num. obs: 19005 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.5 % / B_iso Wilson estimate: 14.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 32.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 29.8 % / R_merge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 1384 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX	1.9.1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.6→57.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 1.321 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20659	979	5.2 %	RANDOM
R_work	0.18448	-	-	-
obs	0.18555	18000	99.99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.674 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.05 Å²	-0.02 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.6→57.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	968	0	0	105	1073

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	994
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.295	1.934	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.868	3	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	119
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.158	23.269	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.475	15	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.677	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	225
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.713	1.628	479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.704	1.627	478
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.19	2.439	597
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.191	2.439	598
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	1.828	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.275	1.828	516
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.04	2.673	755
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.001	19.722	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.798	19.303	1029
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.229	91	-
R_work	0.224	1285	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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