PDB-6q1k: Inferred intermediate I-7 of the human antibody lineage 652

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1k

タイトル

Inferred intermediate I-7 of the human antibody lineage 652

要素

Fab heavy chain
Fab lambda light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

McCarthy, K.R. / Harrison, S.C.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI089618	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	AI117892	米国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Affinity maturation in a human humoral response to influenza hemagglutinin.
著者: McCarthy, K.R. / Raymond, D.D. / Do, K.T. / Schmidt, A.G. / Harrison, S.C.

履歴

登録	2019年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1k.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1k.ent.gz	142.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6q0eC 6q0hC 6q0iC 6q0lC 6q0oC 6q18C 6q19C 6q1aC 6q1eC 6q1gC 6q1jC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6q1j-d 6q1g-d 5uix-d 6nov-2 1m71-d 1mjj-1 4qt5-2 3uls-2 6cdp-d 4k3d-2 4jn1-d 1s3k-d 6bzw-4 5y2k-2 5eoc-1 4ocr-d 1fl6-1 6q19-d 3cfb-1 4jzo-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab heavy chain

L: Fab lambda light chain

ヘテロ分子

48.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.160, 69.990, 65.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.610, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 25731.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab lambda light chain 分子量: 22930.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): 293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 200mM sodium acetate, 30% (w/v) PEG 400, 100mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→46.334 Å / Num. obs: 20469 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.0946 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.2→2.279 Å / Num. unique obs: 2025 / CC_1/2: 0.827

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→46.334 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2394	1015	4.96 %
R_work	0.191	-	-
obs	0.1934	20461	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.04 Å² / B_iso mean: 26.6117 Å² / B_iso min: 9.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→46.334 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3288	0	6	241	3535
B_iso mean	-	-	41.55	31.94	-
残基数	-	-	-	-	441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.2001-2.3161	0.3117	151	0.2356	2754	99
2.3161-2.4612	0.2936	128	0.2236	2787	100
2.4612-2.6513	0.2814	147	0.2211	2748	100
2.6513-2.918	0.252	128	0.1982	2803	100
2.918-3.3402	0.2453	147	0.1877	2785	100
3.3402-4.2078	0.227	135	0.1647	2787	99
4.2078-46.3	0.197	179	0.1784	2782	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8775	-0.1701	0.3497	1.2158	-0.4712	1.5144	0.0514	0.0866	-0.0823	-0.1104	-0.0362	0.0937	0.0829	0.0238	-0.0019	0.1587	-0.0014	0.0042	0.1669	-0.0218	0.1781	69.9456	-27.4373	-25.3511
2	1.4304	-0.1912	-0.0674	0.9152	-0.2819	1.0119	-0.0725	-0.2269	-0.0798	0.11	0.0735	0.1094	-0.1406	0.108	0.0287	0.2289	-0.0082	-0.0441	0.1629	-0.0153	0.158	51.0176	-18.9557	-3.205
3	1.8077	-1.0128	-0.5163	2.2138	0.256	0.802	0.0999	0.121	0.0318	-0.2096	-0.1114	0.0089	-0.0231	-0.0154	0.0383	0.1965	0.0059	-0.0127	0.2001	0.0053	0.18	47.0541	-17.5516	-5.8022
4	1.5631	-0.2471	-0.5907	1.2157	-0.3617	1.2892	-0.0034	0.0226	0.0275	-0.0174	-0.0153	-0.0842	-0.0206	0.0149	0.0108	0.1842	-0.0022	-0.0069	0.1525	-0.0056	0.157	73.7938	-7.0593	-27.2372
5	0.9424	0.0694	-1.0016	-0.1076	-0.1532	0.9491	0.0528	-0.1367	0.0066	0.0442	-0.0034	-0.0406	-0.0668	0.0963	-0.0532	0.1964	-0.0344	-0.0143	0.1972	-0.0076	0.2013	56.0458	-8.469	-4.5133
6	1.6927	0.0473	-0.0442	2.3417	-0.3147	1.3251	-0.0098	-0.0456	0.0906	-0.0491	-0.0125	-0.1433	-0.1017	0.0475	0.0361	0.1901	-0.0118	0.0003	0.184	-0.0158	0.1885	52.4992	-5.0814	6.3263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 120 )	H	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 121 through 151 )	H	121 - 151
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 152 through 231 )	H	152 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 3 through 97 )	L	3 - 97
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 98 through 132 )	L	98 - 132
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 133 through 212 )	L	133 - 212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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