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万見
- PDB-6pz7: GH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostridium acetobutylicum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pz7
タイトルGH5-4 broad specificity endoglucanase from Clostridium acetobutylicum
要素Endoglucanase family 5
キーワードHYDROLASE / GH5-4 / endoglucanase / GLBRC
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bianchetti, C.M. / Bingman, C.A. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-07ER64494 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural and kinetic survey of GH5_4 endoglucanases reveals determinants of broad substrate specificity and opportunities for biomass hydrolysis.
著者: Glasgow, E.M. / Kemna, E.I. / Bingman, C.A. / Ing, N. / Deng, K. / Bianchetti, C.M. / Takasuka, T.E. / Northen, T.R. / Fox, B.G.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / struct / Item: _struct.title
改定 1.22021年2月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5235
ポリマ－37,3021
非ポリマー2224
水6,810378
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.721, 51.965, 102.995
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase family 5


分子量: 37301.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)
株: ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: CA_C0826 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97KU0
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein was crystallized in SD2 plates set by a Mosquito crystallization robot. The hit came from PACT Premiere Screen A7, 200 mM NaCl, 100 mM sodium acetate pH 5.0, 25% PEG 6K. Crystals were ...詳細: Protein was crystallized in SD2 plates set by a Mosquito crystallization robot. The hit came from PACT Premiere Screen A7, 200 mM NaCl, 100 mM sodium acetate pH 5.0, 25% PEG 6K. Crystals were cryopreserved in reservoir solution supplemented with 15% ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→28.65 Å / Num. obs: 78485 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 9.83 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.0649 / Rpim(I) all: 0.02472 / Rrim(I) all: 0.06959 / Net I/σ(I): 19.11
反射 シェル解像度: 1.25→1.295 Å / Rmerge(I) obs: 0.2093 / Mean I/σ(I) obs: 4.41 / Num. unique obs: 5788 / CC1/2: 0.955 / Rpim(I) all: 0.1166 / Rrim(I) all: 0.2412

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20190315データ削減
XSCALE20190315データスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NDZ

3ndz


解像度: 1.25→28.64 Å / SU ML: 0.0827 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.8069
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1482 2449 3.27 %random selection
Rwork0.1255 ---
obs0.1262 74833 96.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→28.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 13 378 2983
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01042828
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12533877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0876425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0095506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.65511063
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.280.20461040.17643167X-RAY DIFFRACTION72.96
1.28-1.30.18871210.15743586X-RAY DIFFRACTION81.69
1.3-1.330.16811390.14824057X-RAY DIFFRACTION93.27
1.33-1.370.14341430.13564262X-RAY DIFFRACTION97.87
1.37-1.40.14011490.13144318X-RAY DIFFRACTION98.96
1.4-1.450.14971470.12384323X-RAY DIFFRACTION99.11
1.45-1.490.16131440.12024343X-RAY DIFFRACTION99.36
1.49-1.550.12591420.11674339X-RAY DIFFRACTION99.45
1.55-1.610.14731500.1174364X-RAY DIFFRACTION99.62
1.61-1.680.1431470.11254376X-RAY DIFFRACTION99.47
1.68-1.770.12811480.1144359X-RAY DIFFRACTION99.84
1.77-1.880.12361490.11574414X-RAY DIFFRACTION99.82
1.88-2.020.14171480.11684417X-RAY DIFFRACTION99.93
2.02-2.230.1371490.11264439X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.550.13291550.11634440X-RAY DIFFRACTION99.96
2.55-3.210.15231540.13164525X-RAY DIFFRACTION99.94
3.21-28.640.16941600.13694655X-RAY DIFFRACTION99.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6809892368740.1451378134110.1082667718790.6081766872310.04811235270340.6721612748630.02199888440840.139973465680.00197723042808-0.152371515846-0.0877689864861-0.0452379706507-0.0589643382057-0.0182199230076-0.1569120839340.05457535924530.01887033872650.006613740157920.06970033979930.005825999095960.0371337750772-14.3984504122-2.069303337227.36096786379
20.246296052520.135515549883-0.02128848626250.278292994694-0.1748303255510.537845453257-0.02151054384770.0606316040710.09078980070960.0184660932438-0.0397621929778-0.0853081387334-0.063307924120.0519803362630.03929069231940.0616236504651-0.000488910619108-0.005474948998490.06116953171290.01389677087240.068268435392-16.37450831359.3351375678710.9233927122
30.492480233030.0800702222437-0.01532758895360.44299209169-0.1343581688120.364663072705-0.02414266463440.07549822667260.0861269528437-0.01711855549040.02705236740.00245832924009-0.0398287923866-0.0137495964443-0.3876902635760.06688334249450.00671311842335-0.00104853835460.05794662659710.0154256378260.0601170374606-21.36579233516.882679348318.13966860218
40.5793267560180.117119193336-0.1182168679980.416830158071-0.1349669128670.430959879938-0.01044918600370.09564113429790.0181286076206-0.02576609741430.05407824577670.03429500479640.0203404679882-0.0558455518388-0.02061639687440.060197024636-0.00314229669001-0.001030893941560.07336466510070.007225557830860.0553278595763-29.7369671341-1.791394806737.29376677134
50.577660741714-0.07749358699120.00991510430930.516408391084-0.4882994562880.3417908985130.0167716828396-0.0146527232363-0.1481473041850.00630729279542-0.0186879663082-0.0228005962970.08047899418570.0197823760612-0.02769480148560.07901525771680.00172903624464-0.0001818639874080.0552167508420.006373889716950.0857998854511-16.4196942354-13.398263170119.2792320806
60.09551165758460.01582821170630.041910316580.10981966986-0.007032550023270.2664718346180.05313549464210.0060758453621-0.1643036159230.0547825770165-0.0177174935974-0.1895332108490.1044205142480.121935255817-0.1647877054360.09184423297930.0144706027539-0.009363182627040.07558151609530.009048163757330.124621377063-7.19013113972-14.703385365418.1510743028
70.428133857577-0.1341733180110.2995810120660.47787242288-0.2810497574090.349499274917-0.01743518461470.01077978418460.01689521901180.106527371645-0.0360075978123-0.16811083391-0.01826306450.10401321677-0.03152843288170.0791076960993-0.00444752523322-0.01319663357950.08593132273550.01489822172020.0997137661048-5.96732248486-1.1442484613120.0590342833
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 75 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 76 through 113 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 212 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 277 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 278 through 295 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 296 through 335 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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