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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pse | ||||||
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タイトル | Complex of BICD2 with a Dynein Light Intermediate Chain Peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / Effector | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule anchoring at microtubule organizing center / minus-end-directed organelle transport along microtubule / early endosome to recycling endosome transport / protein localization to organelle / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / annulate lamellae / dynein heavy chain binding / protein localization to Golgi apparatus / regulation of vesicle-mediated transport / cytoskeletal anchor activity ...microtubule anchoring at microtubule organizing center / minus-end-directed organelle transport along microtubule / early endosome to recycling endosome transport / protein localization to organelle / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / annulate lamellae / dynein heavy chain binding / protein localization to Golgi apparatus / regulation of vesicle-mediated transport / cytoskeletal anchor activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / dynein light intermediate chain binding / cytoplasmic dynein complex / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / centrosome localization / dynein complex binding / microtubule-based movement / dynactin binding / ficolin-1-rich granule membrane / mRNA transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / COPI-mediated anterograde transport / nuclear pore / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / secretory granule membrane / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / small GTPase binding / spindle pole / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / recycling endosome membrane / Separation of Sister Chromatids / GDP binding / endocytic vesicle membrane / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear envelope / cytoplasmic vesicle / microtubule / molecular adaptor activity / cell cycle / cell division / centrosome / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / RNA binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.404 Å | ||||||
データ登録者 | Dominguez, R. / Lee, I.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: A tunable LIC1-adaptor interaction modulates dynein activity in a cargo-specific manner. 著者: Lee, I.G. / Cason, S.E. / Alqassim, S.S. / Holzbaur, E.L.F. / Dominguez, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pse.cif.gz | 78.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pse.ent.gz | 62.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pse.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pse_validation.pdf.gz | 439.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pse_full_validation.pdf.gz | 441.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pse_validation.xml.gz | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pse_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6pse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/6pse | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11585.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BICD2, KIAA0699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TD16 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 2676.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y6G9 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 16% v/v 2-propanol, 0.08M Sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.5, 18% w/v polyethylene glycol 4,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9775 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→49.04 Å / Num. obs: 19602 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 11.2 % 詳細: The data were corrected for anisotropy using HKL2000. This treatment eliminated many weak reflections and reduced the number of reflections and completeness of the data used for refinement ...詳細: The data were corrected for anisotropy using HKL2000. This treatment eliminated many weak reflections and reduced the number of reflections and completeness of the data used for refinement compared to the number of reflections and completeness reported for data collection. CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.785 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.289 / Rpim(I) all: 0.76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.404→34.08 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 199.94 Å2 / Biso mean: 49.4651 Å2 / Biso min: 10.67 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.404→34.08 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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