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- PDB-1u5p: Crystal Structure of Repeats 15 and 16 of Chicken Brain Alpha Spectrin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1u5p
タイトルCrystal Structure of Repeats 15 and 16 of Chicken Brain Alpha Spectrin
要素Spectrin alpha chain, brain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / alpha spectrin / two repeats of spectrin / alpha-helical linker region / 3-helix coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament capping / costamere / cortical actin cytoskeleton / cell projection / actin filament binding / cell junction / actin cytoskeleton organization / calmodulin binding / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #60 / Alpha Spectrin, SH3 domain / EF-hand, Ca insensitive / Ca2+ insensitive EF hand / Ca2+ insensitive EF hand / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / SH3 domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kusunoki, H. / Minasov, G. / MacDonald, R.I. / Mondragon, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Independent Movement, Dimerization and Stability of Tandem Repeats of Chicken Brain alpha-Spectrin
著者: Kusunoki, H. / Minasov, G. / Macdonald, R.I. / Mondragon, A.
履歴
登録2004年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spectrin alpha chain, brain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9983
ポリマ－24,8641
非ポリマー1342
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.200, 148.200, 148.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2-

PO4

21A-2-

PO4

31A-165-

HOH

41A-187-

HOH

51A-330-

HOH

61A-363-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Spectrin alpha chain, brain / Alpha Spectrin / Spectrin / non-erythroid alpha chain / Fodrin alpha chain


分子量: 24863.873 Da / 分子数: 1 / 断片: repeats 15 and 16 (residues 1662 to 1876) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Brain / プラスミド: pET3d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07751
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1M NaH2PO4, 1M K2HPO4, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9794, 1.0721, 1.0494
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月19日
放射モノクロメーター: Silicon Mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
21.07211
31.04941
反射解像度: 2→28.513 Å / Num. obs: 38078 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.634 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22479 1897 5 %RANDOM
Rwork0.18742 ---
all0.18934 ---
obs0.18934 36092 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.754 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1937 0 6 410 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211972
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0130.021807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9111.9522648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.62734266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9025227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.022146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02383
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.1406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.11972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0720.11223
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.1654
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0970.17
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1740.159
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2370.179
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0621138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6862.51860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2993834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.244.5788
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.212 130
Rwork0.207 2596
obs-2596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9318-3.66686.01135.6551-6.554111.5829-0.0659-0.13460.0369-0.03670.1064-0.0617-0.0721-0.0662-0.04050.1092-0.0139-0.02590.0606-0.04590.0472-53.877246.247410.192
210.5409-8.93428.174710.5419-11.232316.11940.1817-0.5946-1.1711-0.28030.3280.56130.4359-0.3673-0.50970.0754-0.0287-0.12170.07620.04060.3042-46.908230.227414.2666
33.6109-4.68652.314118.9559-10.51635.7607-0.17480.22080.1368-0.326-0.0267-0.45510.16770.19320.20160.1863-0.029-0.06090.1029-0.0280.0397-55.102451.2446-4.4819
44.9965-6.99275.403610.6878-8.07516.42140.0656-0.1147-0.3770.09220.18410.3968-0.0325-0.0141-0.24970.0949-0.0199-0.05220.1140.00490.1673-36.512729.135220.02
51.6629-4.58764.72926.0269-33.112649.1530.5492-0.0825-0.5029-2.1015-0.69040.09833.80880.85740.14120.67980.0908-0.05830.17980.05010.2844-15.5309-3.100737.4867
68.8613-10.95723.871122.0804-7.43665.52960.14360.31680.3132-0.4935-0.2233-0.14760.2860.23790.07960.09710.0464-0.07460.15-0.02070.1193-21.628621.936122.0358
76.8119-9.83767.413419.6955-12.36649.2669-0.1968-0.32350.00980.41480.1084-0.044-0.1955-0.26610.08840.06370.03280.01430.1633-0.00550.0989-20.689216.590835.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-IDEnd label asym-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2A34 - 55D
3X-RAY DIFFRACTION3A56 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4A75 - 140
5X-RAY DIFFRACTION5A141 - 161
6X-RAY DIFFRACTION6A162 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7A181 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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