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Yorodumi- PDB-7bv6: Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7bv6 | |||||||||
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| Title | Crystal structure of the autophagic STX17/SNAP29/VAMP8 SNARE complex | |||||||||
Components |
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Keywords | SIGNALING PROTEIN / Autophagy / Synatxin 17 / GABARAP | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationendoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization / mucin granule / negative regulation of secretion by cell / positive regulation of histamine secretion by mast cell / ciliary pocket membrane / smooth endoplasmic reticulum membrane / vesicle targeting / trans-Golgi Network Vesicle Budding / zymogen granule membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane ...endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment organization / mucin granule / negative regulation of secretion by cell / positive regulation of histamine secretion by mast cell / ciliary pocket membrane / smooth endoplasmic reticulum membrane / vesicle targeting / trans-Golgi Network Vesicle Budding / zymogen granule membrane / synaptic vesicle fusion to presynaptic active zone membrane / Intra-Golgi traffic / mucus secretion / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / vesicle docking / chloride channel inhibitor activity / protein localization to phagophore assembly site / SNARE complex / SNAP receptor activity / vesicle fusion / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / syntaxin binding / azurophil granule membrane / Lysosome Vesicle Biogenesis / SNARE complex assembly / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / autophagosome membrane docking / synaptic vesicle priming / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / Golgi organization / exocytosis / autophagosome membrane / tertiary granule membrane / cilium assembly / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / regulation of protein localization to plasma membrane / specific granule membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / endomembrane system / autophagosome / secretory granule membrane / SNARE binding / intracellular protein transport / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / recycling endosome / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / late endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / protein transport / presynapse / Clathrin-mediated endocytosis / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / protein phosphatase binding / defense response to virus / vesicle / membrane fusion / early endosome / Golgi membrane / lysosomal membrane / centrosome / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.05 Å | |||||||||
Authors | Li, Y. / Pan, L.F. | |||||||||
| Funding support | China, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020Title: Decoding three distinct states of the Syntaxin17 SNARE motif in mediating autophagosome-lysosome fusion. Authors: Li, Y. / Cheng, X. / Li, M. / Wang, Y. / Fu, T. / Zhou, Z. / Wang, Y. / Gong, X. / Xu, X. / Liu, J. / Pan, L. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7bv6.cif.gz | 751.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7bv6.ent.gz | 524.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7bv6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7bv6_validation.pdf.gz | 601.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7bv6_full_validation.pdf.gz | 626.6 KB | Display | |
| Data in XML | 7bv6_validation.xml.gz | 52.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 7bv6_validation.cif.gz | 72.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/7bv6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7bv4C ![]() 1gl2S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 7980.967 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: VAMP8 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 9494.307 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: STX17 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 10379.804 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNAP29 / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 7902.030 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SNAP29 / Production host: ![]() |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.88 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 2.5 M Ammonium nitrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U1 / Wavelength: 0.97776 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 4, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97776 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.05→50 Å / Num. obs: 41797 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 55.56 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 6.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.05→3.1 Å / CC1/2: 0.93 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1GL2 Resolution: 3.05→49 Å / SU ML: 0.4024 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.2647
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 62.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→49 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
China, 2items
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