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- PDB-6p8p: Structure of P. aeruginosa ATCC27853 HORMA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8p
タイトルStructure of P. aeruginosa ATCC27853 HORMA1
要素Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN BINDING / HORMA domain / CD-NTase
機能・相同性defense response to virus / Type III CBASS phage resistance system CD-NTase-associated protein Cap8 / CD-NTase-associated protein 8
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.635 Å
データ登録者Ye, Q. / Corbett, K.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0408
ポリマ－66,8794
非ポリマー1604
水9,890549
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4803
ポリマ－33,4402
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1370 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12200 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5605
ポリマ－33,4402
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1370 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.525, 97.525, 60.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number75
Space group name H-MP4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-403-

HOH

21C-428-

HOH

31C-434-

HOH

41D-381-

HOH

51D-403-

HOH

61D-404-

HOH

71D-409-

HOH

81D-413-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 16719.801 Da / 分子数: 4 / 変異: V102M, L146M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: DY979_07575, EGY23_20885, IPC669_24870, PA5486_02900, PAERUG_E15_London_28_01_14_04349
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6RRN7, UniProt: P0DTF5*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM imidazole pH 8.0, 200 mM CaCl2, and 32% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.635→97.53 Å / Num. obs: 69749 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.635→1.66 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 1.786 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 3430 / CC1/2: 0.445 / Rpim(I) all: 0.768 / Rrim(I) all: 1.949 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.635→97.525 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1984 3415 4.9 %
Rwork0.1733 --
obs0.1746 69695 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.635→97.525 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3978 0 4 549 4531
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.955538
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.172488
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051630
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6351-1.65850.32941230.32822592X-RAY DIFFRACTION93
1.6585-1.68320.31321390.29342780X-RAY DIFFRACTION100
1.6832-1.70950.32521360.28852750X-RAY DIFFRACTION100
1.7095-1.73750.31191620.27732721X-RAY DIFFRACTION100
1.7375-1.76750.33371360.24892780X-RAY DIFFRACTION100
1.7675-1.79960.26051560.2422703X-RAY DIFFRACTION100
1.7996-1.83430.24751400.22592750X-RAY DIFFRACTION100
1.8343-1.87170.24471390.21672774X-RAY DIFFRACTION100
1.8717-1.91240.26541430.20682760X-RAY DIFFRACTION100
1.9124-1.95690.22931750.1942699X-RAY DIFFRACTION100
1.9569-2.00580.22441190.19462809X-RAY DIFFRACTION100
2.0058-2.06010.22981490.19812737X-RAY DIFFRACTION100
2.0601-2.12070.24241600.19012767X-RAY DIFFRACTION100
2.1207-2.18920.19481350.17232715X-RAY DIFFRACTION100
2.1892-2.26740.19561520.1612782X-RAY DIFFRACTION100
2.2674-2.35820.19791000.15822794X-RAY DIFFRACTION100
2.3582-2.46550.18661220.16292792X-RAY DIFFRACTION100
2.4655-2.59550.19771390.1592796X-RAY DIFFRACTION100
2.5955-2.75820.22071650.16362744X-RAY DIFFRACTION100
2.7582-2.97110.22141120.17382807X-RAY DIFFRACTION100
2.9711-3.27010.18011640.16512772X-RAY DIFFRACTION100
3.2701-3.74340.1631410.15582784X-RAY DIFFRACTION100
3.7434-4.71620.14661490.13212815X-RAY DIFFRACTION100
4.7162-97.69890.17211590.16742857X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9198 Å / Origin y: 67.9649 Å / Origin z: -16.2428 Å
111213212223313233
T0.1658 Å2-0.0108 Å2-0.0033 Å2-0.1702 Å20.0007 Å2--0.1909 Å2
L-0.0173 °2-0.0386 °2-0.0369 °2--0.0282 °20.0268 °2--0.4318 °2
S-0.006 Å °-0.0169 Å °-0.0142 Å °0.0196 Å °-0.0057 Å °0.003 Å °0.0409 Å °-0.0199 Å °-0.0036 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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