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- PDB-6p8d: Vaccine-elicited murine FP-targeting antibody vFP6.01 in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p8d
タイトルVaccine-elicited murine FP-targeting antibody vFP6.01 in complex with HIV fusion peptide (residue 512-519)
要素
  • Antibody VFP6.01 heavy chain
  • Antibody VFP6.01 light chain
  • HIV fusion peptide residue 512-519
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing / antibody / murine / FP / Fusion Peptide / vaccine / mouse
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / actin filament organization / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.102 Å
データ登録者Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Modular recognition of antigens provides a mechanism that improves vaccine-elicited antibody-class frequencies
著者: Xu, K. / Liu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
履歴
登録2019年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibody VFP6.01 heavy chain
B: Antibody VFP6.01 light chain
D: Antibody VFP6.01 heavy chain
E: Antibody VFP6.01 light chain
F: HIV fusion peptide residue 512-519
C: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2296
ポリマ－97,2296
非ポリマー00
水2,450136
1
A: Antibody VFP6.01 heavy chain
B: Antibody VFP6.01 light chain
C: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6143
ポリマ－48,6143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
2
D: Antibody VFP6.01 heavy chain
E: Antibody VFP6.01 light chain
F: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6143
ポリマ－48,6143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area19530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.311, 119.777, 185.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 Antibody VFP6.01 heavy chain


分子量: 23580.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Antibody VFP6.01 light chain


分子量: 24300.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド HIV fusion peptide residue 512-519


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5M NaCl, 0.2M Li2SO4, 0.1M acetate pH 4.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 53466 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 275912
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.1440.48121530.8850.2280.5350.55578.5
2.14-2.184.30.46121660.9140.2130.510.57279.9
2.18-2.224.50.42624180.9180.1960.4710.61186.4
2.22-2.264.50.43625570.9150.2020.4830.60892.7
2.26-2.314.80.38226360.9450.1730.4210.61596.1
2.31-2.3750.35527110.960.1590.390.62797.9
2.37-2.425.10.35827120.9570.1610.3940.62599.1
2.42-2.495.30.2828100.9660.1250.3080.66399.8
2.49-2.565.40.27427270.9750.1230.3010.73299.9
2.56-2.655.50.23528140.9830.1050.2580.793100
2.65-2.745.50.20327070.9840.0910.2230.827100
2.74-2.855.60.16428180.9880.0740.180.919100
2.85-2.985.60.14227870.990.0640.1561.036100
2.98-3.145.60.12527730.9920.0570.1381.16399.9
3.14-3.335.60.10728220.9910.0490.1181.29399.7
3.33-3.595.50.08727800.9920.040.0961.54699
3.59-3.955.30.0827570.9940.0370.0891.92497.4
3.95-4.525.30.06526700.9960.030.0722.11193.5
4.52-5.75.20.05426500.9970.0250.061.84191.7
5.7-5050.04929980.9960.0240.0551.89197.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.102→41.252 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3093 2652 4.97 %
Rwork0.2705 --
obs0.2724 53354 95.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.102→41.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6689 0 0 136 6825
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056845
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8269311
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6474102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521051
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1025-2.14070.42721020.34192115X-RAY DIFFRACTION76
2.1407-2.18190.37831350.31712174X-RAY DIFFRACTION80
2.1819-2.22640.35061190.31012449X-RAY DIFFRACTION87
2.2264-2.27480.34381380.31842497X-RAY DIFFRACTION93
2.2748-2.32770.35341370.31332686X-RAY DIFFRACTION96
2.3277-2.38590.35641440.3252708X-RAY DIFFRACTION98
2.3859-2.45040.35891330.3232767X-RAY DIFFRACTION99
2.4504-2.52250.35941360.31332757X-RAY DIFFRACTION100
2.5225-2.60390.36881490.32822773X-RAY DIFFRACTION100
2.6039-2.6970.37211540.30142760X-RAY DIFFRACTION100
2.697-2.80490.31161510.29822820X-RAY DIFFRACTION100
2.8049-2.93260.36151410.28992761X-RAY DIFFRACTION100
2.9326-3.08710.32591420.29322796X-RAY DIFFRACTION100
3.0871-3.28050.28911450.29032803X-RAY DIFFRACTION100
3.2805-3.53360.29981630.27762802X-RAY DIFFRACTION99
3.5336-3.8890.28251300.25132768X-RAY DIFFRACTION98
3.889-4.45120.28041380.23782669X-RAY DIFFRACTION94
4.4512-5.60580.27191200.21592665X-RAY DIFFRACTION91
5.6058-41.25950.28761750.25422932X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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