PDB-6ok3: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ok3

タイトル

Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes

要素

(Sel1 repeat protein) x 2

キーワード

HYDROLASE / Sel1 repeat / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactamase activity / beta-lactamase
類似検索 - 分子機能

生物種

Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.353 Å

データ登録者

Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Sel1 repeat protein from Oxalobacter formigenes
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Endres, M. / Babnigg, G. / Hassan, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2019年4月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ok3.cif.gz	413.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ok3.ent.gz	351.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ok3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/6ok3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ok0C 6onwC 6orcC 6orkC 6ur7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ixv-d 5mp1-d 3mwt-d 5du7-d 6djl-d 4i02-d 3mx2-d 5flj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sel1 repeat protein

B: Sel1 repeat protein

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	213.059, 44.976, 142.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-728- HOH
2	1	B-777- HOH

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sel1 repeat protein 分子量: 59524.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア) 遺伝子: OFBG_00935 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X9N1, beta-lactamase
#2: タンパク質	Sel1 repeat protein 分子量: 59485.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Oxalobacter formigenes OXCC13 (バクテリア) 遺伝子: OFBG_00935 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C3X9N1, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 371分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M Lithium sulfate, Tris-HCl, 20% PEG4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 53054 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 27.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.762 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 213350

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.35-2.39	3.1	0.385	1614	0.874	0.245	0.459	0.843	57.9
2.39-2.43	3.2	0.334	1925	0.921	0.208	0.395	0.824	68.5
2.43-2.48	3.2	0.327	2375	0.937	0.201	0.386	0.865	82.9
2.48-2.53	3.4	0.32	2647	0.931	0.193	0.375	0.812	94
2.53-2.59	3.7	0.298	2732	0.946	0.176	0.347	0.827	96.8
2.59-2.65	3.8	0.286	2774	0.963	0.163	0.33	0.831	97.4
2.65-2.71	4	0.274	2735	0.962	0.151	0.314	0.805	97.9
2.71-2.79	4.1	0.258	2773	0.975	0.138	0.293	0.835	97.3
2.79-2.87	4.1	0.214	2732	0.977	0.113	0.243	0.795	96.8
2.87-2.96	4.2	0.187	2720	0.98	0.098	0.212	0.755	95.6
2.96-3.07	4.4	0.156	2751	0.988	0.08	0.176	0.778	98.1
3.07-3.19	4.4	0.114	2807	0.991	0.059	0.129	0.757	98.1
3.19-3.33	4.3	0.087	2775	0.991	0.046	0.099	0.758	98.2
3.33-3.51	4.2	0.063	2794	0.994	0.034	0.072	0.772	96.9
3.51-3.73	4.2	0.053	2744	0.994	0.029	0.061	0.789	96.1
3.73-4.02	4.4	0.046	2791	0.994	0.024	0.052	0.779	98.5
4.02-4.42	4.3	0.039	2821	0.994	0.021	0.044	0.755	97.9
4.42-5.06	4.2	0.037	2770	0.994	0.02	0.042	0.719	96.1
5.06-6.37	4.3	0.032	2874	0.994	0.017	0.037	0.558	98.3
6.37-50	4	0.029	2900	0.994	0.016	0.034	0.559	95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.353→47.519 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2475	2463	5.04 %
R_work	0.1899	-	-
obs	0.1928	48900	74.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 158.85 Å² / B_iso mean: 40.148 Å² / B_iso min: 8.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.353→47.519 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8041	0	71	356	8468
B_iso mean	-	-	66.87	36.4	-
残基数	-	-	-	-	1015

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3525-2.3792	0.3924	37	0.2926	864	901	24
2.3792-2.4072	0.3588	59	0.2579	950	1009	28
2.4072-2.4366	0.3612	49	0.2539	1100	1149	32
2.4366-2.4674	0.3249	88	0.2412	1360	1448	39
2.4674-2.4999	0.3823	73	0.2486	1572	1645	45
2.4999-2.5341	0.2898	90	0.2419	1780	1870	52
2.5341-2.5703	0.3669	96	0.2476	1857	1953	54
2.5703-2.6087	0.2882	96	0.2513	2073	2169	58
2.6087-2.6495	0.3263	109	0.2508	2180	2289	61
2.6495-2.6929	0.3092	135	0.241	2265	2400	67
2.6929-2.7393	0.326	146	0.2498	2391	2537	70
2.7393-2.7891	0.3513	148	0.2391	2500	2648	71
2.7891-2.8428	0.341	140	0.2427	2579	2719	75
2.8428-2.9008	0.2814	135	0.251	2675	2810	77
2.9008-2.9638	0.3303	158	0.259	2931	3089	82
2.9638-3.0328	0.2988	167	0.2329	3001	3168	87
3.0328-3.1086	0.2858	198	0.223	3079	3277	90
3.1086-3.1926	0.3185	176	0.2263	3188	3364	92
3.1926-3.2866	0.2691	152	0.2128	3261	3413	94
3.2866-3.3926	0.2276	153	0.2144	3334	3487	95
3.3926-3.5138	0.2446	157	0.2041	3273	3430	93
3.5138-3.6545	0.2351	161	0.1922	3198	3359	92
3.6545-3.8207	0.2526	148	0.173	3394	3542	98
3.8207-4.0221	0.2379	138	0.1566	3434	3572	97
4.0221-4.2739	0.2051	212	0.1365	3309	3521	97
4.2739-4.6037	0.191	174	0.1273	3338	3512	95
4.6037-5.0665	0.1468	145	0.1353	3329	3474	95
5.0665-5.7985	0.2209	212	0.1581	3390	3602	98
5.7985-7.3012	0.2073	155	0.1607	3282	3437	94
7.3012-47.529	0.1806	238	0.166	3256	3494	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0258	-0.0145	-0.0128	0.0181	-0.0075	0.0257	-0.0284	0.0229	-0.0442	-0.03	0.0213	-0.0028	0.0499	0.0119	0.0958	0.164	0.0317	0.0287	0.156	-0.0581	0.0622	55.4961	-16.4808	21.6817
2	0.0655	-0.0151	-0.0199	0.0238	0.0122	0.0094	0.0463	-0.0378	-0.0142	-0.0828	0.016	0.0542	0.0256	-0.0075	0.2819	0.104	0.0258	-0.0267	0.1341	0.0784	0.1211	30.7063	-2.2297	23.8643
3	0.0438	-0.0449	0.0057	0.0495	-0.0037	0.0014	-0.1358	-0.0492	-0.0688	-0.0188	-0.0252	0.0091	0.0527	0.0055	-0.9501	0.2512	0.0653	-0.0101	-0.021	0.0374	0.2855	8.3834	-23.7926	11.3734
4	0.065	-0.0536	0.0789	0.2101	-0.0751	0.1142	-0.0251	0.1268	-0.0435	-0.1072	-0.0211	-0.0485	-0.0762	-0.1136	-0.1594	0.1629	0.0171	0.0297	0.2014	-0.0529	0.121	-27.6939	-29.6828	13.4271
5	0.2413	-0.2287	-0.2422	0.4516	0.1433	0.2847	-0.0529	-0.1952	0.048	0.2174	0.2146	-0.0694	0.1031	-0.1617	0.6686	0.1884	0.0202	-0.0961	0.2872	0.0681	0.1707	-46.4218	9.4813	46.6706
6	0.1857	0.0401	0.0037	0.2694	-0.0389	0.1856	0.0346	-0.0632	-0.0296	0.068	-0.2106	-0.0859	-0.0011	-0.0261	-0.7543	0.0597	-0.0437	-0.0255	0.2352	0.0398	0.1619	-12.3358	-3.7819	58.5848
7	0.0416	0.0187	-0.0208	0.0716	0.0169	0.0222	0.023	-0.0849	-0.0703	0.0883	-0.0586	-0.0124	0.0343	0.0118	0.1425	0.2633	0.0001	0.0614	0.8185	0.264	0.2801	26.5168	-11.4779	57.9468

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 15 through 94 )	A	15 - 94
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 95 through 204 )	A	95 - 204
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 205 through 345 )	A	205 - 345
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 346 through 523 )	A	346 - 523
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 16 through 168 )	B	16 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 169 through 345 )	B	169 - 345
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 346 through 522 )	B	346 - 522

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)