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万見
- PDB-6od2: Yeast Spc42 C-terminal Antiparallel Coiled-Coil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6od2
タイトルYeast Spc42 C-terminal Antiparallel Coiled-Coil
要素Spindle pole body component SPC42
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Coiled-Coil / Spindle Pole Body
機能・相同性Spindle pole body component Spc42 / Spindle pole body component Spc42p / spindle pole body / nucleus / cytoplasm / Spindle pole body component SPC42
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.435 Å
データ登録者Drennan, A.C. / Krishna, S. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jaspersen, S.L. / Rayment, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P01GM105537 米国
引用ジャーナル: Mol.Biol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structure and function of Spc42 coiled-coils in yeast centrosome assembly and duplication.
著者: Drennan, A.C. / Krishna, S. / Seeger, M.A. / Andreas, M.P. / Gardner, J.M. / Sether, E.K.R. / Jaspersen, S.L. / Rayment, I.
履歴
登録2019年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindle pole body component SPC42


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5761
ポリマ－6,5761
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.499, 36.499, 206.004
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Spindle pole body component SPC42


分子量: 6575.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain FostersB) (パン酵母)
株: FostersB / 遺伝子: SPC42, FOSTERSB_2873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7Q664
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Crystals were grown from a 1:1 mixture of 12 mg/ml protein stored in 20 mM HEPES pH 7.6, 100 mM NaCl, 0.5 mM TCEP and a well solution containing 80 mM MES pH 6.0, 60% (w/v) MPD, 200 mM NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 3577 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18.7 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.448.70.4941500.9380.1560.5210.83397.4
2.44-2.499.70.4691660.9540.1450.4920.86699.4
2.49-2.5312.70.4621690.9860.1310.4810.842100
2.53-2.5913.90.5071800.9760.1360.5250.864100
2.59-2.64160.4451620.9920.1140.460.87199.4
2.64-2.718.10.3591700.9930.0850.3690.842100
2.7-2.7719.50.3891730.9790.0920.40.863100
2.77-2.8519.10.3051610.9920.0720.3140.86298.8
2.85-2.9318.70.2751640.9930.0670.2830.95398.8
2.93-3.0222.20.2381910.9910.0540.2441.008100
3.02-3.1321.90.2291680.9960.0520.2351.051100
3.13-3.2623.90.2331800.9950.0490.2381.141100
3.26-3.41220.1911690.9960.0420.1961.134100
3.41-3.5821.80.1681890.9960.0360.1721.211100
3.58-3.8119.50.1441750.990.0350.1491.213100
3.81-4.122.60.1321800.9960.0290.1351.146100
4.1-4.5221.70.1172050.9960.0270.121.042100
4.52-5.17220.1031840.9980.0250.1070.92199.5
5.17-6.5119.50.1021960.9970.0240.1050.83198.5
6.51-5017.20.0792450.9980.0190.0820.71597.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
CRANK2位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.435→31.609 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 156 5.02 %
Rwork0.2148 --
obs0.2174 3105 87.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.23 Å2 / Biso mean: 41.4613 Å2 / Biso min: 7.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.435→31.609 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数442 0 0 10 452
Biso mean---39.34 -
残基数----53
LS精密化 シェル解像度: 2.4353→31.6117 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2641 156 -
Rwork0.2148 2949 -
all-3105 -
obs--88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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