+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6jkl | ||||||
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Title | Structure of a triple-helix region of human collagen type II | ||||||
Components | A triple-helix region of human collagen type II | ||||||
Keywords | STRUCTURAL PROTEIN / collagen | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.148 Å | ||||||
Authors | Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Structure of a triple-helix region of human collagen type II. Authors: Yang, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R. / Lu, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6jkl.cif.gz | 37.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6jkl.ent.gz | 31.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6jkl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/6jkl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein/peptide | Mass: 2431.464 Da / Num. of mol.: 3 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Homo sapiens (human) #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.7 Å3/Da / Density % sol: 27.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M NaCl, 0.1 M Imidazole:HCl pH 8.0, 30%(w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Feb 27, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.148→29.737 Å / Num. obs: 2848 / % possible obs: 99.27 % / Redundancy: 2.5 % / Net I/σ(I): 24.79 |
Reflection shell | Resolution: 2.15→2.19 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.148→29.737 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 17.92
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.148→29.737 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.148→2.19 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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