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- PDB-3adm: Crystal structure of (Pro-Pro-Gly)4-Hyp-Ser-Gly-(Pro-Pro-Gly)4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3adm
タイトルCrystal structure of (Pro-Pro-Gly)4-Hyp-Ser-Gly-(Pro-Pro-Gly)4
要素collagen-like peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / collagen (コラーゲン) / triple helix (三重らせん) / model peptide
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Okuyama, K. / Miyama, K. / Masakiyo, K. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2011
タイトル: Stabilization of triple-helical structures of collagen peptides containing a Hyp-Thr-Gly, Hyp-Val-Gly, or Hyp-Ser-Gly sequence.
著者: Okuyama, K. / Miyama, K. / Morimoto, T. / Masakiyo, K. / Mizuno, K. / Bachinger, H.P.
履歴
登録2010年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: collagen-like peptide
B: collagen-like peptide
C: collagen-like peptide
D: collagen-like peptide
E: collagen-like peptide
F: collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7136
ポリマ－13,7136
非ポリマー00
水5,044280
1
A: collagen-like peptide
B: collagen-like peptide
C: collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8573
ポリマ－6,8573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area4270 Å2
手法PISA
2
D: collagen-like peptide
E: collagen-like peptide
F: collagen-like peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8573
ポリマ－6,8573
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area3940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)26.520, 26.102, 79.666
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
collagen-like peptide


分子量: 2285.510 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: THIS PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYSTHESIZED.
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE ADOPTS COLLAGEN-HELIX. THE AUTHOR STATES THAT CHAIN E HAS A DISORDERED STRUCTURE IN ...THIS SEQUENCE ADOPTS COLLAGEN-HELIX. THE AUTHOR STATES THAT CHAIN E HAS A DISORDERED STRUCTURE IN THE CENTRAL REGION. THE AUTHOR FOUND HYP AND SER IN TWO POSITIONS. THEREFORE THEY PRETENDED THAT THE E-CHAIN CONSISTS OF TWO CHAINS WITH DIFFERENT OCCUPANCIES. THESE TWO CHAINS ARE ASSIGNED WITH ALTERNATE POSITION A AND B AND HAVE EXACTLY THE SAME ATOMIC COORDINATES PARTIALLY. PRO_4 - GLY_12 (ALT. A) AND PRO_1 - GLY_9 (ALT. B) ARE SAME. GLY_18 - GLY_27 (ALT. A) AND GLY_15 - GLY_24 (ALT. B) ARE SAME.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 11.3% PEG 2000, 0.05M acetate buffer, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月29日
詳細: double-crystal monochromator & horizontal focusing mirror
放射モノクロメーター: double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→50 Å / Num. obs: 34897 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Num. unique all: 1292 / % possible all: 70.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CUO

2cuo


解像度: 1.18→50 Å / Num. parameters: 11326 / Num. restraintsaints: 15805 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2138 1745 -RANDOM
Rwork0.166 ---
obs-34888 91.6 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 16 / Occupancy sum hydrogen: 846.9 / Occupancy sum non hydrogen: 1229.35
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数963 0 0 280 1243
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0314
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.048
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.042
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.085
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.18-1.230.235X-RAY DIFFRACTION33286
1.23-1.280.221X-RAY DIFFRACTION33186
1.28-1.340.199X-RAY DIFFRACTION34816
1.34-1.410.18X-RAY DIFFRACTION31266
1.41-1.50.164X-RAY DIFFRACTION34366
1.5-1.620.144X-RAY DIFFRACTION32736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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