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- PDB-6ntb: PII-like SbtB from Cyanobium sp PCC 7001 bound to ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ntb
タイトルPII-like SbtB from Cyanobium sp PCC 7001 bound to ATP
要素SbtB7001, PII-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Pii-like signalling protein / SbtB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogen regulatory protein PII / Nitrogen regulatory protein P-II / Alpha-Beta Plaits - #120 / Nitrogen regulatory PII-like, alpha/beta / Nitrogen regulatory protein PII/ATP phosphoribosyltransferase, C-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Nitrogen regulatory protein P-II
類似検索 - 構成要素
生物種Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kaczmarski, J.A. / Jackson, C.J.
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structure and function of SbtB from Cyanobium sp. 7001
著者: Jackson, C. / Kaczmarski, J.A. / Price, D.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SbtB7001, PII-like protein
B: SbtB7001, PII-like protein
C: SbtB7001, PII-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0097
ポリマ－34,4523
非ポリマー1,5574
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7950 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.946, 132.946, 33.837
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 SbtB7001, PII-like protein


分子量: 11484.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)
遺伝子: CPCC7001_1671 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5II98
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Lithium Chloride, 20 % PEG 6000, 100 mM sodium acetate-acetic acid, pH 5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.52 Å / Num. obs: 27468 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 36.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 18.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2714 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.925 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MM2

6mm2


解像度: 1.9→43.52 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 --
Rwork0.195 --
obs-27454 100 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2318 0 94 61 2473
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.97 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3882 0 -
Rwork0.316 0 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93861.3002-1.03022.04591.56943.03050.00840.14880.2609-0.01340.1038-0.2511-0.72860.41050.00250.3909-0.0801-0.01670.2423-0.06940.295450.9871-10.54964.4103
20.26110.20950.12472.32360.95122.27080.0246-0.1045-0.005-0.10920.07480.5022-0.5261-0.38740.00010.3390.049-0.03390.3268-0.01280.367541.434-12.01931.4346
33.55390.0374-1.40090.4227-0.22580.79720.1908-1.7656-0.1127-0.0945-0.49590.2499-1.1040.4081-0.10610.68260.0541-0.10250.0958-0.24860.274948.7162-6.779812.3549
40.67780.2697-0.19420.1075-0.09010.04760.0713-0.69531.39110.39780.73810.1762-0.5217-0.640.01960.9120.2682-0.07520.4143-0.15870.554236.8801-2.43046.0333
50.95020.80270.46770.92761.1622.89380.0525-0.12610.26880.48050.1602-0.50860.00640.62570.00860.3621-0.0065-0.04210.399-0.03650.413153.4068-19.26298.9925
62.7144-0.15931.39561.63140.89825.11560.16180.2476-0.4194-0.27940.2163-0.3110.74740.82960.05540.40360.1274-0.1040.2799-0.14260.351552.6574-29.8609-3.8237
71.78871.23230.18110.95120.01440.23640.0747-0.62471.36630.0250.386-0.2629-1.36230.84540.27670.4611-0.15620.05740.8223-0.24490.475159.1725-14.9722-8.0606
80.59380.04410.59040.85220.74172.34260.24450.0297-0.4364-0.01770.0534-0.50180.76361.24710.01710.48620.2327-0.15640.6054-0.14820.546258.2973-31.1586-0.8521
91.112-0.62241.20821.1188-0.12361.32150.1172-0.5549-0.55070.17120.1166-0.13820.8840.3522-0.00370.46620.0398-0.11250.3324-0.10980.314150.9228-28.65566.332
100.16110.1734-0.12460.207-0.20940.7515-0.2886-0.2309-0.0135-1.00570.2223-0.07560.70410.40350.03151.3296-0.7444-0.2440.9533-0.11020.730839.5769-41.05664.6612
111.1661-0.4881-0.06483.1605-0.81971.22250.1522-0.16890.13910.070.1290.66140.1932-0.77930.00780.2989-0.0894-0.04560.41590.05180.531632.0286-24.55882.172
121.44540.16961.60430.6439-0.3131.8037-0.1598-0.1993-0.31890.14760.23740.52730.6011-0.37350.00150.3508-0.0209-0.05980.31010.00150.393737.5565-24.9121-2.5573
130.8571-0.43990.04690.4172-0.31280.43630.27360.8611-0.3112-0.60310.3241-0.88931.00370.01550.0660.8134-0.0276-0.25960.3703-0.0610.509540.0341-35.3854-13.2644
140.3416-0.26040.25830.8284-0.31340.25450.09430.06890.16630.1505-0.26350.54880.5779-0.7048-0.00220.3298-0.0514-0.00340.3472-0.01260.433935.7948-23.76333.2142
150.4545-0.14780.55040.5402-0.12780.53580.0455-0.0643-0.35020.3094-0.21640.9890.7287-0.73060.00590.6196-0.2914-0.06550.55640.06770.598429.0817-33.38292.9959
160.7991-0.0093-0.21550.7665-0.8640.84240.371-0.5317-0.10260.2291-0.0361-0.35650.1628-0.8916-0.00650.3368-0.0465-0.08660.31190.04110.373239.7159-26.40088.4572
171.496-0.860.57930.495-0.34550.30741.0738-0.4655-0.63660.25750.61350.0714-0.2227-0.6520.15380.91080.20480.31420.8757-0.11561.41633.3261-13.439614.5568
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 32 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 33 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 69 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 88 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 89 through 104 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 2 through 42 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 58 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 59 through 88 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 89 through 98 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 99 through 104 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 27 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 28 through 42 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 43 through 58 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 59 through 68 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 69 through 88 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 89 through 99 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 100 through 104 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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