PDB-6mmc: Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Cyanobium sp. 7001 b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mmc

タイトル

Carbon regulatory PII-like protein SbtB from Cyanobium sp. 7001 bound to ADP

要素

Carbon regulatory PII-like protein SbtB

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PII-like protein / SbtB / regulatory protein

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of nitrogen utilization / enzyme regulator activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Kaczmarski, J.A. / Jackson, C.

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: Structure and function of SbtB from Cyanobium sp. 7001
著者: Jackson, C. / Kaczmarski, J.A. / Price, D.

履歴

登録	2018年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.journal_id_ISSN / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mmc.cif.gz	57.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mmc.ent.gz	38.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mmc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mmc_validation.pdf.gz	812.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mmc_full_validation.pdf.gz	812.6 KB	表示
XML形式データ	6mmc_validation.xml.gz	6.8 KB	表示
CIF形式データ	6mmc_validation.cif.gz	8.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/6mmc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mm2SC 6mmoC 6mmqC 6n4aC 6ntbC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2nqh-d 4gm3-3 2h68-2 4gm3-5 2h14-d 3aok-d 2bsy-d 3aam-d 2h9n-2 6pg4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

A: Carbon regulatory PII-like protein SbtB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, trimeric in solution
36.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.632, 68.632, 89.052
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22
Space group name Hall	P6c2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z #10: -y,-x,-z+1/2 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- SO4
2	1	A-202- SO4
3	1	A-343- HOH
4	1	A-345- HOH
5	1	A-358- HOH
6	1	A-363- HOH

#1: タンパク質	Carbon regulatory PII-like protein SbtB 分子量: 11484.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanobium sp. PCC 7001 (バクテリア) 遺伝子: CPCC7001_1671 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5II98
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.5 M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→49.44 Å / Num. obs: 24053 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 37.8 % / B_iso Wilson estimate: 23.554052012 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.0108 / Net I/av σ(I): 22.6 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 36.3 % / Num. unique obs: 1180 / CC_1/2: 0.38 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
Aimless	データスケーリング
PHASER	位相決定
PDB-REDO	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MM2

6mm2

解像度: 1.42→49.44 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1984	-	-
R_work	0.1717	-	-
obs	-	24048	99.96 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→49.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	698	0	33	68	799

LS精密化シェル

解像度: 1.42→1.471 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3775	-	-
R_work	0.3114	-	-
obs	-	2345	99.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 2.2964 Å / Origin y: 28.2526 Å / Origin z: -5.9576 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2999 Å²	0.009 Å²	0.0124 Å²	-	0.2728 Å²	0.0094 Å²	-	-	0.0847 Å²
L	1.8112 °²	-0.1175 °²	0.7692 °²	-	1.2543 °²	0.0298 °²	-	-	1.2225 °²
S	-0.0172 Å °	-0.0867 Å °	-0.127 Å °	-0.0798 Å °	-0.013 Å °	-0.0033 Å °	0.2211 Å °	0.1085 Å °	0.0347 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	3 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	201 - 368

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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