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万見
- PDB-3hf8: Crystal structure of human tryoptophan hydroxylase type 1 with bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hf8
タイトルCrystal structure of human tryoptophan hydroxylase type 1 with bound LP-533401 and Fe
要素Tryptophan 5-hydroxylase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / TRYOPTOPHAN HYDROXYLASE TYPE 1 / Iron / Metal-binding / Monooxygenase / Phosphoprotein / Serotonin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification ...regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / negative regulation of ossification / response to immobilization stress / mammary gland alveolus development / positive regulation of fat cell differentiation / circadian rhythm / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-ML0 / Tryptophan 5-hydroxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Hunter, M.J.
引用ジャーナル: Curr Chem Genomics / 年: 2010
タイトル: Mechanism of Inhibition of Novel Tryptophan Hydroxylase Inhibitors Revealed by Co-crystal Structures and Kinetic Analysis.
著者: Cianchetta, G. / Stouch, T. / Yu, W. / Shi, Z.C. / Tari, L.W. / Swanson, R.V. / Hunter, M.J. / Hoffman, I.D. / Liu, Q.
履歴
登録2009年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 5-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8703
ポリマ－33,2881
非ポリマー5822
水7,855436
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.278, 58.238, 56.554
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tryptophan 5-hydroxylase 1 / Tryptophan 5-monooxygenase 1


分子量: 33287.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P17752, tryptophan 5-monooxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ML0 / 4-{2-amino-6-[(1R)-2,2,2-trifluoro-1-(3'-fluorobiphenyl-4-yl)ethoxy]pyrimidin-4-yl}-L-phenylalanine / (S)-2-Amino-3-(4-{2-amino-6-[(S)-1-(3'-fluoro-biphenyl-4-yl)-ethoxy]-pyrimidin-4-yl}-phenyl)-propionic acid


分子量: 526.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H22F4N4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 436 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 23431

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0005 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 最高解像度: 1.85 Å / SU B: 3.466 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24093 1261 5.1 %RANDOM
Rwork0.19703 ---
obs0.19928 23431 94.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.763 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.07 Å20 Å2-0.04 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 39 436 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222301
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0811.9793111
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.845272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.14123.333108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13815376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021776
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1440.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0970.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.51396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93622206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31331019
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0314.5905
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 60 -
Rwork0.265 1093 -
obs--59.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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