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- PDB-5tpg: Optimization of spirocyclic proline tryptophanhydroxylase-1 inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tpg
タイトルOptimization of spirocyclic proline tryptophanhydroxylase-1 inhibitors
要素Tryptophan 5-hydroxylase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE inhibitor / TPH1 / Iron / acyl / quanidine / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / mammary gland alveolus development ...regulation of hemostasis / tryptophan 5-monooxygenase / tryptophan 5-monooxygenase activity / Serotonin and melatonin biosynthesis / aromatic amino acid metabolic process / serotonin biosynthetic process / platelet degranulation / bone remodeling / NGF-stimulated transcription / mammary gland alveolus development / positive regulation of fat cell differentiation / neuron projection / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily ...Tryptophan 5-monooxygenase / Tryptophan 5-hydroxylase, catalytic domain / Phenylalanine Hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase / Tyrosine 3-monooxygenase-like / Aromatic amino acid hydroxylase, iron/copper binding site / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylases signature. / Aromatic amino acid hydroxylase / Aromatic amino acid hydroxylase, C-terminal / Aromatic amino acid monoxygenase, C-terminal domain superfamily / Aromatic amino acid hydroxylase superfamily / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase / Biopterin-dependent aromatic amino acid hydroxylase family profile. / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7H5 / ACETONITRILE / : / Tryptophan 5-hydroxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stein, A.J. / Goldberg, D.R. / De Lombaert, S. / Holt, M.C.
引用ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Optimization of spirocyclic proline tryptophan hydroxylase-1 inhibitors.
著者: Goldberg, D.R. / De Lombaert, S. / Aiello, R. / Bourassa, P. / Barucci, N. / Zhang, Q. / Paralkar, V. / Stein, A.J. / Holt, M. / Valentine, J. / Zavadoski, W.
履歴
登録2016年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan 5-hydroxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3716
ポリマ－35,4711
非ポリマー9005
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.198, 58.161, 51.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tryptophan 5-hydroxylase 1 / Tryptophan 5-monooxygenase 1


分子量: 35471.332 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 104-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPH1, TPH, TPRH, TRPH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17752, tryptophan 5-monooxygenase

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非ポリマー , 5種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CCN / ACETONITRILE


分子量: 41.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3N
#5: 化合物 ChemComp-7H5 / (3S)-8-(2-amino-6-{(1R)-1-[5-chloro-3'-(methylsulfonyl)[1,1'-biphenyl]-2-yl]-2,2,2-trifluoroethoxy}pyrimidin-4-yl)-2,8-diazaspiro[4.5]decane-3-carboxylic acid


分子量: 640.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H29ClF3N5O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1 Na Citrate, pH 5.5, 4% Acetonitrile

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データ収集

回折平均測定温度: 190 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 44280 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.146 / Net I/av σ(I): 23.463 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 162965
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.5530.447193.1
1.55-1.623.50.3281100
1.62-1.693.80.2471100
1.69-1.783.80.1831100
1.78-1.893.80.1381100
1.89-2.043.80.1141100
2.04-2.243.80.0911100
2.24-2.563.80.075199.9
2.56-3.233.80.0711100
3.23-503.70.05199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.5 Å33.67 Å
Translation1.5 Å33.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→33.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21538 2199 5 %RANDOM
Rwork0.18679 ---
obs0.18819 41475 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.5→33.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2133 0 58 176 2367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5621.9863092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99334754
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7145275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.32223.333102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26815347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6971512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02546
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7552.5721089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7432.5691087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.633.8461359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6293.8461360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2142.7771182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2132.7761183
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3924.091731
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.88121.5452699
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.78321.2212628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.504→1.543 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 136 -
Rwork0.288 2737 -
obs--88.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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