PDB-6nc9: Lipid II flippase MurJ, outward-facing conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nc9

タイトル

Lipid II flippase MurJ, outward-facing conformation

要素

Lipid II flippase MurJ

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Transporter / Flippase / Peptidoglycan / Cell wall

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-linked peptidoglycan transporter activity / lipid translocation / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosipho africanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kuk, A.C.Y. / Lee, S.-Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Visualizing conformation transitions of the Lipid II flippase MurJ.
著者: Kuk, A.C.Y. / Hao, A. / Guan, Z. / Lee, S.Y.

履歴

登録	2018年12月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nc9.cif.gz	299.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nc9.ent.gz	249.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nc9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nc9_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nc9_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	6nc9_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	6nc9_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nc6C 6nc7C 6nc8C 5t77S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6hl2-1 6hli-1 5j6g-2 6hli-2 6hl4-1 6saq-2 6hla-1 2x8b-d 3sej-1 6kqs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (2) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #208 - 2017年4月グルコース輸送体 (Glucose Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipid II flippase MurJ

ヘテロ分子

59.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.579, 57.443, 86.406
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lipid II flippase MurJ 分子量: 54137.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermosipho africanus (strain TCF52B) (バクテリア) 株: TCF52B / 遺伝子: murJ, mviN, THA_1814 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7IE18

-
非ポリマー , 5種, 173分子

#2: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₄₀O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400-500, NaCl, pH 6.0-7.5 / PH範囲: 6.0-7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→100 Å / Num. obs: 51025 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.4 % / Net I/σ(I): 22.71
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5T77

5t77

解像度: 1.8→84.897 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.81

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	2555	5.01 %
R_work	0.1797	-	-
obs	0.1807	51025	88.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→84.897 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3775	0	294	156	4225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4165
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.656	5570
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.535	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	640
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.8346	0.3016	86	0.2482	1744	X-RAY DIFFRACTION	58
1.8346-1.8721	0.2696	95	0.247	1803	X-RAY DIFFRACTION	60
1.8721-1.9128	0.2456	104	0.2242	1972	X-RAY DIFFRACTION	64
1.9128-1.9573	0.2422	106	0.2086	2115	X-RAY DIFFRACTION	70
1.9573-2.0063	0.2505	115	0.2021	2232	X-RAY DIFFRACTION	75
2.0063-2.0605	0.201	129	0.1947	2455	X-RAY DIFFRACTION	81
2.0605-2.1211	0.1999	145	0.1894	2673	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1211-2.1896	0.1987	158	0.1873	2943	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1896-2.2679	0.2075	154	0.1724	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2679-2.3587	0.2109	163	0.157	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3587-2.466	0.1698	153	0.1518	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.466-2.5961	0.1721	170	0.1558	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5961-2.7587	0.1606	164	0.1498	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7587-2.9717	0.1766	158	0.1608	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9717-3.2708	0.1943	159	0.1782	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2708-3.7441	0.1952	145	0.1806	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7441-4.7171	0.2109	178	0.1838	3065	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7171-84.9912	0.2048	173	0.197	3147	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4839	0.0129	0.0886	0.7501	-0.1431	0.756	-0.0388	-0.3526	0.0292	0.1825	0.1709	-0.2402	-0.081	0.2187	0.2168	0.1452	0.0552	-0.0253	0.077	0.0075	0.0945	-13.9205	23.1324	27.0655
2	2.0895	-0.4483	-0.2743	0.7496	0.5256	1.3622	-0.093	0.1364	-0.1086	0.0784	0.0112	0.0129	0.1508	-0.1126	-0.0266	0.1198	0.0022	0.0048	0.0284	0.0378	0.1158	-22.53	13.3879	14.7668
3	0.5167	-0.1252	0.2676	0.7246	0.2684	0.7941	-0.1248	0.1619	-0.0332	-0.1488	0.0424	0.044	0.0677	-0.1472	0.0113	0.1298	0.0193	-0.0026	0.1913	-0.0021	0.1148	-30.7832	24.3219	11.068
4	1.2486	0.4623	0.571	1.057	0.1463	1.6933	0.0033	0.2088	0.1366	-0.0643	-0.0096	0.0098	-0.1824	0.0298	-0.0153	0.1069	0.0715	-0.0186	0.0676	0.0286	0.0607	-20.3304	37.7927	18.0394
5	1.4783	-0.7275	0.2274	1.9643	0.4286	1.6149	-0.1741	0.0036	0.5324	0.1272	-0.3807	0.4309	-0.4489	-0.4419	-1.5412	0.2251	0.084	-0.014	-0.097	-0.0047	0.1743	-18.1868	48.0611	32.4982
6	1.1302	-0.0052	1.1592	2.2373	0.2044	1.2141	-0.1012	0.0217	0.0345	0.2145	-0.0276	0.1177	0.1415	-0.1763	-0.0089	0.2021	0.0104	0.0007	0.0236	-0.0196	0.0843	-13.1098	39.4881	39.7207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 243 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 409 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 410 through 433 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 434 through 475 )

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