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- PDB-5j6g: Recognition of the MHC class Ib molecule H2-Q10 by the natural ki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6g
タイトルRecognition of the MHC class Ib molecule H2-Q10 by the natural killer cell receptor Ly49C
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
  • Killer cell lectin-like receptor 3
  • VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell ...oligosaccharyltransferase complex A / oligosaccharyltransferase complex B / oligosaccharyltransferase complex / protein N-linked glycosylation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / carbohydrate binding / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell adhesion / nuclear body / external side of plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Ribophorin II third domain / Ribophorin II second domain / Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Ribophorin II N-terminal domain / : ...: / : / : / Ribophorin II third domain / Ribophorin II second domain / Ly49-like, N-terminal / : / Ly49-like protein, N-terminal region / Ribophorin II N-terminal domain / : / Ribophorin_II, C-terminal domain / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain / Killer cell lectin-like receptor 3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Berry, R. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1035636 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)GNT1109901 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Recognition of the Major Histocompatibility Complex (MHC) Class Ib Molecule H2-Q10 by the Natural Killer Cell Receptor Ly49C.
著者: Sullivan, L.C. / Berry, R. / Sosnin, N. / Widjaja, J.M. / Deuss, F.A. / Balaji, G.R. / LaGruta, N.L. / Mirams, M. / Trapani, J.A. / Rossjohn, J. / Brooks, A.G. / Andrews, D.M.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Database references
改定 1.22016年9月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
F: VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
G: Killer cell lectin-like receptor 3
H: Killer cell lectin-like receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,9778
ポリマ－125,9778
非ポリマー00
水00
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
F: VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
G: Killer cell lectin-like receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9884
ポリマ－62,9884
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area22490 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU
H: Killer cell lectin-like receptor 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9884
ポリマ－62,9884
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area22920 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14240 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area43930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.010, 57.800, 210.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, Q10 alpha chain


分子量: 34585.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Q10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01898
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11791.545 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド VAL-GLY-ILE-THR-ASN-VAL-ASP-LEU


分子量: 829.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9DBG6*PLUS
#4: タンパク質 Killer cell lectin-like receptor 3 / 5E6 / Lymphocyte antigen 49c / Ly-49c / Nk2.1 / T-cell surface glycoprotein Ly-49C


分子量: 15781.378 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Klra3, Ly-49c, Ly49C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64329
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: 12% Peg8000 10% Peg400 0.1M HEPES ph7.2 0.2M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9436 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9436 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→46.16 Å / Num. obs: 18559 / Biso Wilson estimate: 49.08 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→46.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8236 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7665 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.524
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2532 949 5.11 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2224 18559 99.93 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8091 Å20 Å20.9959 Å2
2---4.0424 Å20 Å2
3----2.7667 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.667 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7802 0 0 0 7802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0078056HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8311029HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3454SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes159HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1196HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8056HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.98
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1057SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8587SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.5 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2721 147 4.95 %
Rwork0.2405 2823 -
all0.242 2970 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.86740.83950.18821.66590.03093.0736-0.16060.05590.2437-0.0950.12150.10450.12430.16990.0391-0.0393-0.0271-0.0244-0.31980.031-0.0465122.027936.665273.5956
2-0.0320.3525-0.01962.89871.1463.12220.0274-0.26140.06570.1906-0.0370.0553-0.11350.08620.00960.05180.07640.04030.052-0.1734-0.052116.308642.085490.7553
33.5151.16040.21481.61940.00671.46580.02940.23210.24010.07440.05410.0565-0.1445-0.1405-0.0835-0.08940.09040.0408-0.11710.1375-0.01673.897532.451329.8567
40.15580.1021-0.27050.03080.78672.3032-0.02350.2006-0.0344-0.18050.02190.08280.1758-0.13050.00160.0216-0.0122-0.13340.2205-0.0051-0.091371.997218.285618.0904
55.04030.12261.93995.527-0.44831.75040.0116-0.1448-0.1518-0.0594-0.00450.06410.1313-0.0804-0.0071-0.0849-0.04950.0111-0.11390.00690.0932106.378321.277568.2987
62.62.4552-0.0993.8347-0.55694.8340.0316-0.1696-0.12790.06220.03170.0450.1383-0.0011-0.0633-0.0593-0.01740.0473-0.1127-0.00610.079779.317322.890249.5213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ G|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ H|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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