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- PDB-6kqs: Crystal Structure of GH136 lacto-N-biosidase from Eubacterium ram... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kqs
タイトルCrystal Structure of GH136 lacto-N-biosidase from Eubacterium ramulus - selenomethionine derivative
要素lacto-N-biosidaseラクト-N-ビオシダーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / beta helix (Βヘリックス)
機能・相同性Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Beta_helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Eubacterium ramulus ATCC 29099 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Yamada, C. / Arakawa, T. / Pichler, M.J. / Abou Hachem, M. / Fushinobu, S.
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Butyrate producing colonic Clostridiales metabolise human milk oligosaccharides and cross feed on mucin via conserved pathways.
著者: Pichler, M.J. / Yamada, C. / Shuoker, B. / Alvarez-Silva, C. / Gotoh, A. / Leth, M.L. / Schoof, E. / Katoh, T. / Sakanaka, M. / Katayama, T. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Arumugam, M. / ...著者: Pichler, M.J. / Yamada, C. / Shuoker, B. / Alvarez-Silva, C. / Gotoh, A. / Leth, M.L. / Schoof, E. / Katoh, T. / Sakanaka, M. / Katayama, T. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Arumugam, M. / Fushinobu, S. / Abou Hachem, M.
#1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Butyrate producing Clostridiales utilize distinct human milk oligosaccharides correlating to early colonization and prevalence in the human gut
著者: Pichler, M.J. / Yamada, C. / Shuoker, B. / Alvarez-Silva, C. / Gotoh, A. / Leth, M. / Schoof, E. / Katoh, T. / Sakanaka, M. / Katayama, T. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Arumugam, M. / ...著者: Pichler, M.J. / Yamada, C. / Shuoker, B. / Alvarez-Silva, C. / Gotoh, A. / Leth, M. / Schoof, E. / Katoh, T. / Sakanaka, M. / Katayama, T. / Jin, C. / Karlsson, N.G. / Arumugam, M. / Fushinobu, S. / Abou Hachem, M.
履歴
登録2019年8月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lacto-N-biosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,3283
ポリマ－76,8531
非ポリマー4752
水15,043835
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area23630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.734, 132.734, 82.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-924-

HOH

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要素

#1: タンパク質 lacto-N-biosidase / ラクト-N-ビオシダーゼ


分子量: 76852.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium ramulus ATCC 29099 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0373_02965 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: U2PDT9
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 1 M LiCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月9日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→45.75 Å / Num. obs: 155798 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 1.909 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 8031 / CC1/2: 0.728 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.912 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.048
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1724 8043 4.9 %RANDOM
Rwork0.1487 ---
obs0.1498 155798 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 87.22 Å2 / Biso mean: 19.614 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→45.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5028 0 32 835 5895
Biso mean--20.4 34.1 -
残基数----620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0135215
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9751.6547074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5911.58310497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.355627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85523.302321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.25515806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0051529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021148
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 564 -
Rwork0.236 11471 -
all-12035 -
obs--99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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