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- PDB-6mqc: Vaccine-elicited NHP FP-targeting neutralizing antibody 0PV-c.01 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mqc
タイトルVaccine-elicited NHP FP-targeting neutralizing antibody 0PV-c.01 in complex with FP (residue 512-519)
要素
  • 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain
  • 0PV-C.01 antibody Fab light chain
  • HIV fusion peptide residue 512-519
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / neutralizing / NHP / FP / Fusion Peptide / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / receptor ligand activity / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Xu, K. / Wang, Y. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Antibody Lineages with Vaccine-Induced Antigen-Binding Hotspots Develop Broad HIV Neutralization.
著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / ...著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Cara W Chao / Ying Gu / Alexander J Jafari / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Ariana P Rowshan / Elise G Viox / Yiran Wang / Chang W Choi / Martin M Corcoran / Angela R Corrigan / Venkata P Dandey / Edward T Eng / Hui Geng / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Young D Kwon / Bob Lin / Kevin Liu / Rosemarie D Mason / Martha C Nason / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Reda Rawi / Edward K Sarfo / Arne Schön / John P Todd / Shuishu Wang / Hui Wei / Winston Wu / / James C Mullikin / Robert T Bailer / Nicole A Doria-Rose / Gunilla B Karlsson Hedestam / Diana G Scorpio / Julie Overbaugh / Jesse D Bloom / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / John R Mascola /
要旨: The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be ...The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be elicited, we identified, characterized, and tracked five neutralizing Ab lineages targeting the HIV-1-fusion peptide (FP) in vaccinated macaques over time. Genetic and structural analyses revealed two of these lineages to belong to a reproducible class capable of neutralizing up to 59% of 208 diverse viral strains. B cell analysis indicated each of the five lineages to have been initiated and expanded by FP-carrier priming, with envelope (Env)-trimer boosts inducing cross-reactive neutralization. These Abs had binding-energy hotspots focused on FP, whereas several FP-directed Abs induced by immunization with Env trimer-only were less FP-focused and less broadly neutralizing. Priming with a conserved subregion, such as FP, can thus induce Abs with binding-energy hotspots coincident with the target subregion and capable of broad neutralization.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain
B: 0PV-C.01 antibody Fab light chain
H: 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain
L: 0PV-C.01 antibody Fab light chain
C: HIV fusion peptide residue 512-519
D: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,0306
ポリマ－98,0306
非ポリマー00
水8,017445
1
A: 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain
B: 0PV-C.01 antibody Fab light chain
D: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0153
ポリマ－49,0153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4780 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area20250 Å2
手法PISA
2
H: 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain
L: 0PV-C.01 antibody Fab light chain
C: HIV fusion peptide residue 512-519


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0153
ポリマ－49,0153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.122, 72.898, 169.305
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 0PV-C.01 antibody Fab heavy chain


分子量: 24398.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 0PV-C.01 antibody Fab light chain


分子量: 23883.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド HIV fusion peptide residue 512-519


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P04578*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaNO3 and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 62096 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 33.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 1.186 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 358892
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2-2.035.10.80831050.7920.3810.8960.45499.9
2.03-2.075.20.7430520.8080.3470.8190.48199.9
2.07-2.115.30.65730600.8120.3060.7270.48899.9
2.11-2.155.20.55130950.8510.2580.610.52899.6
2.15-2.24.80.51230150.8460.2520.5730.54798.9
2.2-2.255.40.46130460.8960.2130.5090.61199.5
2.25-2.316.40.43631070.9240.1850.4750.64399.9
2.31-2.376.50.38330740.9470.1610.4160.665100
2.37-2.446.60.33230890.9510.1390.360.71999.9
2.44-2.526.40.27330920.9660.1160.2980.82799.9
2.52-2.616.40.23230870.970.0990.2530.934100
2.61-2.716.30.19530890.9770.0840.2121.01399.9
2.71-2.846.10.16731160.980.0730.1821.14899.9
2.84-2.995.90.13930740.9830.0630.1531.39199.6
2.99-3.175.10.11331000.9840.0550.1271.66898.8
3.17-3.4260.09631070.9910.0430.1061.88399.4
3.42-3.766.30.08331330.9920.0360.0912.15899.7
3.76-4.3160.07431580.9940.0330.0812.4299
4.31-5.435.40.06731390.9950.0310.0752.61398.7
5.43-505.30.06433580.9950.030.0712.25199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.99→44.625 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2337 3060 4.93 %
Rwork0.1987 --
obs0.2005 62023 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→44.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6724 0 0 445 7169
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0539398
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4174096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9905-2.02160.27191040.25172170X-RAY DIFFRACTION80
2.0216-2.05470.3091070.24722647X-RAY DIFFRACTION100
2.0547-2.09010.28691510.24422715X-RAY DIFFRACTION100
2.0901-2.12820.2991290.2342632X-RAY DIFFRACTION100
2.1282-2.16910.31641120.23252706X-RAY DIFFRACTION99
2.1691-2.21340.24541320.22642679X-RAY DIFFRACTION99
2.2134-2.26150.27831580.21992640X-RAY DIFFRACTION100
2.2615-2.31410.26181720.22632641X-RAY DIFFRACTION100
2.3141-2.3720.24681280.22692714X-RAY DIFFRACTION100
2.372-2.43610.26341220.22742727X-RAY DIFFRACTION100
2.4361-2.50780.26811470.22132684X-RAY DIFFRACTION100
2.5078-2.58870.26731400.21692691X-RAY DIFFRACTION100
2.5887-2.68120.29561730.21122666X-RAY DIFFRACTION100
2.6812-2.78850.28191240.21572716X-RAY DIFFRACTION100
2.7885-2.91540.23571300.21462730X-RAY DIFFRACTION100
2.9154-3.06910.2661290.21212695X-RAY DIFFRACTION99
3.0691-3.26130.27971230.20012695X-RAY DIFFRACTION99
3.2613-3.51310.2451490.19452726X-RAY DIFFRACTION100
3.5131-3.86640.22121530.18052735X-RAY DIFFRACTION100
3.8664-4.42550.20661430.16782715X-RAY DIFFRACTION99
4.4255-5.57390.17861720.16422742X-RAY DIFFRACTION99
5.5739-44.63630.18961620.19762897X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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