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基本情報
| 登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9320 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Cryo-EM structure at 4.2 A resolution of vaccine-elicited antibody DFPH-a.15 in complex with HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP, and antibodies VRC03 and PGT122 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | HIV-1 Env complex / neutralizing antibody / fusion peptide-directed / VIRAL PROTEIN | |||||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
| 生物種 | ![]() Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / ![]() Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
| 手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Acharya P / Kwong PD | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2019タイトル: Antibody Lineages with Vaccine-Induced Antigen-Binding Hotspots Develop Broad HIV Neutralization. 著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / ...著者: Rui Kong / Hongying Duan / Zizhang Sheng / Kai Xu / Priyamvada Acharya / Xuejun Chen / Cheng Cheng / Adam S Dingens / Jason Gorman / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou / Gwo-Yu Chuang / Cara W Chao / Ying Gu / Alexander J Jafari / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Ariana P Rowshan / Elise G Viox / Yiran Wang / Chang W Choi / Martin M Corcoran / Angela R Corrigan / Venkata P Dandey / Edward T Eng / Hui Geng / Kathryn E Foulds / Yicheng Guo / Young D Kwon / Bob Lin / Kevin Liu / Rosemarie D Mason / Martha C Nason / Tiffany Y Ohr / Li Ou / Reda Rawi / Edward K Sarfo / Arne Schön / John P Todd / Shuishu Wang / Hui Wei / Winston Wu / / James C Mullikin / Robert T Bailer / Nicole A Doria-Rose / Gunilla B Karlsson Hedestam / Diana G Scorpio / Julie Overbaugh / Jesse D Bloom / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / John R Mascola / ![]() 要旨: The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be ...The vaccine-mediated elicitation of antibodies (Abs) capable of neutralizing diverse HIV-1 strains has been a long-standing goal. To understand how broadly neutralizing antibodies (bNAbs) can be elicited, we identified, characterized, and tracked five neutralizing Ab lineages targeting the HIV-1-fusion peptide (FP) in vaccinated macaques over time. Genetic and structural analyses revealed two of these lineages to belong to a reproducible class capable of neutralizing up to 59% of 208 diverse viral strains. B cell analysis indicated each of the five lineages to have been initiated and expanded by FP-carrier priming, with envelope (Env)-trimer boosts inducing cross-reactive neutralization. These Abs had binding-energy hotspots focused on FP, whereas several FP-directed Abs induced by immunization with Env trimer-only were less FP-focused and less broadly neutralizing. Priming with a conserved subregion, such as FP, can thus induce Abs with binding-energy hotspots coincident with the target subregion and capable of broad neutralization. | |||||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| ムービー |
ムービービューア |
|---|---|
| 構造ビューア | EMマップ: SurfView Molmil Jmol/JSmol |
| 添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
| マップデータ | emd_9320.map.gz | 12.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
|---|---|---|---|---|
| ヘッダ (付随情報) | emd-9320-v30.xml emd-9320.xml | 25.5 KB 25.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
| 画像 | emd_9320.png | 153.6 KB | ||
| Filedesc metadata | emd-9320.cif.gz | 7.5 KB | ||
| アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9320 | HTTPS FTP |
-検証レポート
| 文書・要旨 | emd_9320_validation.pdf.gz | 365.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | emd_9320_full_validation.pdf.gz | 365.4 KB | 表示 | |
| XML形式データ | emd_9320_validation.xml.gz | 7.1 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | emd_9320_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9320 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9320 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 6n1wMC ![]() 8977C ![]() 9189C ![]() 9319C ![]() 9359C ![]() 6mpgC ![]() 6mphC ![]() 6mqcC ![]() 6mqeC ![]() 6mqmC ![]() 6mqrC ![]() 6mqsC ![]() 6n16C ![]() 6n1vC ![]() 6nf2C ![]() 6osyC ![]() 6ot1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
|---|---|
| 類似構造データ |
-
リンク
| EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
|---|---|
| 「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
| ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9320.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 密度 |
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| 対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Quaternary complex of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP with antibodies DF...
+超分子 #1: Quaternary complex of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP with antibodies DF...
+超分子 #2: Envelope glycoprotein gp120
+超分子 #3: DFPH-a.15
+超分子 #4: Envelope glycoprotein gp41
+超分子 #5: PGT122
+超分子 #6: VRC03
+分子 #1: Envelope glycoprotein gp120
+分子 #2: DFPH-a.15 heavy chain
+分子 #3: DFPH-a.15 Light chain
+分子 #4: PGT122 Heavy chain
+分子 #5: PGT122 Light chain
+分子 #6: VRC03 Light chain
+分子 #7: VRC03 Heavy chain
+分子 #8: Envelope glycoprotein gp41
+分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
-実験情報
-構造解析
| 手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
|---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
| 試料の集合状態 | particle |
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試料調製
| 濃度 | 0.5 mg/mL |
|---|---|
| 緩衝液 | pH: 7.5 |
| グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 詳細: unspecified |
| 凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: SPOTITON |
-
電子顕微鏡法
| 顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
|---|---|
| 撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 69.98 e/Å2 |
| 電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
| 電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.8 µm / 倍率(補正後): 22500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
| 試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
| 実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
| 精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
|---|---|
| 得られたモデル | ![]() PDB-6n1w: |
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キーワード
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
データ登録者
引用

UCSF Chimera

























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