PDB-6moh: Dimeric DARPin C_R3 complex with EpoR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6moh

タイトル

Dimeric DARPin C_R3 complex with EpoR

要素

Dimeric DARPin E2C (C_R3)
Erythropoietin receptor

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / Receptor / DARPin

機能・相同性

機能・相同性情報

erythropoietin receptor activity / Signaling by Erythropoietin / Erythropoietin activates STAT5 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / erythropoietin-mediated signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / decidualization / Erythropoietin activates RAS / brain development / cytokine-mediated signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

synthetic construct (人工物)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2018年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6moh.cif.gz	288.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6moh.ent.gz	235 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6moh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6moh_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6moh_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	6moh_validation.xml.gz	25.6 KB	表示
CIF形式データ	6moh_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mo/6moh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6moeC 6mofC 6mogSC 6moiC 6mojC 6mokC 6molC 1ernS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sib-2 5hcv-d 2www-1 3iwp-2 940 5ip2-d 2r94-d 6g6o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データ参照: 10.15785/SBGRID/622 / データの種類: diffraction image data

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Dimeric DARPin E2C (C_R3)

B: Dimeric DARPin E2C (C_R3)

C: Erythropoietin receptor

D: Erythropoietin receptor

ヘテロ分子

86.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.193, 96.193, 286.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Dimeric DARPin E2C (C_R3) 分子量: 17565.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Erythropoietin receptor / EPO-R 分子量: 25129.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPOR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P19235
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.33 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.3, 1.4 M sodium potassium phosphate, 24% glycerol cryoprotectant

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→68.02 Å / Num. obs: 18878 / % possible obs: 79.96 % / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.34 Å² / CC_1/2: 0.965 / R_merge(I) obs: 0.8886 / R_pim(I) all: 0.2813 / Net I/σ(I): 3.07
反射シェル	解像度: 3.2→3.315 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 5.596 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 944 / CC_1/2: 0.552 / R_pim(I) all: 1.771 / % possible all: 17.52

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	June 1, 2017	データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MOG, 1ERN

6mog

1ern

解像度: 3.2→68.019 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.27
詳細: refined against elliptically truncated data 3.469 (a*) x 3.469 (b*) x 3.167 (c*)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2767	891	4.82 %	random
R_work	0.2364	-	-	-
obs	0.2383	18483	79.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→68.019 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5468	0	36	6	5510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5613
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.61	7662
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.391	3336
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	891
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	987

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.4006	0.3526	43	0.3183	691	X-RAY DIFFRACTION	20
3.4006-3.6632	0.3713	109	0.2929	2184	X-RAY DIFFRACTION	61
3.6632-4.0318	0.2854	181	0.2654	3586	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0318-4.6151	0.2537	181	0.2132	3618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6151-5.814	0.2477	182	0.2103	3661	X-RAY DIFFRACTION	99
5.814-68.0341	0.2583	195	0.2179	3852	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.382	0.2591	2.7421	4.315	-0.4062	3.2724	0.0677	0.2874	-0.1433	-0.2499	-0.0349	-0.6773	0.2214	0.3438	-0.032	0.3557	0.1897	0.0268	0.2783	-0.011	0.2444	7.3403	-66.079	8.1953
2	4.1088	-0.0379	-0.4813	0.8371	-0.8408	1.3573	0.1698	-0.0373	-0.2253	0.1293	-0.0083	-0.1303	0.3046	0.2868	-0.2181	0.5661	0.2598	-0.0538	0.42	0.034	0.2998	8.8618	-67.1421	17.8229
3	1.5992	-0.0921	0.1375	0.1215	0.0423	1.5473	-0.0391	-0.042	-0.0953	0.0031	-0.0146	-0.0538	0.0889	0.1791	0.1918	0.1714	-0.0131	0.083	0.1593	0.0493	0.1358	4.8707	-58.1547	9.7305
4	0.1024	-0.142	0.1313	0.3087	-0.2496	0.2307	0.0534	0.0063	0.0565	-0.0518	-0.0148	-0.0344	0.002	0.1062	0.0047	0.1801	0.0528	0.0885	0.1661	-0.0056	0.1461	5.7017	-53.1614	14.3265
5	0.836	0.042	0.636	1.0207	-0.1313	1.0097	0.0132	-0.1108	-0.1252	0.0756	0.0628	0.0749	0.0475	-0.0812	-0.0196	0.1584	0.0642	0.0693	0.0978	0.0532	0.1136	-2.2566	-49.885	19.3416
6	0.6259	0.1056	1.4305	0.0328	0.2652	3.3068	-0.0496	0.0882	0.0727	-0.0381	-0.0121	0.0198	-0.4149	0.0473	0.0574	0.3628	0.0857	0.0786	0.2951	0.0895	0.1582	-1.6517	-41.0211	9.8281
7	3.6317	1.3446	-1.4675	1.3779	0.8505	2.8006	-0.0308	0.3974	0.204	-0.112	0.1299	0.1616	-0.1288	-0.4322	-0.1202	0.2789	0.0418	0.1261	0.3503	0.0939	0.2111	-11.5236	-44.1661	15.0851
8	2.763	-0.8382	0.9793	1.4278	1.0123	4.5499	0.0545	-0.1973	-0.1469	0.3567	-0.0322	0.1279	0.1316	-0.1929	0.0032	0.2239	0.0569	0.0433	0.2194	0.0874	0.1304	-7.5772	-41.7093	24.3002
9	3.167	-0.0936	1.9454	3.1907	1.2092	3.2872	0.1138	0.4866	0.1678	-1.0184	-0.3099	0.238	-0.7916	-0.3282	0.1961	0.8419	0.3526	0.1086	0.5463	0.1123	0.518	-9.2211	-34.4782	9.9741
10	5.4638	-1.1055	-0.4387	1.6031	1.8034	2.2316	-0.1021	-0.0235	0.1744	-0.2028	-0.3087	0.5677	-0.6171	-0.937	0.4226	0.8076	0.4796	-0.0402	0.8743	0.0122	0.7836	-18.4705	-36.8581	18.3532
11	3.5638	-1.9961	0.2715	3.2313	-0.5804	2.4451	0.1664	0.2849	0.2303	-0.2945	-0.1409	0.0248	-0.3877	-0.2369	0.0146	0.3763	0.2507	0.027	0.4288	0.0291	0.4846	-24.6303	-33.7165	45.8237
12	0.2764	0.1933	0.3026	0.2875	-0.0957	0.957	0.0464	-0.1028	0.316	0.0019	-0.0425	0.1184	-0.2893	-0.1777	-0.01	0.4486	0.1844	0.0963	0.2354	-0.0632	0.2798	-11.6526	-36.9811	42.9266
13	0.6294	-0.0914	-0.0406	0.0317	-0.1238	0.9075	0.0537	0.001	0.1507	0.0121	0.027	-0.0018	-0.1843	0.1275	0.0333	0.1464	-0.0698	0.0661	0.1342	-0.0244	0.1844	1.1316	-44.2469	43.1962
14	2.1729	-2.0691	-0.5333	3.6257	0.1115	1.7881	0.0565	0.1187	-0.1128	-0.2023	-0.1031	0.1373	0.0728	-0.0051	0.0658	0.2258	0.0729	0.0327	0.1106	-0.0299	0.1669	-0.2157	-47.005	31.6707
15	0.7028	-0.7385	-0.8186	1.2255	1.1875	1.1918	-0.178	-0.3614	0.0383	0.0566	0.0419	-0.224	0.5711	1.1296	0.1757	0.42	0.0243	0.2077	0.7034	0.0028	0.3828	9.664	-45.9597	44.1909
16	6.1704	-1.8444	1.9204	7.9416	1.3239	4.9653	-0.0442	0.1712	-0.3598	0.0759	0.0133	0.0655	0.7513	0.7105	0.0118	0.4367	0.2508	-0.0271	0.5169	-0.0779	0.2521	7.1825	-56.2294	37.3323
17	7.0423	1.712	1.688	3.8338	1.6544	2.0143	0.3627	-0.2983	-0.5969	0.2867	-0.0476	-0.1571	0.4478	-0.1503	-0.1649	0.3365	-0.0318	-0.1003	0.2165	-0.0329	0.2208	-12.0397	-62.1195	54.3596
18	0.7975	-0.3188	0.0082	0.9815	-0.105	1.3577	0.1069	0.1282	-0.2049	-0.0189	-0.122	0.3048	0.1908	-0.4269	0.33	0.2479	0.0125	0.0317	0.2914	-0.1155	0.1661	-17.9716	-59.9336	53.8947
19	1.4907	3.2883	0.8894	7.6827	3.0842	3.5379	-0.0314	0.9702	-0.7513	-0.822	-0.1632	0.2836	-0.017	-0.1367	0.1598	0.5974	0.049	-0.1584	0.6925	-0.2434	0.6721	-24.3092	-76.1292	39.2738
20	4.77	0.7952	-1.8748	4.6514	-1.7273	3.3756	0.0406	0.2968	0.2503	-0.1276	0.1961	0.4421	-0.1759	-0.5103	-0.213	0.6529	-0.095	0.2776	0.7847	0.1177	0.5174	-22.3771	-60.4818	3.861
21	1.1008	0.4518	-0.8304	0.3614	-0.1708	0.7766	0.041	0.0883	0.0053	0.0338	-0.0544	0.104	0.0353	-0.1609	-0.1245	0.2893	-0.0544	0.1483	0.3292	0.0431	0.197	-17.4791	-64.1882	4.959
22	2.0729	0.763	-0.2959	1.7848	-1.0039	2.0496	-0.0312	-0.0602	0.0823	-0.1138	-0.1247	-0.2429	-0.2284	0.5655	-0.0441	0.4497	-0.2395	0.1456	0.4415	-0.123	0.3324	-34.182	-72.015	21.4751

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 20 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 56 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 57 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 80 through 99 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 100 through 112 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 113 through 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 132 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 133 through 145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 146 through 163 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 9 through 32 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 99 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 100 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 132 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 133 through 145 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 146 through 163 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 7 through 49 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 50 through 150 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 151 through 217 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 8 through 49 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 50 through 137 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 138 through 220 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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