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- PDB-5hcv: Identification of Spirooxindole and Dibenzoxazepine Motifs as Pot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hcv
タイトルIdentification of Spirooxindole and Dibenzoxazepine Motifs as Potent Mineralocorticoid Receptor Antagonists
要素Mineralocorticoid receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Mineralocorticoid Receptor / Ligand-binding domain / MR-LBD / Antagonists / co-crystal
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-60R / Mineralocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, G. / McKeever, B.M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Identification of spirooxindole and dibenzoxazepine motifs as potent mineralocorticoid receptor antagonists.
著者: Lotesta, S.D. / Marcus, A.P. / Zheng, Y. / Leftheris, K. / Noto, P.B. / Meng, S. / Kandpal, G. / Chen, G. / Zhou, J. / McKeever, B. / Bukhtiyarov, Y. / Zhao, Y. / Lala, D.S. / Singh, S.B. / McGeehan, G.M.
履歴
登録2016年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
B: Mineralocorticoid receptor
C: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7767
ポリマ－89,6213
非ポリマー1,1564
水4,684260
1
A: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2472
ポリマ－29,8741
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2823
ポリマ－29,8741
非ポリマー4092
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2472
ポリマ－29,8741
非ポリマー3731
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.501, 121.501, 44.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 738 - 982 / Label seq-ID: 11 - 255

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 29873.594 Da / 分子数: 3 / 断片: ligand-binding domain (UNP residues 732-984) / 変異: C808S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / プラスミド: pMAL_c5x / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P08235
#2: 化合物 ChemComp-60R / 6-[(~{E})-(3-fluoranyl-6~{H}-benzo[c][1]benzoxepin-11-ylidene)methyl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one


分子量: 373.376 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H16FNO3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1uL of protein complex at 8-10mg protein/ml is mixed with an equal volume of reservoir solution composed of 100mM Tris-HCl pH=8.0, 200mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 16%(w/v) PEG3350
PH範囲: 7.5 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: CryoJet 7000
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月28日
詳細: Cryogenically-cooled monochromator+vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: sagittally-focused monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→44.41 Å / Num. all: 25409 / Num. obs: 24098 / % possible obs: 99.97 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.79

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
HKL-2000701c3.db027データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A3I

2a3i


解像度: 2.5→44.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 11.238 / SU ML: 0.249 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25571 1292 5.1 %RANDOM
Rwork0.16998 ---
obs0.17427 24098 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.713 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5744 0 85 260 6089
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.988078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5835687
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88724.576271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.092151084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6461521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.494.8222778
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1677.2193455
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8655.1463199
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.36245.83725959
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A3020.16
12B3020.16
21A2920.17
22C2920.17
31B2970.16
32C2970.16
LS精密化 シェル解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 87 -
Rwork0.218 1777 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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