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- PDB-3iwp: Crystal structure of human copper homeostasis protein CutC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iwp
タイトルCrystal structure of human copper homeostasis protein CutC
要素Copper homeostasis protein cutC homolog
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Copper homeostasis protein / CutC / conserved sequence motif / metal-binding site / Copper / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


copper ion homeostasis / copper ion transport / Ion transport by P-type ATPases / protein tetramerization / copper ion binding / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Copper homeostasis (CutC) domain / Copper homeostasis protein CutC / Copper homeostasis (CutC) domain superfamily / CutC family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper homeostasis protein cutC homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, Y. / Du, J. / Zhang, P. / Ding, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of human copper homeostasis protein CutC reveals a potential copper-binding site
著者: Li, Y. / Du, J. / Zhang, P. / Ding, J.
履歴
登録2009年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper homeostasis protein cutC homolog
B: Copper homeostasis protein cutC homolog
C: Copper homeostasis protein cutC homolog
D: Copper homeostasis protein cutC homolog
E: Copper homeostasis protein cutC homolog
F: Copper homeostasis protein cutC homolog
G: Copper homeostasis protein cutC homolog
H: Copper homeostasis protein cutC homolog
I: Copper homeostasis protein cutC homolog
J: Copper homeostasis protein cutC homolog
K: Copper homeostasis protein cutC homolog
L: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,50612
ポリマ－371,50612
非ポリマー00
水15,997888
1
A: Copper homeostasis protein cutC homolog
B: Copper homeostasis protein cutC homolog
C: Copper homeostasis protein cutC homolog
D: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8354
ポリマ－123,8354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Copper homeostasis protein cutC homolog
F: Copper homeostasis protein cutC homolog
G: Copper homeostasis protein cutC homolog
H: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8354
ポリマ－123,8354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
I: Copper homeostasis protein cutC homolog
J: Copper homeostasis protein cutC homolog
K: Copper homeostasis protein cutC homolog
L: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8354
ポリマ－123,8354
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Copper homeostasis protein cutC homolog
B: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-34.7 kcal/mol
Surface area19270 Å2
手法PISA
5
C: Copper homeostasis protein cutC homolog
D: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-33.2 kcal/mol
Surface area19040 Å2
手法PISA
6
E: Copper homeostasis protein cutC homolog
F: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-32.9 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
7
G: Copper homeostasis protein cutC homolog
H: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
8
I: Copper homeostasis protein cutC homolog
J: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-26.1 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
9
K: Copper homeostasis protein cutC homolog
L: Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9182
ポリマ－61,9182
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-30.9 kcal/mol
Surface area19120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.160, 78.406, 170.349
Angle α, β, γ (deg.)76.84, 87.88, 71.86
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Copper homeostasis protein cutC homolog


分子量: 30958.793 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUTC / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: Q9NTM9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 888 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M citric acid, pH4.0, and 10% polyethylene glycol 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 129429 / Num. obs: 127488 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 49.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 12925 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X7I

1x7i


解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28254 6361 5 %RANDOM
Rwork0.23338 ---
all0.23584 122916 --
obs0.23584 121060 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.004 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.08 Å20.72 Å20.26 Å2
2---0.8 Å20.34 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21852 0 0 888 22740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02222139
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.391.98729809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45452875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67823.17877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.877154050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.24715204
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.23500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.211910
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.215164
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.21311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6961.514294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.137222945
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.13837845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6674.56864
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.143322139
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.3433888
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.242321863
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 483 -
Rwork0.359 8884 -
obs--97.93 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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