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万見
- PDB-5u1g: Structure of TP228 ParA-AMPPNP-ParB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5u1g
タイトルStructure of TP228 ParA-AMPPNP-ParB complex
要素
  • ParA
  • TP228 ParB fragment
キーワードCELL CYCLE / REPLICATION / DNA segregation / Walker-box / partition
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / core promoter sequence-specific DNA binding / transcription repressor complex / protein-DNA complex / nucleic acid binding / negative regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA partition complex, ParG / ParG / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Plasmid partition protein ParG
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified plasmid (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2017
タイトル: Structures of partition protein ParA with nonspecific DNA and ParB effector reveal molecular insights into principles governing Walker-box DNA segregation.
著者: Zhang, H. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2016年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: ParA
A: ParA
B: ParA
C: ParA
Y: TP228 ParB fragment
Z: TP228 ParB fragment
K: TP228 ParB fragment
R: TP228 ParB fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,28912
ポリマ－101,2648
非ポリマー2,0254
水00
1
D: ParA
C: ParA
Z: TP228 ParB fragment
K: TP228 ParB fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6446
ポリマ－50,6324
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6800 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17330 Å2
手法PISA
2
A: ParA
B: ParA
Y: TP228 ParB fragment
R: TP228 ParB fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6446
ポリマ－50,6324
非ポリマー1,0122
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area18160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.360, 87.510, 133.990
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
ParA


分子量: 23062.365 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified plasmid (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド
TP228 ParB fragment


分子量: 2253.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified plasmid (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KJ82*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 20000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.5. took 6 months to grow, Mass spec revealed TP228 FL ParB protein had degraded and only N-term region revealed in crystals

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→87.36 Å / Biso Wilson estimate: 59.83 Å2 / CC1/2: 0.98 / Rpim(I) all: 0.127 / Rsym value: 14.5
反射 シェル解像度: 3.64→3.85 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / CC1/2: 0.843 / % possible all: 78.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: 40000000 / 解像度: 3.64→73.268 Å / FOM work R set: 0.7793 / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 927 10.01 %
Rwork0.2517 8332 -
obs0.2528 9259 77.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20 Å2 / ksol: 0.324 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 115.8 Å2 / Biso mean: 56.84 Å2 / Biso min: 6.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.557 Å2-0 Å20 Å2
2---13.1367 Å2-0 Å2
3---42.5789 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.64→73.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6618 0 124 0 6742
Biso mean--35.2 --
残基数----882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4879320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061155
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.9182496
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.64-3.83190.2991360.29291199133581
3.8319-4.0720.27461310.26151200133180
4.072-4.38630.25431320.26441228136080
4.3863-4.82770.19161320.22171187131978
4.8277-5.5260.29481360.26151189132577
5.526-6.96140.33751270.29271168129575
6.9614-73.28280.23751330.20971161129471

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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