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- PDB-6ija: Crystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 complexed with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ija
タイトルCrystal Structure of Arabidopsis thaliana UGT89C1 complexed with UDP-L-rhamnose
要素UDP-glycosyltransferase 89C1
キーワードPLANT PROTEIN / Arabidopsis thaliana / rhamnoside / rhamnosyltransferases
機能・相同性
機能・相同性情報


flavonol biosynthetic process / UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AWU / Flavonol 7-O-rhamnosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.214 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China2017YFA0504801 中国
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of rhamnosyltransferase UGT89C1 from Arabidopsis thaliana reveal the molecular basis of sugar donor specificity for UDP-beta-l-rhamnose and rhamnosylation mechanism.
著者: Zong, G. / Fei, S. / Liu, X. / Li, J. / Gao, Y. / Yang, X. / Wang, X. / Shen, Y.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glycosyltransferase 89C1
B: UDP-glycosyltransferase 89C1
C: UDP-glycosyltransferase 89C1
D: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,8136
ポリマ－192,7124
非ポリマー1,1012
水50428
1
A: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7282
ポリマ－48,1781
非ポリマー5501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UDP-glycosyltransferase 89C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7282
ポリマ－48,1781
非ポリマー5501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: UDP-glycosyltransferase 89C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1781
ポリマ－48,1781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: UDP-glycosyltransferase 89C1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1781
ポリマ－48,1781
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.671, 84.983, 125.472
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...
21(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...
31(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...
41(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA6 - 2146 - 214
12SERSERASPASP(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA231 - 240231 - 240
13TYRTYRTYRTYR(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA245245
14THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
15THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
16THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
17THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
18THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
19THRTHRLEULEU(chain A and (resid 6 through 214 or resid 231...AA5 - 4355 - 435
21THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB6 - 2146 - 214
22SERSERASPASP(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB231 - 240231 - 240
23TYRTYRGLUGLU(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB245 - 257245 - 257
24GLNGLNGLNGLN(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB258258
25THRTHRLEULEU(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB6 - 4356 - 435
26THRTHRLEULEU(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB6 - 4356 - 435
27THRTHRLEULEU(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB6 - 4356 - 435
28THRTHRLEULEU(chain B and (resid 6 through 214 or resid 231...BB6 - 4356 - 435
31THRTHRLYSLYS(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC6 - 2146 - 214
32SERSERLEULEU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC231 - 339231 - 339
33GLUGLUGLUGLU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC340340
34THRTHRLEULEU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC6 - 4356 - 435
35THRTHRLEULEU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC6 - 4356 - 435
36THRTHRLEULEU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC6 - 4356 - 435
37THRTHRLEULEU(chain C and (resid 6 through 214 or resid 231...CC6 - 4356 - 435
41THRTHRASPASP(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD6 - 2406 - 240
42TYRTYRGLUGLU(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD245 - 257245 - 257
43GLNGLNGLNGLN(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD258258
44THRTHRLEULEU(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD6 - 4356 - 435
45THRTHRLEULEU(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD6 - 4356 - 435
46THRTHRLEULEU(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD6 - 4356 - 435
47THRTHRLEULEU(chain D and (resid 6 through 240 or resid 245...DD6 - 4356 - 435

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要素

#1: タンパク質
UDP-glycosyltransferase 89C1 / UDP-rhamnose: flavonol 7-O-rhamnosyltransferase


分子量: 48178.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: UGT89C1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9LNE6, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-AWU / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl] hydrogen phosphate


分子量: 550.302 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O16P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.8M potassium phosphate dibasic and 0.8M sodium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97891 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月24日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 31198 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 210757
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.2-3.3170.77531000.7770.3150.8370.846100
3.31-3.456.80.52730900.8670.2160.570.87699.8
3.45-3.66.40.35530900.9360.1510.3860.91699.8
3.6-3.796.50.24131010.9620.1020.2620.97199.7
3.79-4.037.20.16931160.9840.0680.1831.052100
4.03-4.347.10.1230900.9890.0480.1291.066100
4.34-4.786.90.09331490.9930.0380.1011.056100
4.78-5.476.20.07630980.9950.0330.0830.95899.5
5.47-6.8970.06731510.9970.0270.0720.918100
6.89-506.50.03332130.9970.0140.0360.88999.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IJ7

6ij7


解像度: 3.214→45.335 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2907 1509 4.98 %
Rwork0.2159 28779 -
obs0.2196 30288 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 136.4 Å2 / Biso mean: 56.7476 Å2 / Biso min: 14.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.214→45.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12554 0 70 28 12652
Biso mean--48.89 39.78 -
残基数----1603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01112942
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3717608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682022
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4627745
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6990X-RAY DIFFRACTION14.389TORSIONAL
12B6990X-RAY DIFFRACTION14.389TORSIONAL
13C6990X-RAY DIFFRACTION14.389TORSIONAL
14D6990X-RAY DIFFRACTION14.389TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2139-3.31760.40351140.30241952206674
3.3176-3.43610.34831330.27472567270095
3.4361-3.57360.3251220.25442628275098
3.5736-3.73620.30871320.23752670280299
3.7362-3.93310.28761500.218227042854100
3.9331-4.17930.26031360.203227012837100
4.1793-4.50170.29831280.192627172845100
4.5017-4.95430.27111340.186227012835100
4.9543-5.670.27351580.2072712287099
5.67-7.13910.34081500.241527122862100
7.1391-45.33990.23731520.18352715286798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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