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- PDB-3axg: Structure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3axg
タイトルStructure of 6-aminohexanoate-oligomer hydrolase
要素Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
キーワードHYDROLASE / Nylon oligomer
機能・相同性
機能・相同性情報


6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase / nylon catabolic process / aminopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Peptidase S58, DmpA / Peptidase family S58 / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / L-amino peptidase D-ALA esterase/amidase / ArgJ-like domain superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-aminohexanoate-oligomer endohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Agromyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Negoro, S. / Shibata, N. / Tanaka, Y. / Yasuhira, K. / Shibata, H. / Hashimoto, H. / Lee, Y.H. / Ohshima, S. / Santa, R. / Mochiji, K. ...Negoro, S. / Shibata, N. / Tanaka, Y. / Yasuhira, K. / Shibata, H. / Hashimoto, H. / Lee, Y.H. / Ohshima, S. / Santa, R. / Mochiji, K. / Goto, Y. / Ikegami, T. / Nagai, K. / Kato, D. / Takeo, M. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / : 2012
タイトル: Three-dimensional structure of nylon hydrolase and mechanism of nylon-6 hydrolysis
著者: Negoro, S. / Shibata, N. / Tanaka, Y. / Yasuhira, K. / Shibata, H. / Hashimoto, H. / Lee, Y.H. / Oshima, S. / Santa, R. / Mochiji, K. / Goto, Y. / Ikegami, T. / Nagai, K. / Kato, D. / Takeo, M. / Higuchi, Y.
履歴
登録2011年4月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22014年1月29日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
B: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
C: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
D: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
E: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
F: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
G: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
H: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
I: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
J: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
K: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
L: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
M: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
N: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
O: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)554,03221
ポリマ-553,89415
非ポリマー1386
51,4512856
1
A: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
B: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
C: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
D: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7285
ポリマ-147,7054
非ポリマー231
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18520 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area39710 Å2
手法PISA
2
E: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
F: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
G: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
H: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7054
ポリマ-147,7054
非ポリマー00
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18510 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area39600 Å2
手法PISA
3
I: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
J: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
K: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
L: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7516
ポリマ-147,7054
非ポリマー462
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18490 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area39840 Å2
手法PISA
4
M: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
N: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子

M: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
N: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7978
ポリマ-147,7054
非ポリマー924
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area18460 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area39840 Å2
手法PISA
5
O: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子

O: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子

O: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子

O: Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,7978
ポリマ-147,7054
非ポリマー924
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area18630 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area39450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.863, 214.446, 478.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

#1: タンパク質
Endotype 6-aminohexanoat-oligomer hydrolase / Nylon oligomers-degrading enzyme EIII


分子量: 36926.238 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agromyces (バクテリア) / : KY5R / 遺伝子: nylC / プラスミド: pBluescript II SK(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: Q1EPR5
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2856 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0M SODIUM CITRATE, 0.2M SODIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES BUFFER(PH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月18日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 501977 / Num. obs: 501977 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 14.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.32 % / Rmerge(I) obs: 0.254 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→49.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.001 / Data cutoff high absF: 241679.83 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 50323 10 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 501977 94.1 %-
all-501977 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 71.7725 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.39 Å20 Å20 Å2
2--5.52 Å20 Å2
3----1.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.25 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→49.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数37819 0 6 2856 40681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.74
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 3856 10.3 %
Rwork0.318 33528 -
obs--70.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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