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万見
- PDB-3qvj: Allantoin racemase from Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qvj
タイトルAllantoin racemase from Klebsiella pneumoniae
要素Putative hydantoin racemase
キーワードISOMERASE / Allantoin Racemase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydantoin racemase / amino-acid racemase activity
類似検索 - 分子機能
: / Rossmann fold - #12500 / : / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydantoin racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者French, J.B. / Neau, D.B. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Characterization of the Structure and Function of Klebsiella pneumoniae Allantoin Racemase.
著者: French, J.B. / Neau, D.B. / Ealick, S.E.
履歴
登録2011年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative hydantoin racemase
B: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8334
ポリマ－51,7622
非ポリマー712
水3,153175
1
A: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,49912
ポリマ－155,2866
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_664-y+1,-x+1,-z-1/21
crystal symmetry operation11_654-x+y+1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/21
Buried area23150 Å2
ΔGint-219 kcal/mol
Surface area43050 Å2
手法PISA
2
B: Putative hydantoin racemase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,49912
ポリマ－155,2866
非ポリマー2136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_555-x,-x+y,-z1
Buried area22470 Å2
ΔGint-204 kcal/mol
Surface area43710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.819, 124.819, 126.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-264-

HOH

21B-265-

HOH

31B-294-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative hydantoin racemase


分子量: 25881.049 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae (肺炎桿菌)
株: ATCC 700721 / MGH 78578 / 遺伝子: HpxA, KPN78578_17580, KPN_01788 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A6T9E8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.9
詳細: 30% Peg 400, 0.1 M sodium acetate pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLECRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 34597 / Num. obs: 34504 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.547 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.243.50.40114710.466199.6
2.24-2.283.60.35814840.459199.9
2.28-2.323.60.31714530.464199.2
2.32-2.373.70.28114640.478199.3
2.37-2.423.60.26114690.481199.2
2.42-2.483.70.24414580.541198.9
2.48-2.543.70.19814790.543198.2
2.54-2.613.70.1814410.6197.8
2.61-2.693.70.15514470.619197.7
2.69-2.773.70.13814520.729196.9
2.77-2.873.70.12414440.817196.6
2.87-2.993.70.11714201.011195.4
2.99-3.123.80.09914301.186194.6
3.12-3.293.80.09714201.626194.2
3.29-3.493.80.08514022.268193
3.49-3.763.80.08213872.743191.5
3.76-4.143.80.09413833.45190.3
4.14-4.743.90.08513623.511188.3
4.74-5.973.90.0713324.04184.6
5.97-5040.05513634.655180.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.372 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 1740 5 %RANDOM
Rwork0.2029 ---
all0.2047 32765 --
obs0.2047 32765 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.09 Å2 / Biso mean: 33.4297 Å2 / Biso min: 19.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3527 0 2 175 3704
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223597
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0111.9714892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0325492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.77123.566129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.68415572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2691525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3851.52429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77223865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.58331168
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.664.51025
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 128 -
Rwork0.259 2366 -
all-2494 -
obs--99.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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