PDB-6h2r: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/D1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h2r

タイトル

Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/D181Q/A198L variant

要素

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

キーワード

LYASE / aldolase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.574 Å

データ登録者

Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/D181Q/A198L variant
著者: Crennell, S.J. / Danson, M.J. / Royer, S.

履歴

登録	2018年7月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h2r.cif.gz	501.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h2r.ent.gz	420.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h2r_validation.pdf.gz	492.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h2r_full_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示
XML形式データ	6h2r_validation.xml.gz	57.8 KB	表示
CIF形式データ	6h2r_validation.cif.gz	87 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/6h2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h2sC 1w37S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1w3t-d 1w3i-d 2nux-1 2nuy-1 6h7s-1 6h7r-d 6gso-d 6arh-d 7loy-1 6g3z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

B: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

C: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

D: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.352, 86.906, 91.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase 分子量: 33074.312 Da / 分子数: 4 / 変異: T157V, D181Q, A198L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: O54288, UniProt: Q97U28*PLUS, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

#1: タンパク質

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

分子量: 33074.312 Da / 分子数: 4 / 変異: T157V, D181Q, A198L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: O54288, UniProt: Q97U28*PLUS, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

-
非ポリマー , 5種, 1291分子

#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL 分子量: 60.095 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M HEPES pH 6.1, 11% PEG4K, 4% isopropanol. Crystal soaked in the same solution with 40mM 2-keto, 3-deoxy-galactonate and 20% glycerol for 2 minutes prior to data collection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→63.02 Å / Num. obs: 161665 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.57→1.6 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.405 / Num. unique obs: 7218 / CC_1/2: 0.784 / R_pim(I) all: 0.259 / R_rim(I) all: 0.483 / % possible all: 88.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W37

1w37

解像度: 1.574→61.584 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.175	8108	5.02 %
R_work	0.1477	-	-
obs	0.1491	161621	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.574→61.584 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9309	0	82	1276	10667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10290
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	13986
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.938	6367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1569
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5742-1.5921	0.2914	248	0.2495	4406	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5921-1.6108	0.2617	232	0.2256	5165	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6108-1.6305	0.237	255	0.2091	5066	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6305-1.6511	0.2309	283	0.2004	5118	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6511-1.6728	0.222	267	0.19	5098	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6728-1.6957	0.2096	263	0.1909	5140	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6957-1.72	0.2372	230	0.187	5120	X-RAY DIFFRACTION	98
1.72-1.7456	0.2188	253	0.1836	5121	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7456-1.7729	0.23	265	0.1826	5191	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7729-1.802	0.2016	257	0.1741	5097	X-RAY DIFFRACTION	98
1.802-1.8331	0.2098	271	0.173	5165	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8331-1.8664	0.2211	267	0.1734	5095	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8664-1.9023	0.211	274	0.1652	5139	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9023-1.9411	0.2085	277	0.1683	5109	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9411-1.9833	0.2012	276	0.1637	5167	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9833-2.0295	0.1827	259	0.1556	5151	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0295-2.0802	0.1825	303	0.1563	5111	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0802-2.1365	0.1962	284	0.1508	5156	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1365-2.1994	0.1754	272	0.1458	5141	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1994-2.2704	0.1737	281	0.1378	5170	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2704-2.3515	0.1548	286	0.1332	5148	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3515-2.4457	0.1592	293	0.1368	5120	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4457-2.557	0.1878	272	0.1342	5240	X-RAY DIFFRACTION	99
2.557-2.6918	0.1607	263	0.1313	5205	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6918-2.8604	0.1521	266	0.1322	5210	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8604-3.0813	0.1516	262	0.1309	5238	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0813-3.3913	0.1597	293	0.1353	5209	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3913-3.882	0.1554	290	0.1276	5148	X-RAY DIFFRACTION	98
3.882-4.8906	0.1416	288	0.1205	5111	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8906-61.6312	0.1669	278	0.1678	4958	X-RAY DIFFRACTION	93

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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