[日本語] English
万見
- PDB-6mog: Dimeric DARPin C_R3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mog
タイトルDimeric DARPin C_R3
要素DARPin C_R3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / DARPin
機能・相同性Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / TRIETHYLENE GLYCOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Jude, K.M. / Mohan, K. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI51321 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Topological control of cytokine receptor signaling induces differential effects in hematopoiesis.
著者: Mohan, K. / Ueda, G. / Kim, A.R. / Jude, K.M. / Fallas, J.A. / Guo, Y. / Hafer, M. / Miao, Y. / Saxton, R.A. / Piehler, J. / Sankaran, V.G. / Baker, D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DARPin C_R3
B: DARPin C_R3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,90113
ポリマ－35,1302
非ポリマー77111
水3,243180
1
A: DARPin C_R3
ヘテロ分子

B: DARPin C_R3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,90113
ポリマ－35,1302
非ポリマー77111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_746-x+2,y-1/2,-z+11
Buried area3680 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.250, 89.810, 44.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DARPin C_R3


分子量: 17565.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 25% PEG 3350, 1 mM reduced glutathione, 1 mM oxidized glutathione, 25% ethylene glycol cryoprotectant

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.21→33.25 Å / Num. obs: 83274 / % possible obs: 88.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 14.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05076 / Rpim(I) all: 0.0208 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.21→1.253 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.564 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 8248 / CC1/2: 0.669 / Rpim(I) all: 0.6433 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSJun 1, 2017データ削減
XSCALEJun 1, 2017データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: predicted model

解像度: 1.21→33.248 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.16
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 1670 2.23 %random selection
Rwork0.1412 ---
obs0.1418 74923 88.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→33.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 50 180 2546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0323399
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.621919
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.24560.30431180.28164898X-RAY DIFFRACTION71
1.2456-1.28580.30681150.24415162X-RAY DIFFRACTION75
1.2858-1.33180.26381140.2215278X-RAY DIFFRACTION77
1.3318-1.38510.21881360.18555698X-RAY DIFFRACTION82
1.3851-1.44810.17371300.15135896X-RAY DIFFRACTION86
1.4481-1.52450.1691390.13296048X-RAY DIFFRACTION88
1.5245-1.620.19451480.11716444X-RAY DIFFRACTION93
1.62-1.74510.1741500.1156614X-RAY DIFFRACTION95
1.7451-1.92070.14091520.11096659X-RAY DIFFRACTION96
1.9207-2.19850.14341560.10556836X-RAY DIFFRACTION99
2.1985-2.76970.14171550.12516810X-RAY DIFFRACTION98
2.7697-33.26020.17861570.15666910X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る